More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2105 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2105  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 545 aa  1094    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2101  AMP-dependent synthetase and ligase  48.47 
 
 		 543 aa  449  1e-125  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1547  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.28 
 
 		 526 aa  404  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8762  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.26 
 
 		 510 aa  384  1e-105  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.225168 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5079  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42 
 
 		 506 aa  377  1e-103  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.216799 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4694  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42 
 
 		 506 aa  377  1e-103  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.107104  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42 
 
 		 506 aa  377  1e-103  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3767  AMP-dependent synthetase and ligase  41.38 
 
 		 512 aa  374  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0143855  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1417  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.8 
 
 		 528 aa  370  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3306  AMP-dependent synthetase and ligase  42.88 
 
 		 511 aa  370  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000435597 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5286  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.14 
 
 		 523 aa  361  2e-98  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.680641  normal  0.33628 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  40.54 
 
 		 510 aa  359  6e-98  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  42.43 
 
 		 524 aa  355  1e-96  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2525  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.89 
 
 		 478 aa  353  2.9999999999999997e-96  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.539052 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3655  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.76 
 
 		 483 aa  353  5.9999999999999994e-96  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.334351  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0310  AMP-dependent synthetase and ligase  38.98 
 
 		 533 aa  353  5.9999999999999994e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.280778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3728  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.76 
 
 		 483 aa  353  5.9999999999999994e-96  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.38736 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3668  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.76 
 
 		 483 aa  352  1e-95  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188298  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1480  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.63 
 
 		 512 aa  350  4e-95  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2126  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.24 
 
 		 546 aa  348  2e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0597043  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4133  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.59 
 
 		 490 aa  347  2e-94  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.731956  normal  0.7945 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4311  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.15 
 
 		 477 aa  344  2.9999999999999997e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.569405 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2660  AMP-dependent synthetase and ligase  41.65 
 
 		 510 aa  343  5.999999999999999e-93  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.846562  normal  0.161262 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13594  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.24 
 
 		 507 aa  342  1e-92  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0112349  normal  0.250187 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2861  AMP-dependent synthetase and ligase  41.63 
 
 		 508 aa  336  7e-91  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.213595 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0384  AMP-dependent synthetase and ligase  37.48 
 
 		 522 aa  336  7.999999999999999e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3996  AMP-dependent synthetase and ligase  39.72 
 
 		 523 aa  335  2e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.414143  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2768  AMP-dependent synthetase and ligase  40.08 
 
 		 489 aa  330  4e-89  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.997978  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2360  AMP-dependent synthetase and ligase  39.73 
 
 		 552 aa  325  1e-87  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0362234 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  34.51 
 
 		 544 aa  312  1e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0234  AMP-dependent synthetase and ligase  34.46 
 
 		 843 aa  305  1.0000000000000001e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000591284  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 		 553 aa  304  3.0000000000000004e-81  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  33.52 
 
 		 552 aa  296  6e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1573  AMP-binding domain protein  34.08 
 
 		 552 aa  295  1e-78  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.116566  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  33.01 
 
 		 549 aa  294  3e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  32.82 
 
 		 549 aa  293  8e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3655  AMP-binding domain protein  33.46 
 
 		 565 aa  288  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0315072 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  35.39 
 
 		 630 aa  288  1e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  34.15 
 
 		 527 aa  287  2.9999999999999996e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1963  AMP-binding domain protein  32.28 
 
 		 560 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.17114  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2692  AMP-binding domain protein  31.47 
 
 		 552 aa  283  8.000000000000001e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.262026  normal  0.421392 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0610  AMP-binding domain protein  32.65 
 
 		 570 aa  282  9e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.920315  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3403  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.27 
 
 		 579 aa  282  1e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2693  AMP-dependent synthetase and ligase  30.93 
 
 		 562 aa  282  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0318  AMP-binding domain protein  32.96 
 
 		 571 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.922079  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0442  AMP-binding domain protein  33.02 
 
 		 571 aa  281  3e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.89643  normal  0.841381 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.94 
 
 		 513 aa  280  6e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1667  AMP-binding domain protein  31.87 
 
 		 549 aa  278  1e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.327549  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0333  AMP-binding domain protein  32.58 
 
 		 571 aa  279  1e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0870  AMP-binding domain protein  32.48 
 
 		 548 aa  278  2e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2821  AMP-binding domain protein  32.07 
 
 		 552 aa  277  3e-73  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.187557 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1389  AMP-binding domain protein  31.23 
 
 		 549 aa  277  3e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000722424  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1862  AMP-dependent synthetase and ligase  29.78 
 
 		 554 aa  276  7e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000194856  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  27.97 
 
 		 518 aa  275  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  35.61 
 
 		 506 aa  275  2.0000000000000002e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2479  acyl-CoA synthetase  32.75 
 
 		 557 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.282098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2941  acyl-CoA synthetase  33.33 
 
 		 557 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.581775  normal  0.0544542 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3458  acyl-CoA synthetase  33.08 
 
 		 562 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3892  AMP-binding domain protein  32.72 
 
 		 576 aa  273  7e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2311  acyl-CoA synthetase  33.47 
 
 		 557 aa  272  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0403  AMP-binding domain protein  31.11 
 
 		 550 aa  272  1e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.493287  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0312  AMP-binding domain protein  33.94 
 
 		 550 aa  272  1e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7124  AMP-dependent synthetase and ligase  35.78 
 
 		 540 aa  271  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2679  AMP-binding domain protein  33.33 
 
 		 561 aa  270  4e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.180976  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4063  AMP-binding domain protein  32.44 
 
 		 560 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.365849  normal  0.0336017 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1467  AMP-binding domain protein  30.98 
 
 		 578 aa  267  4e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  32.22 
 
 		 576 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2357  AMP-binding domain protein  32.84 
 
 		 550 aa  265  1e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.210215 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1584  AMP-binding domain protein  33.58 
 
 		 570 aa  264  3e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2959  AMP-binding domain protein  33.58 
 
 		 576 aa  264  3e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3353  AMP-binding domain protein  33.58 
 
 		 576 aa  264  3e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3018  AMP-binding domain protein  33.58 
 
 		 576 aa  264  3e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1813  AMP-binding domain protein  31.91 
 
 		 560 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.659175  normal  0.258259 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31470  AMP-binding domain protein  32.39 
 
 		 564 aa  264  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0028776  hitchhiker  0.0000000416298 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4037  AMP-dependent synthetase and ligase  29.6 
 
 		 558 aa  264  4e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0518356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1442  AMP-binding domain protein  29.34 
 
 		 550 aa  263  6e-69  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.684137  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0663  AMP-binding domain protein  30.2 
 
 		 547 aa  263  6e-69  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.390649  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3025  AMP-binding domain protein  31.61 
 
 		 576 aa  263  6e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3306  AMP-binding domain protein  33.27 
 
 		 576 aa  263  8.999999999999999e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63972  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3966  AMP-binding domain protein  33.58 
 
 		 576 aa  262  1e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4040  AMP-binding domain protein  33.58 
 
 		 576 aa  262  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1778  AMP-binding domain protein  32.25 
 
 		 560 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198659 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0176  AMP-binding domain protein  33.58 
 
 		 576 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.970705  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3661  AMP-binding domain protein  31.87 
 
 		 560 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000288335 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  33.58 
 
 		 518 aa  261  3e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.97 
 
 		 525 aa  261  3e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  28.41 
 
 		 513 aa  260  4e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0473  AMP-binding domain protein  32.19 
 
 		 568 aa  260  4e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1448  AMP-dependent synthetase and ligase  34.05 
 
 		 596 aa  259  7e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2328  AMP-binding domain protein  32.48 
 
 		 561 aa  259  9e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0557  AMP-binding domain protein  32.15 
 
 		 549 aa  259  1e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2947  AMP-binding domain protein  32.16 
 
 		 575 aa  259  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.768033  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3066  AMP-dependent synthetase and ligase  31.13 
 
 		 558 aa  258  1e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.479156  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0108  AMP-binding domain protein  32.16 
 
 		 575 aa  259  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.969616  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0124  AMP-binding domain protein  32.16 
 
 		 575 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0752  AMP-binding domain protein  29.42 
 
 		 576 aa  258  2e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0462  AMP-binding domain protein  32.19 
 
 		 564 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0327  AMP-binding domain protein  29.16 
 
 		 549 aa  258  2e-67  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.347146  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1121  AMP-binding domain protein  32.1 
 
 		 548 aa  258  2e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.131488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  29.7 
 
 		 566 aa  258  3e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>