More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2039 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2039  class I peptide chain release factor  100 
 
 		 202 aa  402  1e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0242  peptide chain release factor-like protein  72.77 
 
 		 219 aa  302  2.0000000000000002e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0354  peptide chain release factor-like protein  40.21 
 
 		 204 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0345  peptide chain release factor-like protein  40.21 
 
 		 204 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.196976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0364  peptide chain release factor-like protein  40.21 
 
 		 204 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.429875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0349  peptide chain release factor-like protein  40.21 
 
 		 204 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0356  peptide chain release factor-like protein  40.21 
 
 		 204 aa  138  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000967755 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0290  peptide chain release factor-like protein  38.27 
 
 		 204 aa  137  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.127156 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3597  peptide chain release factor-like protein  38.66 
 
 		 207 aa  137  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4861  peptide chain release factor-like protein  45.41 
 
 		 204 aa  136  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0755731 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3439  peptide chain release factor-like protein  39.18 
 
 		 207 aa  135  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.3707  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0263  peptide chain release factor-like protein  38.27 
 
 		 204 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0233  peptide chain release factor-like protein  38.27 
 
 		 204 aa  132  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0268  peptide chain release factor-like protein  38.27 
 
 		 204 aa  132  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01750  peptide chain release factor-like protein  40.72 
 
 		 207 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.132154  normal  0.46874 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72200  peptide chain release factor-like protein  39.59 
 
 		 204 aa  125  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0332  putative peptide chain release factor  34.91 
 
 		 248 aa  125  6e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3456  peptide chain release factor-like protein  32.99 
 
 		 229 aa  124  8.000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0652118  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7272  peptide chain release factor-like protein  35.15 
 
 		 210 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000014386  normal  0.97905 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0760  peptide chain release factor H  29.23 
 
 		 206 aa  112  3e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3371  peptide chain release factor H  37.87 
 
 		 178 aa  111  7.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3282  peptide chain release factor H  37.63 
 
 		 204 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434629  normal  0.0508518 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00231  peptide chain release factor 2  37.5 
 
 		 166 aa  106  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00234  hypothetical protein  37.5 
 
 		 166 aa  106  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0281  peptide chain release factor-like protein  36.25 
 
 		 166 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.568314 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2459  peptide chain release factor H  34.63 
 
 		 199 aa  96.3  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321859  normal  0.956081 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3902  peptide chain release factor H  30.48 
 
 		 218 aa  92  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0189567 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1124  class I peptide chain release factor domain-containing protein  42.21 
 
 		 207 aa  86.7  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3970  peptide chain release factor 2  31.66 
 
 		 366 aa  78.6  0.00000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000632573  unclonable  0.000000000161468 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0889  peptide chain release factor 1  35.71 
 
 		 358 aa  75.9  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491137  normal  0.200442 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2103  hypothetical protein  29.9 
 
 		 372 aa  74.7  0.0000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.117234  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3804  peptide chain release factor 1  32.21 
 
 		 359 aa  73.2  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3709  peptide chain release factor 1  32.21 
 
 		 359 aa  73.2  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.231674  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0570  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  31.72 
 
 		 362 aa  72.8  0.000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000011559  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0544  peptide chain release factor 2  31.72 
 
 		 356 aa  72.4  0.000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00703964  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_509  peptide chain release factor 2  31.72 
 
 		 357 aa  72.4  0.000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231762  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0864  peptide chain release factor 2  30.51 
 
 		 366 aa  72.8  0.000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0550001  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1029  peptide chain release factor 1  32.2 
 
 		 355 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0336853  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2647  peptide chain release factor 1  31.22 
 
 		 354 aa  71.2  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00109947  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0074  peptide chain release factor 1  32.39 
 
 		 361 aa  69.7  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0389  peptide chain release factor 1  33.5 
 
 		 363 aa  70.1  0.00000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.802059  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0328  peptide chain release factor 2  30.99 
 
 		 362 aa  69.7  0.00000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0184  peptide chain release factor 2  32.77 
 
 		 372 aa  70.5  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1071  peptide chain release factor 1  28.72 
 
 		 355 aa  70.1  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.471814  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1938  hypothetical protein  30.85 
 
 		 370 aa  68.9  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374727  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0554  peptide chain release factor 2  31.93 
 
 		 372 aa  68.9  0.00000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0168531  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2027  peptide chain release factor 2  30.48 
 
 		 248 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2154  peptide chain release factor 2  30.48 
 
 		 406 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0694962  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3104  peptide chain release factor 1  31.25 
 
 		 355 aa  68.6  0.00000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0380  peptide chain release factor 1  31.25 
 
 		 355 aa  68.2  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.362441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1869  hypothetical protein  28.14 
 
 		 371 aa  68.2  0.00000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00638967 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2563  peptide chain release factor 1  32.82 
 
 		 362 aa  68.2  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.273749  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2678  hypothetical protein  29.55 
 
 		 367 aa  68.2  0.00000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.4010800000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3077  peptide chain release factor 2  28.28 
 
 		 332 aa  68.2  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00097655  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0921  peptide chain release factor 2  29.35 
 
 		 349 aa  67.8  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.181333  normal  0.893084 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2533  peptide chain release factor 2  28.18 
 
 		 375 aa  67.8  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1564  peptide chain release factor 1  36.8 
 
 		 360 aa  67.8  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.370048 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2135  peptide chain release factor 2  30.51 
 
 		 391 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.215067 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5960  peptide chain release factor 2  30.51 
 
 		 391 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2117  peptide chain release factor 2  30.51 
 
 		 391 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.223622  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2360  peptide chain release factor 1  31.02 
 
 		 363 aa  67.8  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0112  peptide chain release factor 1  37.04 
 
 		 359 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4117  peptide chain release factor 1  34.04 
 
 		 357 aa  67.4  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2314  peptide chain release factor 2  28.64 
 
 		 375 aa  67  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00391464  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1562  peptide chain release factor 2  28.88 
 
 		 280 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0271557  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1036  peptide chain release factor 2  31.55 
 
 		 357 aa  66.6  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.178506 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1652  peptide chain release factor 1  34.4 
 
 		 364 aa  66.6  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.534857  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0960  hypothetical protein  29.94 
 
 		 367 aa  66.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0655613 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0895  hypothetical protein  30.51 
 
 		 367 aa  67  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0852209 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1051  peptide chain release factor 1  32.61 
 
 		 360 aa  66.2  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0598725  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1030  peptide chain release factor 2 protein  30.51 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.235991  normal  0.771675 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1098  peptide chain release factor 1  39.33 
 
 		 358 aa  66.2  0.0000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.516502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1072  peptide chain release factor 2  31.55 
 
 		 357 aa  66.2  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5423  peptide chain release factor 2  29.94 
 
 		 391 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1471  peptide chain release factor 2  28.34 
 
 		 349 aa  66.2  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4748  peptide chain release factor 1  37.04 
 
 		 359 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.681376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0452  peptide chain release factor 1  47.14 
 
 		 362 aa  66.2  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0522  peptide chain release factor 1  31.19 
 
 		 361 aa  66.2  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01186  peptide chain release factor 1  31.05 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.304726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2436  peptide chain release factor 1  31.05 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000671796  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1359  peptide chain release factor 1  31.05 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000344623  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1931  peptide chain release factor 1  31.05 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000608431  normal  0.0690317 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4061  peptide chain release factor 1  32.37 
 
 		 355 aa  65.9  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.677357  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0894  peptide chain release factor 1  39.22 
 
 		 361 aa  65.9  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01196  hypothetical protein  31.05 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.26987  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0486  peptide chain release factor 2  28.34 
 
 		 349 aa  65.9  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.289866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3126  peptide chain release factor 1  31.34 
 
 		 361 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000819953  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2415  peptide chain release factor 1  31.05 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00102463  hitchhiker  0.000030401 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1316  peptide chain release factor 1  31.05 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000610156  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2428  peptide chain release factor 2  27.85 
 
 		 362 aa  65.9  0.0000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2138  peptide chain release factor 2  27.85 
 
 		 364 aa  65.9  0.0000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1692  peptide chain release factor 1  31.05 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0012914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3112  peptide chain release factor 2  28.34 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.826864  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1479  peptide chain release factor 2, programmed  28.34 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2722  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  28.34 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1375  peptide chain release factor 1  31.05 
 
 		 360 aa  65.9  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000017097  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2206  peptide chain release factor 2, programmed  28.34 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0790  peptide chain release factor 1  30.41 
 
 		 362 aa  65.5  0.0000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.224449  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1153  peptide chain release factor 2  28.34 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.449488  normal  0.0907567 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0724  peptide chain release factor 2  40.18 
 
 		 312 aa  65.5  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>