More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1564 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1564  peptide chain release factor 1  100 
 
 		 360 aa  723    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.370048 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0889  peptide chain release factor 1  80.06 
 
 		 358 aa  573  1.0000000000000001e-162  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491137  normal  0.200442 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0137  peptide chain release factor 1  71.39 
 
 		 361 aa  518  1e-146  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.302124  normal  0.125169 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0955  peptide chain release factor 1  70.82 
 
 		 361 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0150049  normal  0.0330786 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0918  peptide chain release factor 1  70.82 
 
 		 361 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.629192 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0377  peptide chain release factor 1  66.29 
 
 		 358 aa  489  1e-137  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.117375  normal  0.82432 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0894  peptide chain release factor 1  70.25 
 
 		 361 aa  488  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0470  peptide chain release factor 1  66.2 
 
 		 361 aa  490  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.807242  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7604  peptide chain release factor 1  67.05 
 
 		 361 aa  481  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0097  peptide chain release factor 1  67.99 
 
 		 361 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.208503 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4748  peptide chain release factor 1  69.12 
 
 		 359 aa  476  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.681376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0112  peptide chain release factor 1  69.12 
 
 		 359 aa  476  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3955  peptide chain release factor 1  65.34 
 
 		 359 aa  474  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0075  peptide chain release factor 1  66.86 
 
 		 361 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.439429  normal  0.176298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0610  peptide chain release factor 1  66.1 
 
 		 361 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0905177  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2623  peptide chain release factor 1  66.57 
 
 		 360 aa  471  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.481953 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1036  peptide chain release factor 1  64.02 
 
 		 357 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.125967  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3524  peptide chain release factor 1  63.92 
 
 		 359 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0303051  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3816  peptide chain release factor 1  64.2 
 
 		 359 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1800  peptide chain release factor 1  63.46 
 
 		 377 aa  463  1e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.380877  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1869  peptide chain release factor 1  63.46 
 
 		 359 aa  464  1e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2502  peptide chain release factor 1  63.07 
 
 		 360 aa  464  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.135893 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2999  peptide chain release factor 1  62.22 
 
 		 359 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0512  peptide chain release factor 1  65.44 
 
 		 361 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.1342 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0359  peptide chain release factor 1  59.77 
 
 		 359 aa  444  1e-123  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1747  peptide chain release factor 1  63.17 
 
 		 355 aa  441  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.75893 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2714  peptide chain release factor 1  62.75 
 
 		 355 aa  430  1e-119  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.64557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2907  peptide chain release factor 1  59.38 
 
 		 351 aa  418  1e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.440512  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0894  peptide chain release factor 1  60.34 
 
 		 351 aa  419  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.188141  normal  0.50285 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1113  peptide chain release factor 1  59.94 
 
 		 351 aa  418  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.72362  normal  0.0276117 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1552  peptide chain release factor 1  59.66 
 
 		 351 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00635005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1733  peptide chain release factor 1  60.45 
 
 		 351 aa  415  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.520333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0941  peptide chain release factor 1  58.19 
 
 		 350 aa  415  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.301393 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2360  peptide chain release factor 1  58.87 
 
 		 363 aa  414  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0119  peptide chain release factor 1  58.76 
 
 		 361 aa  411  1e-114  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000299484  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1806  peptide chain release factor 1  58.92 
 
 		 354 aa  413  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0496443  normal  0.210435 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2064  peptide chain release factor 1  58.76 
 
 		 361 aa  411  1e-114  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.243868  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0994  peptide chain release factor 1  58.64 
 
 		 363 aa  409  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2284  peptide chain release factor 1  57.22 
 
 		 362 aa  406  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2257  peptide chain release factor 1  57.22 
 
 		 362 aa  406  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2692  peptide chain release factor 1  56.62 
 
 		 356 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000179951  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2530  peptide chain release factor 1  58.77 
 
 		 360 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1424  peptide chain release factor 1  64 
 
 		 360 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.997988  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3804  peptide chain release factor 1  60.37 
 
 		 359 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3709  peptide chain release factor 1  60.37 
 
 		 359 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.231674  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1051  peptide chain release factor 1  58.43 
 
 		 360 aa  402  1e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0598725  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0380  peptide chain release factor 1  60.79 
 
 		 355 aa  401  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.362441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0750  peptide chain release factor 1  58.89 
 
 		 354 aa  403  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.322203  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4456  peptide chain release factor 1  58.81 
 
 		 360 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0733  peptide chain release factor 1  57.95 
 
 		 360 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0761  peptide chain release factor 1  57.95 
 
 		 360 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.169079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2337  peptide chain release factor 1  57.95 
 
 		 360 aa  399  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0980  peptide chain release factor 1  60.06 
 
 		 334 aa  400  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2474  peptide chain release factor 1  58.07 
 
 		 360 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2563  peptide chain release factor 1  55.93 
 
 		 362 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.273749  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02573  peptide chain release factor 1  56.9 
 
 		 361 aa  398  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0263327  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0646  peptide chain release factor 1  57.26 
 
 		 357 aa  399  9.999999999999999e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.308235  normal  0.249903 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61700  peptide chain release factor 1  58.92 
 
 		 360 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0774  peptide chain release factor 1  57.67 
 
 		 360 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3104  peptide chain release factor 1  58.61 
 
 		 355 aa  395  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1060  peptide chain release factor 1  58.81 
 
 		 360 aa  397  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0509  peptide chain release factor 1  57.95 
 
 		 360 aa  395  1e-109  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0288  peptide chain release factor 1  58.45 
 
 		 354 aa  396  1e-109  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1029  peptide chain release factor 1  57.31 
 
 		 355 aa  395  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0336853  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1109  peptide chain release factor 1  57.39 
 
 		 360 aa  391  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0137  peptide chain release factor 1  59.89 
 
 		 352 aa  393  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.490525  normal  0.171192 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4061  peptide chain release factor 1  58.19 
 
 		 355 aa  393  1e-108  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.677357  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2721  peptide chain release factor 1  57.06 
 
 		 360 aa  393  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0436  peptide chain release factor 1  57.63 
 
 		 360 aa  391  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1071  peptide chain release factor 1  55.81 
 
 		 355 aa  392  1e-108  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.471814  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2566  peptide chain release factor 1  57.39 
 
 		 363 aa  392  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0384672  normal  0.342733 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3685  peptide chain release factor 1  55.49 
 
 		 361 aa  394  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0369473  normal  0.712251 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3522  peptide chain release factor 1  57.34 
 
 		 360 aa  390  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.217548  normal  0.148888 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2912  peptide chain release factor 1  55.4 
 
 		 361 aa  389  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0107492  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3459  peptide chain release factor 1  53.8 
 
 		 361 aa  390  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.439809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0949  peptide chain release factor 1  57.39 
 
 		 360 aa  390  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2493  peptide chain release factor 1  57.14 
 
 		 360 aa  388  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2593  peptide chain release factor 1  57.32 
 
 		 360 aa  388  1e-107  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000361971  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2647  peptide chain release factor 1  57.94 
 
 		 354 aa  389  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00109947  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3251  peptide chain release factor 1  58.92 
 
 		 360 aa  389  1e-107  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.227833  normal  0.0955024 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2299  peptide chain release factor 1  60.37 
 
 		 356 aa  389  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3169  peptide chain release factor 1  55.97 
 
 		 363 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0178961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0797  peptide chain release factor 1  55.97 
 
 		 363 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0297796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0278  peptide chain release factor 1  58.24 
 
 		 361 aa  390  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.728879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3546  peptide chain release factor 1  55.97 
 
 		 363 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00646422  hitchhiker  0.0000410243 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3833  peptide chain release factor 1  55.97 
 
 		 363 aa  386  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1971  peptide chain release factor 1  58.81 
 
 		 360 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00228451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0482  peptide chain release factor 1  56.5 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.464905 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1363  peptide chain release factor 1  58.81 
 
 		 360 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000133324  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3044  peptide chain release factor 1  57.63 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1913  peptide chain release factor 1  59.09 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.305061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0801  peptide chain release factor 1  55.4 
 
 		 363 aa  386  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00710906  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0389  peptide chain release factor 1  55.49 
 
 		 363 aa  387  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.802059  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1547  peptide chain release factor 1  58.81 
 
 		 360 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891695  normal  0.256018 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2595  peptide chain release factor 1  56.5 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.324585  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1907  peptide chain release factor 1  58.81 
 
 		 360 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0341026  normal  0.709349 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2888  peptide chain release factor 1  56.21 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.362694 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0510  peptide chain release factor 1  56.5 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.206813  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3645  peptide chain release factor 1  54.21 
 
 		 361 aa  387  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00304909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0769  peptide chain release factor 1  55.97 
 
 		 363 aa  387  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.081149  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>