More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0290 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_0290  peptide chain release factor-like protein  100 
 
 		 204 aa  425  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.127156 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0263  peptide chain release factor-like protein  96.08 
 
 		 204 aa  413  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0268  peptide chain release factor-like protein  96.57 
 
 		 204 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0233  peptide chain release factor-like protein  96.57 
 
 		 204 aa  415  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3371  peptide chain release factor H  97.13 
 
 		 178 aa  359  2e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0349  peptide chain release factor-like protein  81.59 
 
 		 204 aa  347  7e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0345  peptide chain release factor-like protein  81.09 
 
 		 204 aa  344  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.196976  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0364  peptide chain release factor-like protein  81.09 
 
 		 204 aa  344  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.429875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0354  peptide chain release factor-like protein  81.09 
 
 		 204 aa  344  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0356  peptide chain release factor-like protein  80.6 
 
 		 204 aa  343  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000967755 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00231  peptide chain release factor 2  96.39 
 
 		 166 aa  341  5.999999999999999e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00234  hypothetical protein  96.39 
 
 		 166 aa  341  5.999999999999999e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0281  peptide chain release factor-like protein  95.18 
 
 		 166 aa  333  7e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.568314 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3597  peptide chain release factor-like protein  62.69 
 
 		 207 aa  263  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3439  peptide chain release factor-like protein  60.7 
 
 		 207 aa  248  4e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.3707  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01750  peptide chain release factor-like protein  61.19 
 
 		 207 aa  238  5e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.132154  normal  0.46874 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72200  peptide chain release factor-like protein  62.69 
 
 		 204 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4861  peptide chain release factor-like protein  55.94 
 
 		 204 aa  216  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0755731 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3902  peptide chain release factor H  43.93 
 
 		 218 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0189567 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2459  peptide chain release factor H  43.22 
 
 		 199 aa  162  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321859  normal  0.956081 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3456  peptide chain release factor-like protein  41.26 
 
 		 229 aa  161  5.0000000000000005e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0652118  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0332  putative peptide chain release factor  39.17 
 
 		 248 aa  158  5e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0242  peptide chain release factor-like protein  40.31 
 
 		 219 aa  139  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7272  peptide chain release factor-like protein  35.71 
 
 		 210 aa  139  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000014386  normal  0.97905 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2039  class I peptide chain release factor  38.27 
 
 		 202 aa  137  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3282  peptide chain release factor H  38.12 
 
 		 204 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434629  normal  0.0508518 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0760  peptide chain release factor H  34.31 
 
 		 206 aa  118  7.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1124  class I peptide chain release factor domain-containing protein  40 
 
 		 207 aa  108  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0921  peptide chain release factor 2  34.12 
 
 		 349 aa  90.1  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.181333  normal  0.893084 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1069  peptide chain release factor 2  33.89 
 
 		 347 aa  89.7  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.624401 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1471  peptide chain release factor 2  32.18 
 
 		 349 aa  89.4  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1151  peptide chain release factor 2  35 
 
 		 381 aa  88.6  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0819  peptide chain release factor 2  37.04 
 
 		 349 aa  86.7  2e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0281018 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0486  peptide chain release factor 2  32.18 
 
 		 349 aa  86.7  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.289866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2248  hypothetical protein  33.95 
 
 		 367 aa  86.3  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3265  peptide chain release factor 2  31.94 
 
 		 386 aa  86.3  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.337928  hitchhiker  0.000000190914 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2758  peptide chain release factor 2  33.95 
 
 		 367 aa  86.3  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1562  peptide chain release factor 2  32.14 
 
 		 280 aa  85.9  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0271557  normal  0.252687 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0895  hypothetical protein  32.18 
 
 		 367 aa  85.5  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0852209 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1847  peptide chain release factor 2  33.95 
 
 		 300 aa  85.9  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.194461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1449  peptide chain release factor 2  32.35 
 
 		 359 aa  85.5  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.768033 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0960  hypothetical protein  32.18 
 
 		 367 aa  85.5  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0655613 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1030  peptide chain release factor 2 protein  31.61 
 
 		 300 aa  85.1  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.235991  normal  0.771675 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3791  hypothetical protein  33.7 
 
 		 367 aa  85.1  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.914403  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2570  peptide chain release factor 2  31.55 
 
 		 417 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0324776  normal  0.0245297 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1072  peptide chain release factor 2  31.03 
 
 		 357 aa  84.3  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0075  peptide chain release factor 2  29.56 
 
 		 282 aa  84  0.000000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00578068  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0230  peptide chain release factor 2  36.18 
 
 		 330 aa  84.3  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.413245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1036  peptide chain release factor 2  31.03 
 
 		 357 aa  84.3  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.178506 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2278  peptide chain release factor 2  41.41 
 
 		 372 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0834  peptide chain release factor 2  35.8 
 
 		 349 aa  83.6  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2340  peptide chain release factor 2  33.14 
 
 		 343 aa  83.6  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.538916  normal  0.0748941 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0838  peptide chain release factor 2  34.57 
 
 		 325 aa  83.6  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.725639 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1766  peptide chain release factor 2  31.95 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.015531 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2773  peptide chain release factor 2  32.79 
 
 		 355 aa  83.2  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2265  peptide chain release factor 2  35.17 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.021133  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_509  peptide chain release factor 2  32.93 
 
 		 357 aa  82.8  0.000000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231762  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4596  peptide chain release factor 2  36.17 
 
 		 372 aa  82  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.786099 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0864  peptide chain release factor 2  36.18 
 
 		 366 aa  82  0.000000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0550001  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0804  peptide chain release factor 2  38.1 
 
 		 376 aa  81.6  0.000000000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1884  peptide chain release factor 2  31.18 
 
 		 459 aa  81.3  0.000000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.344526  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0570  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  34.04 
 
 		 362 aa  80.9  0.00000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000011559  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2027  peptide chain release factor 2  29.31 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1153  peptide chain release factor 2  29.89 
 
 		 248 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.449488  normal  0.0907567 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3112  peptide chain release factor 2  30.59 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.826864  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0350  peptide chain release factor 2  37.66 
 
 		 335 aa  80.9  0.00000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2722  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  30.59 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16430  peptide chain release factor 2  44.94 
 
 		 331 aa  80.9  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000953459  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1620  peptide chain release factor 2  36.02 
 
 		 366 aa  80.9  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00133375  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1479  peptide chain release factor 2, programmed  30.59 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2206  peptide chain release factor 2, programmed  30.59 
 
 		 248 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1699  peptide chain release factor 2  30.59 
 
 		 367 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822154  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0912  peptide chain release factor 2  34.48 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.779276  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5423  peptide chain release factor 2  30 
 
 		 391 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0721  hypothetical protein  31.84 
 
 		 376 aa  80.5  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2135  peptide chain release factor 2  30 
 
 		 391 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.215067 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0544  peptide chain release factor 2  32.5 
 
 		 356 aa  80.1  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00703964  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0961  peptide chain release factor 2  40 
 
 		 342 aa  79.7  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.379105  hitchhiker  0.00626958 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2644  peptide chain release factor 2  30.59 
 
 		 367 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2590  peptide chain release factor 2, programmed  30.59 
 
 		 367 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5960  peptide chain release factor 2  30 
 
 		 391 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2154  peptide chain release factor 2  29.31 
 
 		 406 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0694962  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2117  peptide chain release factor 2  30 
 
 		 391 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.223622  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2735  hypothetical protein  37.04 
 
 		 372 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0949  peptide chain release factor 1  48.89 
 
 		 360 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3970  peptide chain release factor 2  32.24 
 
 		 366 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000632573  unclonable  0.000000000161468 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2029  peptide chain release factor 1  33.51 
 
 		 358 aa  79.7  0.00000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1799  peptide chain release factor 2  40.77 
 
 		 344 aa  79.7  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1409  peptide chain release factor 2  32.12 
 
 		 330 aa  79.3  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0056831  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1732  peptide chain release factor 2  37.5 
 
 		 369 aa  79.3  0.00000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2366  peptide chain release factor 2  37.31 
 
 		 364 aa  79  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0705  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  34.84 
 
 		 366 aa  79.3  0.00000000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0365  peptide chain release factor 2  32.97 
 
 		 357 aa  79.3  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1451  peptide chain release factor 2  37.8 
 
 		 372 aa  79  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0397  peptide chain release factor 2  36.23 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3044  peptide chain release factor 1  31.25 
 
 		 360 aa  79  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0939  hypothetical protein  30.85 
 
 		 376 aa  79  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3275  peptide chain release factor 2  37.84 
 
 		 322 aa  79  0.00000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.314712  normal  0.99195 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0456  peptide chain release factor 2  35.37 
 
 		 338 aa  79  0.00000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.454858  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2038  peptide chain release factor 2  38.17 
 
 		 361 aa  79  0.00000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.763789  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>