More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1799 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1799  peptide chain release factor 2  100 
 
 		 344 aa  707    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1396  peptide chain release factor 2  87.54 
 
 		 376 aa  596  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0145542  normal  0.663768 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1305  peptide chain release factor 2  88.06 
 
 		 376 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0721349 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0961  peptide chain release factor 2  85.55 
 
 		 342 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.379105  hitchhiker  0.00626958 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0912  peptide chain release factor 2  75 
 
 		 375 aa  552  1e-156  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.779276  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6050  hypothetical protein  73.61 
 
 		 375 aa  549  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0534782  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5845  peptide chain release factor 2  74.45 
 
 		 321 aa  523  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.417863  normal  0.711564 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3166  peptide chain release factor 2  74.14 
 
 		 321 aa  520  1e-146  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1707  peptide chain release factor 2  76.4 
 
 		 322 aa  518  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3208  peptide chain release factor 2  74.14 
 
 		 321 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.760596 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2982  peptide chain release factor 2  74.14 
 
 		 321 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.186364  normal  0.52884 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2265  peptide chain release factor 2  75.08 
 
 		 321 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.021133  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0721  hypothetical protein  71.35 
 
 		 376 aa  514  1.0000000000000001e-145  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0939  hypothetical protein  68.7 
 
 		 376 aa  505  9.999999999999999e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0804  peptide chain release factor 2  69.77 
 
 		 376 aa  500  1e-140  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5077  peptide chain release factor 2  73.83 
 
 		 321 aa  496  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.30933  normal  0.0341665 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3275  peptide chain release factor 2  74.53 
 
 		 322 aa  494  1e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.314712  normal  0.99195 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2731  hypothetical protein  69.59 
 
 		 376 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3177  peptide chain release factor 2  67.15 
 
 		 375 aa  475  1e-133  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.482998  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4200  peptide chain release factor 2  68.42 
 
 		 323 aa  471  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.34254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3845  peptide chain release factor 2  64.83 
 
 		 375 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2314  peptide chain release factor 2  64.24 
 
 		 375 aa  470  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00391464  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1715  peptide chain release factor 2  68.01 
 
 		 322 aa  456  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.833664  normal  0.278616 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4671  peptide chain release factor 2  67.7 
 
 		 322 aa  451  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3006  peptide chain release factor 2  68.94 
 
 		 322 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.743846  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1825  peptide chain release factor 2  67.39 
 
 		 322 aa  451  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2040  peptide chain release factor 2  67.5 
 
 		 322 aa  449  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2445  peptide chain release factor 2  67.7 
 
 		 322 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.689282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2575  peptide chain release factor 2  62.24 
 
 		 367 aa  446  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2851  peptide chain release factor 2  68.01 
 
 		 322 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.205155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1623  peptide chain release factor 2  63.75 
 
 		 375 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.622299  normal  0.50404 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2977  peptide chain release factor 2  63.44 
 
 		 375 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1856  peptide chain release factor 2  62.54 
 
 		 375 aa  431  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.892682 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1172  peptide chain release factor 2  62.01 
 
 		 375 aa  431  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.073088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1815  peptide chain release factor 2  60.06 
 
 		 402 aa  428  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0233065 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1686  peptide chain release factor 2  62.42 
 
 		 323 aa  426  1e-118  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0868  peptide chain release factor 2  57.14 
 
 		 374 aa  401  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.395021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2533  peptide chain release factor 2  59 
 
 		 375 aa  389  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1299  peptide chain release factor 2  63.32 
 
 		 321 aa  388  1e-107  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0921443  normal  0.567483 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1031  peptide chain release factor 2  56.33 
 
 		 379 aa  383  1e-105  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.158177  normal  0.214686 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5960  peptide chain release factor 2  53.68 
 
 		 391 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2154  peptide chain release factor 2  53.37 
 
 		 406 aa  378  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0694962  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2117  peptide chain release factor 2  53.68 
 
 		 391 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.223622  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2135  peptide chain release factor 2  53.68 
 
 		 391 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.215067 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2278  peptide chain release factor 2  57.68 
 
 		 372 aa  377  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5423  peptide chain release factor 2  53.07 
 
 		 391 aa  375  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1461  peptide chain release factor 2  53.8 
 
 		 364 aa  373  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2570  peptide chain release factor 2  52.76 
 
 		 417 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0324776  normal  0.0245297 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1699  peptide chain release factor 2  53.07 
 
 		 367 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822154  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0819  peptide chain release factor 2  55.32 
 
 		 349 aa  372  1e-102  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0281018 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2590  peptide chain release factor 2, programmed  53.07 
 
 		 367 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0834  peptide chain release factor 2  55.62 
 
 		 349 aa  374  1e-102  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1437  peptide chain release factor 2  54.6 
 
 		 382 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33798  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16510  putative peptide chain release factor 2  54.29 
 
 		 332 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2644  peptide chain release factor 2  53.07 
 
 		 367 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1963  peptide chain release factor 2  53.8 
 
 		 367 aa  369  1e-101  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0921  peptide chain release factor 2  54.35 
 
 		 349 aa  370  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.181333  normal  0.893084 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2366  peptide chain release factor 2  56.11 
 
 		 364 aa  370  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3258  hypothetical protein  54.6 
 
 		 371 aa  367  1e-100  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1884  peptide chain release factor 2  52.45 
 
 		 459 aa  368  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.344526  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0838  peptide chain release factor 2  54.55 
 
 		 325 aa  367  1e-100  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.725639 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0479  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  52.89 
 
 		 365 aa  364  1e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1310  peptide chain release factor 2  53.68 
 
 		 329 aa  364  2e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.496606  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1036  peptide chain release factor 2  51.06 
 
 		 357 aa  363  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.178506 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0796  peptide chain release factor 2  52.96 
 
 		 354 aa  362  4e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.570581  normal  0.0161038 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1449  peptide chain release factor 2  51.21 
 
 		 359 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.768033 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0960  hypothetical protein  52.76 
 
 		 367 aa  362  6e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0655613 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3371  peptide chain release factor 2  53.68 
 
 		 378 aa  362  6e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0518428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0895  hypothetical protein  52.45 
 
 		 367 aa  361  9e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0852209 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1072  peptide chain release factor 2  50.46 
 
 		 357 aa  361  1e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2844  peptide chain release factor 2  51.71 
 
 		 325 aa  360  2e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.247067 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0350  peptide chain release factor 2  52.27 
 
 		 335 aa  360  2e-98  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1069  peptide chain release factor 2  51.37 
 
 		 347 aa  360  2e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.624401 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1247  peptide chain release factor 2  55.17 
 
 		 326 aa  359  3e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.0405299999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0437  peptide chain release factor 2  51.71 
 
 		 364 aa  359  4e-98  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0421  hypothetical protein  50.76 
 
 		 365 aa  358  6e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0982  hypothetical protein  52.96 
 
 		 364 aa  358  6e-98  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0020  peptide chain release factor 2  52.16 
 
 		 375 aa  358  9e-98  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00724435  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3297  hypothetical protein  53.5 
 
 		 365 aa  358  9e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3791  hypothetical protein  52.45 
 
 		 367 aa  358  9.999999999999999e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.914403  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0365  peptide chain release factor 2  51.68 
 
 		 357 aa  357  1.9999999999999998e-97  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1369  peptide chain release factor 2  52.35 
 
 		 369 aa  357  1.9999999999999998e-97  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2248  hypothetical protein  52.76 
 
 		 367 aa  355  3.9999999999999996e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0705  peptide chain release factor 2, programmed frameshift  51.36 
 
 		 366 aa  356  3.9999999999999996e-97  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2758  peptide chain release factor 2  52.76 
 
 		 367 aa  355  3.9999999999999996e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0793  peptide chain release factor 2  53.61 
 
 		 331 aa  355  5e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3423  hypothetical protein  52.58 
 
 		 365 aa  355  5e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0838102  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1805  peptide chain release factor 2  53.8 
 
 		 354 aa  355  7.999999999999999e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1786  peptide chain release factor 2  54.72 
 
 		 317 aa  355  8.999999999999999e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000314162  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1002  peptide chain release factor 2  54.29 
 
 		 340 aa  353  2e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000036065  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0882  peptide chain release factor 2  51.98 
 
 		 365 aa  353  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.989751  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2773  peptide chain release factor 2  52.15 
 
 		 355 aa  353  2e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0648  peptide chain release factor 2  51.98 
 
 		 365 aa  353  2e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0864  peptide chain release factor 2  51.98 
 
 		 365 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2206  hypothetical protein  51.07 
 
 		 373 aa  353  2.9999999999999997e-96  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0456  peptide chain release factor 2  52.45 
 
 		 338 aa  352  4e-96  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.454858  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0801  hypothetical protein  52.28 
 
 		 365 aa  352  5e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000691536  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02723  peptide chain release factor 2  52.28 
 
 		 365 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.139498  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3024  peptide chain release factor 2  52.28 
 
 		 365 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0818  peptide chain release factor 2  52.28 
 
 		 365 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>