More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2919 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  667    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  78.82 
 
 		 321 aa  528  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  55.35 
 
 		 321 aa  372  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  47.47 
 
 		 324 aa  318  7.999999999999999e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 324 aa  318  1e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 324 aa  318  1e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 324 aa  318  1e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 337 aa  316  3e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 328 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  46.5 
 
 		 324 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 350 aa  302  6.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 350 aa  300  3e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  46.23 
 
 		 318 aa  292  4e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 330 aa  251  1e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 322 aa  113  5e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 322 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 322 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 322 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 321 aa  97.4  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  28.26 
 
 		 332 aa  91.7  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 321 aa  92  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 321 aa  90.1  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  23.57 
 
 		 318 aa  87.4  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 332 aa  87  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 317 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 326 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 335 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  24.77 
 
 		 327 aa  79  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  24.74 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 325 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  24.5 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 324 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 334 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  25.86 
 
 		 314 aa  70.1  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 316 aa  65.5  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  24.37 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  30.92 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 320 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  28.17 
 
 		 321 aa  61.2  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 313 aa  61.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  30.26 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 313 aa  60.8  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  32.56 
 
 		 321 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  27.7 
 
 		 321 aa  60.5  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 306 aa  60.1  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  36.25 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 300 aa  59.7  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 306 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 320 aa  59.3  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 297 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.63 
 
 		 300 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4453  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  hitchhiker  0.0000436239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 320 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 310 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 326 aa  58.2  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  42.25 
 
 		 314 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  44.12 
 
 		 314 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 317 aa  57  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  20.63 
 
 		 310 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  26.62 
 
 		 300 aa  56.6  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  26.75 
 
 		 322 aa  56.6  0.0000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 315 aa  56.6  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 345 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 320 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  36 
 
 		 317 aa  56.6  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 320 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  40.28 
 
 		 321 aa  56.2  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 305 aa  55.8  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 305 aa  55.8  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  20.63 
 
 		 310 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 317 aa  55.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  27.63 
 
 		 323 aa  55.5  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 302 aa  55.5  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  37.04 
 
 		 304 aa  55.1  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 323 aa  54.7  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  30.84 
 
 		 313 aa  54.3  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 331 aa  54.3  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 301 aa  55.1  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 308 aa  55.1  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0758  LysR family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 301 aa  54.3  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.733983  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3242  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 320 aa  54.3  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 317 aa  53.9  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 320 aa  54.3  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  25.29 
 
 		 316 aa  53.9  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4445  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 296 aa  53.5  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.400594 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  26.21 
 
 		 319 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 309 aa  53.1  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 322 aa  53.1  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  26.21 
 
 		 319 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>