248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2704 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2704  initiation factor 2B related  100 
 
 
312 aa  649    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0074  initiation factor 2B related  36.01 
 
 
292 aa  171  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2067  translation initiation factor IF-2B subunit delta  31.41 
 
 
309 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0331  translation initiation factor, aIF-2BII family  35.17 
 
 
309 aa  127  3e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0557  translation initiation factor IF-2B subunit delta  33.45 
 
 
319 aa  124  2e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0282254 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2432  translation initiation factor IF-2B subunit delta  30 
 
 
320 aa  120  3.9999999999999996e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2314  translation initiation factor IF-2B subunit delta  33.58 
 
 
318 aa  119  7e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3027  initiation factor 2B related  31.63 
 
 
320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.390862  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2966  translation initiation factor, aIF-2BII family  29.68 
 
 
351 aa  116  6e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.00871533  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0257  translation initiation factor IF-2B subunit delta  33.2 
 
 
318 aa  115  7.999999999999999e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.374492  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0793  translation initiation factor IF-2B subunit delta  31.4 
 
 
307 aa  115  8.999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.618819 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1938  translation initiation factor IF-2B subunit delta  31.58 
 
 
321 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2269  translation initiation factor IF-2B subunit delta  29.25 
 
 
323 aa  112  7.000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.0752053 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2147  initiation factor 2B related  27.85 
 
 
309 aa  103  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000266151  hitchhiker  0.00589649 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0673  translation initiation factor IF-2B subunit delta  27.82 
 
 
313 aa  101  2e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0385  initiation factor 2B related  36.42 
 
 
319 aa  100  3e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.14036  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4322  aIF-2BI family translation initiation factor  30.1 
 
 
346 aa  99  8e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.394096  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3379  aIF-2BI family translation initiation factor  29.07 
 
 
346 aa  99  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_10674  predicted protein  30.14 
 
 
290 aa  98.6  1e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.337525  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0571  translation initiation factor, aIF-2BII family  27.47 
 
 
327 aa  97.8  2e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2762  translation initiation factor IF-2B subunit delta  28.57 
 
 
331 aa  97.4  2e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.00225031  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1262  translation initiation factor IF-2B subunit delta  30.89 
 
 
302 aa  97.8  2e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.156828  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2064  aIF-2BI family translation initiation factor  28.84 
 
 
346 aa  97.4  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000777983  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1971  methylthioribose-1-phosphate isomerase  31.16 
 
 
359 aa  96.7  4e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0008  translation initiation factor IF-2B subunit alpha  39.38 
 
 
351 aa  96.3  5e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.679741  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0072  translation initiation factor 2B subunit I  29.55 
 
 
346 aa  94.7  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.25912 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2012  initiation factor 2B related  28.38 
 
 
310 aa  94  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0494  translation initiation factor 2B subunit I  29.82 
 
 
332 aa  93.2  4e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.93452  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0770  translation initiation factor, aIF-2BI family  40.88 
 
 
366 aa  92.4  9e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.301181  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3596  translation initiation factor, aIF-2BI family  28.52 
 
 
346 aa  91.7  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.82629  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0076  translation initiation factor 2B subunit I  30.15 
 
 
355 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0384  translation initiation factor IF-2B subunit delta  30.84 
 
 
331 aa  92  1e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.111584  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3564  initiation factor 2B related protein  28.53 
 
 
505 aa  91.3  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2170  aIF-2BI family translation initiation factor  36.22 
 
 
344 aa  91.3  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0491  translation initiation factor 2B subunit I  30.89 
 
 
337 aa  90.5  4e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.23967 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0663  translation initiation factor IF-2B subunit alpha  37.18 
 
 
365 aa  90.5  4e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.109881 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2173  translation initiation factor IF-2B subunit alpha  37.66 
 
 
366 aa  89.7  5e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1186  translation initiation factor, aIF-2BI family  30.57 
 
 
345 aa  89.7  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000144196  normal  0.031954 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3385  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized protein  32.98 
 
 
357 aa  89.7  6e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0518  aIF-2BI family translation initiation factor  34.83 
 
 
334 aa  89  9e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.294825  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0396  translation initiation factor IF-2B subunit alpha  38.22 
 
 
370 aa  89  1e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.359627  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_459  methylthioribose-1-phosphate isomerase  34.33 
 
 
332 aa  88.2  2e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.14852  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2877  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized proteins  35.71 
 
 
350 aa  87.4  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0703  translation initiation factor 2B subunit I  35.23 
 
 
351 aa  87  4e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000787843 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3765  translation initiation factor, aIF-2BI family  29.64 
 
 
345 aa  87  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0692423  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2276  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized protein  27.66 
 
 
348 aa  87  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3335  methylthioribose-1-phosphate isomerase  39.38 
 
 
362 aa  85.9  7e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000368125 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0921  translation initiation factor, aIF-2BI family  29.45 
 
 
342 aa  85.1  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3347  initiation factor 2B related protein  25.7 
 
 
283 aa  85.1  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.151547  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC01730  hypothetical protein  32.06 
 
 
386 aa  84  0.000000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.199105  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0521  methylthioribose-1-phosphate isomerase  37.27 
 
 
367 aa  84  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1398  initiation factor 2B related  27.68 
 
 
414 aa  84  0.000000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0005  translation initiation factor IF-2B subunit alpha  33.95 
 
 
365 aa  83.6  0.000000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1694  aIF-2BI family translation initiation factor  26.99 
 
 
353 aa  83.6  0.000000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2269  translation initiation factor 2B subunit I  29.73 
 
 
349 aa  83.6  0.000000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0161  methylthioribose-1-phosphate isomerase  35.44 
 
 
367 aa  83.2  0.000000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2349  aIF-2BI family translation initiation factor  28.85 
 
 
358 aa  82.8  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.944221  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0929  translation initiation factor, aIF-2BI family  31.35 
 
 
344 aa  82.8  0.000000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.119435  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1543  translation initiation factor, aIF-2BI family  35.38 
 
 
333 aa  82.4  0.000000000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0321135  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1992  translation initiation factor 2B subunit I  28.72 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.337411 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0510  aIF-2BI family translation initiation factor  28.28 
 
 
346 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1571  initiation factor 2B related protein  25.77 
 
 
283 aa  82  0.00000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2235  translation initiation factor, aIF-2BI family  31.01 
 
 
350 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1840  aIF-2BI family translation initiation factor  29.01 
 
 
348 aa  80.9  0.00000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.635739  normal 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_14255  predicted protein  31.38 
 
 
326 aa  81.6  0.00000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0964  translation initiation factor, aIF-2BI family  29.84 
 
 
351 aa  81.6  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.518904  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0623  putative translation initiation factor, aIF-2BI/5-methylthioribose-1-phosphate isomerase  37.89 
 
 
354 aa  80.9  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.242304  normal  0.23951 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3292  methylthioribose-1-phosphate isomerase  28.63 
 
 
356 aa  81.3  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178535  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1491  translation initiation factor, aIF-2BI family  28.26 
 
 
353 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.626941  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0027  aIF-2BI family translation initiation factor  30.92 
 
 
337 aa  80.1  0.00000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1844  initiation factor 2B alpha/beta/delta  28.41 
 
 
335 aa  80.1  0.00000000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4113  aIF-2BI family translation initiation factor  37.97 
 
 
360 aa  80.1  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1400  translation initiation factor, aIF-2BI family  32.14 
 
 
354 aa  79.7  0.00000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0211329  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0665  aIF-2BI family translation initiation factor  36.31 
 
 
362 aa  79.7  0.00000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.360605  normal  0.588664 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2312  translation initiation factor, aIF-2BI family  34.52 
 
 
378 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1646  translation initiation factor, aIF-2BI family  28.94 
 
 
340 aa  79.3  0.00000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1140  translation initiation factor 2B subunit I  29.6 
 
 
342 aa  79.7  0.00000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0016  aIF-2BI family translation initiation factor  28.66 
 
 
343 aa  79  0.00000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.570831  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0016  aIF-2BI family translation initiation factor  28.66 
 
 
343 aa  79  0.00000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.339634  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3447  translation initiation factor, aIF-2BI family  33.66 
 
 
342 aa  79  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.653614  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0888  translation initiation factor, aIF-2BI family  28.16 
 
 
343 aa  79  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.332412  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1036  translation initiation factor, aIF-2BI family  31.63 
 
 
347 aa  79  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.313313  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0254  aIF-2BI family translation initiation factor  32.32 
 
 
346 aa  79  0.0000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0156  eIF-2B alpha/beta/delta-related uncharacterized protein  31.94 
 
 
354 aa  78.6  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.232234  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0810  aIF-2BI family translation initiation factor  29.52 
 
 
349 aa  77.8  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0503  translation initiation factor, aIF-2BI family  26.84 
 
 
350 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4098  methylthioribose-1-phosphate isomerase  29.31 
 
 
351 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.463174  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3517  translation initiation factor, aIF-2BI family  34.34 
 
 
338 aa  77.4  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.574995  normal  0.0784956 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1519  aIF-2BI family translation initiation factor  32.32 
 
 
350 aa  77  0.0000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.889993  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0648  aIF-2BI family translation initiation factor  29.41 
 
 
348 aa  77  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.674044  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0676  translation initiation factor, aIF-2BI family  29.48 
 
 
339 aa  77  0.0000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0103604  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2386  methylthioribose-1-phosphate isomerase  34.18 
 
 
364 aa  76.6  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3560  translation initiation factor, aIF-2BI family  26.64 
 
 
357 aa  76.6  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0648  methylthioribose-1-phosphate isomerase  33.76 
 
 
367 aa  76.3  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0485  aIF-2BI family translation initiation factor  29.48 
 
 
353 aa  76.3  0.0000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.646058  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1050  methylthioribose-1-phosphate isomerase  34.18 
 
 
364 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.246086  normal  0.396346 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4121  aIF-2BI family translation initiation factor  37.11 
 
 
367 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0621  translation initiation factor 2B subunit I  28.29 
 
 
342 aa  75.9  0.0000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0997628  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6183  aIF-2BI family translation initiation factor  32.3 
 
 
365 aa  75.9  0.0000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.995024  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0169  aIF-2BI family translation initiation factor  28.77 
 
 
345 aa  75.9  0.0000000000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00178496 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>