More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2590 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  472  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  60.54 
 
 		 227 aa  266  2e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2228  two component transcriptional regulator  60.99 
 
 		 222 aa  263  1e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00319429  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  59.29 
 
 		 224 aa  259  3e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  55.36 
 
 		 226 aa  259  4e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  56.76 
 
 		 243 aa  256  2e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  58.11 
 
 		 225 aa  255  4e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0234  response regulator receiver  56.5 
 
 		 221 aa  254  6e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  59.46 
 
 		 227 aa  254  8e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  53.48 
 
 		 230 aa  252  3e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.74 
 
 		 240 aa  251  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.74 
 
 		 240 aa  251  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.19 
 
 		 240 aa  251  5.000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.74 
 
 		 240 aa  251  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.74 
 
 		 240 aa  251  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  54.19 
 
 		 240 aa  251  7e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.19 
 
 		 240 aa  251  7e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  54.19 
 
 		 240 aa  251  7e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.19 
 
 		 240 aa  251  7e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.19 
 
 		 240 aa  251  7e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.74 
 
 		 240 aa  251  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.74 
 
 		 240 aa  249  3e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.74 
 
 		 240 aa  248  5e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.74 
 
 		 240 aa  248  5e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  54.5 
 
 		 243 aa  248  7e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0951  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.44 
 
 		 223 aa  246  2e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207417 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.1 
 
 		 242 aa  246  3e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  53.74 
 
 		 226 aa  245  4e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.36 
 
 		 239 aa  244  8e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  60 
 
 		 223 aa  244  8e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  54.67 
 
 		 232 aa  244  9e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  53.1 
 
 		 242 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  51.54 
 
 		 240 aa  241  5e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  52.25 
 
 		 239 aa  236  2e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  52.25 
 
 		 239 aa  236  3e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  52.25 
 
 		 239 aa  236  3e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  51.35 
 
 		 227 aa  232  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  50.9 
 
 		 219 aa  227  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  49.57 
 
 		 241 aa  227  1e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14310  Response regulator  48.88 
 
 		 226 aa  224  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1527  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 230 aa  223  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255733  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.64 
 
 		 219 aa  223  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.64 
 
 		 219 aa  223  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  48.25 
 
 		 247 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  52.21 
 
 		 232 aa  219  1.9999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1573  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  47.98 
 
 		 234 aa  217  8.999999999999998e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  48.65 
 
 		 227 aa  217  8.999999999999998e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.64 
 
 		 230 aa  217  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  45.54 
 
 		 222 aa  217  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 		 221 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3145  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 231 aa  207  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00258001  hitchhiker  0.000377263 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3840  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.67 
 
 		 229 aa  204  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03764  two-component system regulatory protein  45.74 
 
 		 247 aa  193  2e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 230 aa  190  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.05 
 
 		 237 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0977  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.81 
 
 		 242 aa  188  5.999999999999999e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1658  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 230 aa  185  5e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.515101  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1059  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 242 aa  184  7e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.346912  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  43.5 
 
 		 226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.09 
 
 		 236 aa  182  3e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1756  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.38 
 
 		 230 aa  182  3e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.769657  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 230 aa  182  6e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 231 aa  181  7e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.97 
 
 		 234 aa  180  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0031  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.82 
 
 		 234 aa  181  1e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 227 aa  181  1e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  41.74 
 
 		 236 aa  181  1e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.97 
 
 		 234 aa  180  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  39.45 
 
 		 245 aa  180  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1673  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.44 
 
 		 233 aa  179  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  39.56 
 
 		 231 aa  180  2e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.27 
 
 		 222 aa  179  2.9999999999999997e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.95 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1847  two component transcriptional regulator  40.95 
 
 		 234 aa  179  2.9999999999999997e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000121968  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.61 
 
 		 236 aa  179  4e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  42.73 
 
 		 227 aa  178  4.999999999999999e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.13 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.3 
 
 		 233 aa  177  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6145  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.788201 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.26 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.11 
 
 		 237 aa  177  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  39.46 
 
 		 223 aa  176  2e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1815  two component transcriptional regulator  37.55 
 
 		 232 aa  177  2e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.101184  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  39.46 
 
 		 223 aa  176  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  39.46 
 
 		 223 aa  176  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0154  two component transcriptional regulator  41.1 
 
 		 238 aa  176  3e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.644268  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  39.46 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  39.01 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  39.46 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2796  DNA-binding response regulator  35.96 
 
 		 231 aa  176  3e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.512352  hitchhiker  0.00000533196 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0489  two component transcriptional regulator  41.33 
 
 		 228 aa  176  3e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  39.46 
 
 		 223 aa  176  3e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3061  two component transcriptional regulator  44 
 
 		 227 aa  175  4e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.799336  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  40.79 
 
 		 229 aa  175  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0724  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 226 aa  175  4e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  41.26 
 
 		 226 aa  175  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2526  DNA-binding response regulator  35.96 
 
 		 231 aa  175  4e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2564  DNA-binding response regulator  36.4 
 
 		 231 aa  175  5e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0589521  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>