More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2534 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2534  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 289 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.950966 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0595  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.03 
 
 		 297 aa  429  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.74 
 
 		 273 aa  409  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0181663 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4287  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  44.72 
 
 		 297 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.018546 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3538  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.83 
 
 		 297 aa  243  1.9999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.838406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3232  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.67 
 
 		 343 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.77 
 
 		 327 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1472  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.54 
 
 		 334 aa  182  4.0000000000000006e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.0018885  normal  0.965057 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.46 
 
 		 327 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.047646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.03 
 
 		 326 aa  176  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13505  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  31.16 
 
 		 364 aa  145  1e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.87 
 
 		 323 aa  132  9e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2126  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 		 325 aa  129  7.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.32 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.81 
 
 		 459 aa  72.8  0.000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  27.18 
 
 		 324 aa  71.2  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.04 
 
 		 308 aa  70.5  0.00000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.91 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.29 
 
 		 353 aa  67  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.64554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.77 
 
 		 313 aa  66.2  0.0000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0022  hypothetical protein  27.72 
 
 		 336 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14191  hypothetical protein  32.28 
 
 		 352 aa  65.9  0.0000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.41 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.84 
 
 		 274 aa  64.3  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.17 
 
 		 334 aa  64.3  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.33 
 
 		 267 aa  64.7  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.97 
 
 		 326 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0539  hypothetical protein  28.47 
 
 		 328 aa  63.5  0.000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 		 308 aa  63.9  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0248885  hitchhiker  0.0015787 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7040  hopanoid-associated sugar epimerase  27.34 
 
 		 336 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000519767 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4054  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.76 
 
 		 320 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856106  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  24.76 
 
 		 267 aa  63.2  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 		 272 aa  63.2  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.71 
 
 		 328 aa  63.2  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.28 
 
 		 317 aa  62.8  0.000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  32.73 
 
 		 306 aa  62.4  0.000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2024  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.34 
 
 		 317 aa  62.4  0.000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0133215  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.45 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.68 
 
 		 321 aa  61.6  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.29 
 
 		 330 aa  62  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0153  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.29 
 
 		 295 aa  61.6  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.29 
 
 		 295 aa  61.6  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 		 313 aa  61.6  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0242  saccharopine dehydrogenase related protein  31.61 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2821  UDP-glucose 4-epimerase  28.03 
 
 		 332 aa  61.2  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.05 
 
 		 330 aa  60.8  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4126  hopanoid-associated sugar epimerase  27.17 
 
 		 336 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.32 
 
 		 377 aa  60.5  0.00000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1250  UDP-galactose-4-epimerase  28.24 
 
 		 338 aa  60.1  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.398419 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2385  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.11 
 
 		 349 aa  60.1  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.71 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.78 
 
 		 510 aa  59.7  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0579282  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.09 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.65 
 
 		 320 aa  59.3  0.00000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.71 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.44 
 
 		 342 aa  59.3  0.00000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.793849  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32 
 
 		 346 aa  59.3  0.00000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133207  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2232  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.03 
 
 		 318 aa  59.3  0.00000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.31 
 
 		 310 aa  58.9  0.00000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1848  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 		 305 aa  59.3  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3550  UDP-galactose 4-epimerase  28.22 
 
 		 355 aa  59.3  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.211522 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 		 315 aa  58.9  0.00000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.325994  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2883  UDP-glucose 4-epimerase  28.24 
 
 		 338 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8193  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.98 
 
 		 338 aa  58.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.24 
 
 		 336 aa  58.5  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1237  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.09 
 
 		 335 aa  58.9  0.0000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000110601  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0782  UDP-galactose-4-epimerase  28.24 
 
 		 338 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.83 
 
 		 333 aa  58.9  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0786  UDP-galactose-4-epimerase  28.24 
 
 		 338 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0224  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.66 
 
 		 327 aa  58.5  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.410647 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 		 312 aa  58.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.43 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.43 
 
 		 326 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.2 
 
 		 307 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2903  UDP-galactose-4-epimerase  28.24 
 
 		 338 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.348521 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2578  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 		 333 aa  58.9  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0862  UDP-galactose-4-epimerase  28.24 
 
 		 338 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0889309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0680  UDP-galactose-4-epimerase  28.24 
 
 		 338 aa  58.5  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0418  UDP-glucose 4-epimerase  28.57 
 
 		 326 aa  58.9  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.99 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0813  UDP-galactose-4-epimerase  28.24 
 
 		 338 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4138  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.72 
 
 		 330 aa  58.2  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000244942 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.08 
 
 		 333 aa  58.5  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  27.45 
 
 		 318 aa  57.8  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0231  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.34 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.592131  normal  0.59425 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0187  UDP-galactose 4-epimerase  25.42 
 
 		 344 aa  58.2  0.0000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.611091  decreased coverage  0.00729822 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1669  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.03 
 
 		 357 aa  58.2  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 		 273 aa  58.2  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.75 
 
 		 270 aa  57.4  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3782  putative epimerase/dehydratase  29.24 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585015  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.46 
 
 		 336 aa  57.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01480  DNA polymerase 3, epsilon subunit  26.16 
 
 		 824 aa  57.4  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.43 
 
 		 290 aa  57.8  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.811922  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.2 
 
 		 307 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0168  UDP-glucose 4-epimerase  29.6 
 
 		 342 aa  57.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.566405 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0999  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.52 
 
 		 329 aa  57.4  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.170606  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.07 
 
 		 336 aa  57  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.82 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.75 
 
 		 359 aa  57.4  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>