More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1669 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1669  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
357 aa  737    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2097  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  86.71 
 
 
347 aa  608  1e-173  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0734  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.67 
 
 
335 aa  455  1e-127  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.290638  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3235  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.27 
 
 
352 aa  346  4e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.93 
 
 
342 aa  343  2e-93  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.44 
 
 
354 aa  337  1.9999999999999998e-91  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.901656 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.85 
 
 
354 aa  333  3e-90  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000204421 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2404  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.81 
 
 
323 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.672695  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2639  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.56 
 
 
356 aa  329  5.0000000000000004e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.997652  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0494  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.56 
 
 
355 aa  328  6e-89  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.774907  normal  0.262414 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4138  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.41 
 
 
330 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000244942 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0481  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.26 
 
 
355 aa  325  5e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0957  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.56 
 
 
357 aa  324  1e-87  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.177421 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0056  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.27 
 
 
318 aa  322  8e-87  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.94 
 
 
320 aa  321  9.999999999999999e-87  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1447  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.17 
 
 
329 aa  319  3.9999999999999996e-86  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4128  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.81 
 
 
352 aa  317  3e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0972084  hitchhiker  0.00000000618238 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08920  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.89 
 
 
331 aa  316  3e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0563626  normal  0.417608 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.04 
 
 
322 aa  315  5e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.73 
 
 
322 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.73 
 
 
322 aa  313  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.42 
 
 
322 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3035  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.77 
 
 
362 aa  313  2.9999999999999996e-84  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2563  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.31 
 
 
331 aa  312  5.999999999999999e-84  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.42 
 
 
322 aa  311  6.999999999999999e-84  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120656  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0602  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.46 
 
 
379 aa  312  6.999999999999999e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.159192  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0441  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.46 
 
 
379 aa  312  6.999999999999999e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1137  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.42 
 
 
322 aa  311  7.999999999999999e-84  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.42 
 
 
322 aa  311  7.999999999999999e-84  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3680  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.92 
 
 
341 aa  311  7.999999999999999e-84  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00834015  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1568  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  49.39 
 
 
340 aa  311  1e-83  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.79 
 
 
323 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1136  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  48.79 
 
 
360 aa  309  4e-83  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.0311464 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.9 
 
 
340 aa  309  5e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0595  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.69 
 
 
334 aa  309  5.9999999999999995e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1350  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.11 
 
 
363 aa  308  8e-83  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.505877  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.85 
 
 
356 aa  308  9e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06090  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.55 
 
 
330 aa  308  9e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.262708  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.78 
 
 
340 aa  307  1.0000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.215848 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0260  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.08 
 
 
327 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2044  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  52.65 
 
 
333 aa  306  3e-82  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2884  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.53 
 
 
341 aa  306  3e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.543075  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.17 
 
 
323 aa  305  6e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4468  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.58 
 
 
337 aa  305  7e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2679  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.76 
 
 
332 aa  305  8.000000000000001e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0614199  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.27 
 
 
362 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0512  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.02 
 
 
339 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.04 
 
 
351 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.611799  normal  0.380858 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1685  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.32 
 
 
342 aa  303  3.0000000000000004e-81  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13501  dTDP-glucose 4,6-dehydratase rmlB  52.04 
 
 
331 aa  303  3.0000000000000004e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.281235  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.11 
 
 
352 aa  302  6.000000000000001e-81  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2411  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.76 
 
 
332 aa  301  1e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.261098 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0795  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  45.35 
 
 
359 aa  301  1e-80  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1611  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.77 
 
 
350 aa  301  1e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.07 
 
 
336 aa  301  1e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0824  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  45.64 
 
 
359 aa  300  2e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2382  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.11 
 
 
331 aa  300  2e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.407349  hitchhiker  0.00787022 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6347  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.49 
 
 
330 aa  300  2e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3843  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.83 
 
 
346 aa  300  3e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.76 
 
 
336 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.07 
 
 
336 aa  299  4e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.45 
 
 
336 aa  299  6e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.9 
 
 
352 aa  299  6e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.430028  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1683  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.4 
 
 
363 aa  299  6e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.429769  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15920  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.3 
 
 
351 aa  298  7e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3079  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.92 
 
 
342 aa  298  8e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.544275  unclonable  0.000000030667 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0939  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.07 
 
 
348 aa  298  8e-80  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5900  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  49.55 
 
 
352 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.45 
 
 
355 aa  298  1e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68170  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  49.55 
 
 
352 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0640014  decreased coverage  0.00283529 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1189  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.37 
 
 
331 aa  297  2e-79  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0549681  normal  0.0736212 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  48.66 
 
 
354 aa  297  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.26 
 
 
351 aa  296  2e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03169  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.42 
 
 
351 aa  297  2e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0307  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.34 
 
 
339 aa  297  2e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0712  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.96 
 
 
354 aa  296  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.62 
 
 
354 aa  296  3e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2631  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.79 
 
 
360 aa  296  3e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0277  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.9 
 
 
352 aa  295  7e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.674919  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.45 
 
 
354 aa  295  8e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2121  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.37 
 
 
345 aa  295  8e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147251  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1282  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.04 
 
 
357 aa  295  9e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.306583  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.05 
 
 
367 aa  295  9e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3296  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.14 
 
 
332 aa  294  1e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0222371  normal  0.147451 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3383  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.15 
 
 
338 aa  295  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3994  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.45 
 
 
355 aa  294  2e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.353509  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4211  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.8 
 
 
331 aa  293  2e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.315212 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2008  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.97 
 
 
366 aa  294  2e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2232  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.88 
 
 
318 aa  294  2e-78  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.84 
 
 
342 aa  293  2e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.948095  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1066  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.91 
 
 
335 aa  294  2e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.573247  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1314  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.4 
 
 
307 aa  294  2e-78  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1082  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.91 
 
 
335 aa  294  2e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.455649  normal  0.114525 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0939  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.35 
 
 
323 aa  294  2e-78  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0256  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  43.41 
 
 
334 aa  293  3e-78  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00101554  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1093  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.91 
 
 
335 aa  293  3e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3431  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.53 
 
 
337 aa  293  4e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846703 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1511  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.13 
 
 
351 aa  293  4e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.08 
 
 
307 aa  293  4e-78  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6250  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.85 
 
 
338 aa  292  6e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.030258  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>