More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0734 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_0734  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
335 aa  679    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.290638  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1669  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.67 
 
 
357 aa  457  1e-127  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2097  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.66 
 
 
347 aa  456  1e-127  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.84 
 
 
342 aa  354  1e-96  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2639  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.33 
 
 
356 aa  337  1.9999999999999998e-91  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.997652  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0957  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.15 
 
 
357 aa  331  1e-89  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.177421 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2404  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.77 
 
 
323 aa  326  3e-88  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.672695  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0494  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.24 
 
 
355 aa  326  3e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.774907  normal  0.262414 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.44 
 
 
354 aa  326  3e-88  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.901656 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3680  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
341 aa  325  6e-88  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00834015  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0481  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.94 
 
 
355 aa  323  2e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.09 
 
 
354 aa  323  3e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000204421 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1350  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.55 
 
 
363 aa  321  9.000000000000001e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.505877  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4468  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.69 
 
 
337 aa  321  9.000000000000001e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.3 
 
 
354 aa  319  3.9999999999999996e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2382  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.84 
 
 
331 aa  318  6e-86  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.407349  hitchhiker  0.00787022 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1447  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.42 
 
 
329 aa  316  3e-85  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08920  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.84 
 
 
331 aa  314  9.999999999999999e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0563626  normal  0.417608 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4138  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.8 
 
 
330 aa  313  2.9999999999999996e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000244942 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1658  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.59 
 
 
359 aa  313  3.9999999999999997e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.548961  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13501  dTDP-glucose 4,6-dehydratase rmlB  51.55 
 
 
331 aa  312  5.999999999999999e-84  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.281235  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2563  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.29 
 
 
331 aa  311  1e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.93 
 
 
336 aa  311  1e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03169  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
351 aa  310  2e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0260  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.53 
 
 
327 aa  309  5e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0595  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.45 
 
 
334 aa  308  6.999999999999999e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1136  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  48.92 
 
 
360 aa  308  6.999999999999999e-83  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.0311464 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1568  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  48.29 
 
 
340 aa  308  8e-83  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.51 
 
 
322 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3273  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.79 
 
 
357 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1189  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.53 
 
 
331 aa  307  1.0000000000000001e-82  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0549681  normal  0.0736212 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2232  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.61 
 
 
318 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.82 
 
 
322 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.81 
 
 
362 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0503  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.67 
 
 
351 aa  307  2.0000000000000002e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0802438  normal  0.0327306 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.82 
 
 
323 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2679  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.83 
 
 
332 aa  307  2.0000000000000002e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0614199  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1093  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.31 
 
 
335 aa  306  3e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1137  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.51 
 
 
322 aa  306  3e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.51 
 
 
322 aa  306  3e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
360 aa  306  3e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2411  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.14 
 
 
332 aa  305  5.0000000000000004e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.261098 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.66 
 
 
354 aa  306  5.0000000000000004e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15920  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.81 
 
 
351 aa  306  5.0000000000000004e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.4 
 
 
356 aa  305  6e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.51 
 
 
322 aa  305  7e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1066  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
335 aa  305  7e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.573247  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1082  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
335 aa  305  7e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.455649  normal  0.114525 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.37 
 
 
342 aa  305  8.000000000000001e-82  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.948095  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.2 
 
 
322 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120656  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.32 
 
 
331 aa  305  1.0000000000000001e-81  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2473  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
358 aa  304  1.0000000000000001e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1365  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.85 
 
 
335 aa  304  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.137011 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.92 
 
 
320 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5900  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  47.62 
 
 
352 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68170  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  47.62 
 
 
352 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0640014  decreased coverage  0.00283529 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2762  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.29 
 
 
352 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.51 
 
 
322 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.31 
 
 
336 aa  303  3.0000000000000004e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.31 
 
 
336 aa  303  4.0000000000000003e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0231  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.13 
 
 
318 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.592131  normal  0.59425 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.25 
 
 
355 aa  302  5.000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0419  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.04 
 
 
350 aa  302  5.000000000000001e-81  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3079  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.09 
 
 
342 aa  302  6.000000000000001e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.544275  unclonable  0.000000030667 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3994  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.3 
 
 
355 aa  301  7.000000000000001e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.353509  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1911  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.49 
 
 
355 aa  302  7.000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0259449 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.62 
 
 
353 aa  301  8.000000000000001e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
336 aa  301  1e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1611  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.29 
 
 
350 aa  301  1e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4812  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.36 
 
 
355 aa  301  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.35 
 
 
352 aa  300  2e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.430028  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.46 
 
 
340 aa  300  2e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1314  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.4 
 
 
307 aa  300  2e-80  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  44.89 
 
 
323 aa  300  2e-80  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1917  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.05 
 
 
354 aa  300  3e-80  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.20541 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3787  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.44 
 
 
334 aa  300  3e-80  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1758  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.93 
 
 
355 aa  300  3e-80  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0506683 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4724  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.89 
 
 
330 aa  299  4e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3235  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.15 
 
 
352 aa  299  4e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2098  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.58 
 
 
356 aa  299  4e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3035  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  44.35 
 
 
362 aa  298  6e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0899  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.18 
 
 
355 aa  299  6e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.4439400000000002e-32 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2366  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.18 
 
 
358 aa  298  8e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.501885  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1995  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.35 
 
 
357 aa  298  8e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.10362  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1685  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.9 
 
 
342 aa  298  9e-80  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.24 
 
 
307 aa  298  1e-79  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.9 
 
 
367 aa  297  1e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.2 
 
 
355 aa  297  1e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4723  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.47 
 
 
356 aa  297  2e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00234117 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0056  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.95 
 
 
318 aa  296  2e-79  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3431  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.91 
 
 
337 aa  297  2e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846703 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0277  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.48 
 
 
352 aa  297  2e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.674919  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3346  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.32 
 
 
355 aa  296  3e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0516  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.43 
 
 
349 aa  296  3e-79  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0602  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  44.6 
 
 
379 aa  296  3e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.159192  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4128  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  43.15 
 
 
352 aa  296  3e-79  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0972084  hitchhiker  0.00000000618238 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0441  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  44.6 
 
 
379 aa  296  3e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0698  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.6 
 
 
372 aa  296  3e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02730  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.44 
 
 
334 aa  296  4e-79  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.502125  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1889  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.19 
 
 
345 aa  295  7e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0868281  hitchhiker  0.00930049 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>