More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_02730 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013172  Bfae_02730  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
334 aa  683    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.502125  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2679  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.53 
 
 
332 aa  531  1e-150  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0614199  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2411  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.23 
 
 
332 aa  524  1e-148  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.261098 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3296  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.38 
 
 
332 aa  503  1e-141  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0222371  normal  0.147451 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2563  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.21 
 
 
331 aa  503  1e-141  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08920  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  72.42 
 
 
331 aa  491  9.999999999999999e-139  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0563626  normal  0.417608 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1189  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  73.11 
 
 
331 aa  486  1e-136  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0549681  normal  0.0736212 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2382  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  71.52 
 
 
331 aa  483  1e-135  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.407349  hitchhiker  0.00787022 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1198  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.98 
 
 
348 aa  471  1e-132  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13501  dTDP-glucose 4,6-dehydratase rmlB  70.3 
 
 
331 aa  466  9.999999999999999e-131  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.281235  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1222  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  65.4 
 
 
348 aa  466  9.999999999999999e-131  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1066  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.16 
 
 
335 aa  463  1e-129  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.573247  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1082  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.16 
 
 
335 aa  463  1e-129  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.455649  normal  0.114525 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1093  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.56 
 
 
335 aa  459  9.999999999999999e-129  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0595  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.27 
 
 
334 aa  454  1e-127  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0204  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65 
 
 
350 aa  455  1e-127  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1421  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.05 
 
 
345 aa  456  1e-127  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.829571  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5007  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.37 
 
 
335 aa  444  1e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1365  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.27 
 
 
335 aa  443  1e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.137011 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3787  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.34 
 
 
334 aa  438  9.999999999999999e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1568  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  61.19 
 
 
340 aa  434  1e-121  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2044  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.96 
 
 
333 aa  433  1e-120  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1055  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.1 
 
 
295 aa  383  1e-105  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1177  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.99 
 
 
363 aa  343  2e-93  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.792141 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1863  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.2 
 
 
341 aa  324  1e-87  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0199822 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.22 
 
 
342 aa  315  9.999999999999999e-85  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.55 
 
 
360 aa  313  1.9999999999999998e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.96 
 
 
351 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.3 
 
 
353 aa  311  9e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  48.22 
 
 
363 aa  311  1e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  48.22 
 
 
363 aa  311  1e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.27 
 
 
355 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.27 
 
 
355 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.27 
 
 
355 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.27 
 
 
355 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  50 
 
 
355 aa  310  2e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.71 
 
 
355 aa  310  2.9999999999999997e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.15 
 
 
355 aa  309  4e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  48.15 
 
 
355 aa  309  4e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.7 
 
 
358 aa  309  4e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
355 aa  309  4e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50 
 
 
355 aa  309  4e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.86 
 
 
355 aa  309  5e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.97 
 
 
355 aa  308  6.999999999999999e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.86 
 
 
355 aa  308  9e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.7 
 
 
357 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  47.67 
 
 
359 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  47.62 
 
 
360 aa  307  1.0000000000000001e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4198  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.53 
 
 
355 aa  306  3e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0701  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.74 
 
 
360 aa  306  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.004629  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  47.97 
 
 
359 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.58 
 
 
355 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.58 
 
 
355 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.58 
 
 
355 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.86 
 
 
355 aa  305  6e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.1 
 
 
358 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  46.91 
 
 
359 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  47.81 
 
 
365 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2182  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.52 
 
 
354 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0103955  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2404  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.69 
 
 
323 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.672695  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  46.97 
 
 
371 aa  304  2.0000000000000002e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.7 
 
 
360 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4006  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.59 
 
 
355 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  48.38 
 
 
365 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.48 
 
 
352 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.9 
 
 
358 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.11 
 
 
360 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  51.65 
 
 
367 aa  301  1e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4468  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.59 
 
 
337 aa  301  1e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.49 
 
 
367 aa  300  2e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.37 
 
 
353 aa  300  3e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0107  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.65 
 
 
367 aa  299  4e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6347  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.23 
 
 
330 aa  298  7e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  48.09 
 
 
361 aa  297  1e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2639  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.76 
 
 
356 aa  298  1e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.997652  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  46.07 
 
 
359 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  48.39 
 
 
356 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  48.09 
 
 
361 aa  296  3e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0837  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.36 
 
 
361 aa  296  3e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.378615  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  49.38 
 
 
320 aa  296  3e-79  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0734  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.44 
 
 
335 aa  296  4e-79  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.290638  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2900  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  47.25 
 
 
358 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1571  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.2 
 
 
353 aa  296  5e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.285914 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2762  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.78 
 
 
352 aa  295  5e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0120  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.22 
 
 
353 aa  296  5e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4019  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.75 
 
 
352 aa  295  6e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.68615  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  47.52 
 
 
356 aa  295  8e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  48.09 
 
 
361 aa  295  8e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  47.49 
 
 
361 aa  295  9e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  47.49 
 
 
361 aa  295  9e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  47.21 
 
 
361 aa  295  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.8 
 
 
361 aa  295  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  47.21 
 
 
361 aa  294  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  47.21 
 
 
361 aa  294  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2131  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.18 
 
 
358 aa  295  1e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  47.21 
 
 
361 aa  294  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  47.21 
 
 
361 aa  294  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.62 
 
 
363 aa  293  2e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0494  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.63 
 
 
355 aa  294  2e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.774907  normal  0.262414 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3680  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.9 
 
 
341 aa  293  2e-78  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00834015  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>