More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_1055 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_1055  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
295 aa  614  1e-175  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1222  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  79.93 
 
 
348 aa  503  1e-141  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1198  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  79.58 
 
 
348 aa  499  1e-140  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1421  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  75.59 
 
 
345 aa  478  1e-134  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.829571  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0204  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  76.74 
 
 
350 aa  472  1e-132  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2679  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.49 
 
 
332 aa  431  1e-120  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0614199  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2563  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  67.81 
 
 
331 aa  430  1e-119  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2382  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  69.07 
 
 
331 aa  427  1e-118  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.407349  hitchhiker  0.00787022 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2411  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.14 
 
 
332 aa  422  1e-117  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.261098 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1568  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  68.15 
 
 
340 aa  419  1e-116  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08920  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.44 
 
 
331 aa  416  9.999999999999999e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0563626  normal  0.417608 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02730  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.1 
 
 
334 aa  414  1e-114  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.502125  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1189  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.07 
 
 
331 aa  411  1e-114  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0549681  normal  0.0736212 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0595  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.75 
 
 
334 aa  412  1e-114  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3787  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.21 
 
 
334 aa  407  1.0000000000000001e-112  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3296  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.75 
 
 
332 aa  398  9.999999999999999e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0222371  normal  0.147451 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2044  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  68.14 
 
 
333 aa  395  1e-109  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5007  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.02 
 
 
335 aa  373  1e-102  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1365  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.93 
 
 
335 aa  363  2e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.137011 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1066  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.78 
 
 
335 aa  361  7.0000000000000005e-99  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.573247  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1082  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.78 
 
 
335 aa  361  7.0000000000000005e-99  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.455649  normal  0.114525 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1093  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.45 
 
 
335 aa  359  3e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13501  dTDP-glucose 4,6-dehydratase rmlB  58.02 
 
 
331 aa  353  1e-96  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.281235  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1177  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.48 
 
 
363 aa  317  1e-85  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.792141 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1863  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.53 
 
 
341 aa  303  3.0000000000000004e-81  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0199822 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0305  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  50.18 
 
 
342 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2900  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  47.99 
 
 
358 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1379  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  48.16 
 
 
359 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000705991 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0837  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.33 
 
 
361 aa  272  5.000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.378615  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2890  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  50.52 
 
 
356 aa  272  6e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3018  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  46.35 
 
 
371 aa  271  1e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1318  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  49.13 
 
 
359 aa  270  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0342732 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0180  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  48.45 
 
 
363 aa  270  2.9999999999999997e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.812162  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0243  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  48.45 
 
 
363 aa  270  2.9999999999999997e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2540  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  48.79 
 
 
359 aa  269  4e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4188  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.6 
 
 
355 aa  269  5e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1472  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  49.65 
 
 
356 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239272  normal  0.402949 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4152  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.6 
 
 
355 aa  268  7e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4299  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.6 
 
 
355 aa  268  8e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03666  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.95 
 
 
355 aa  268  1e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.92 
 
 
358 aa  267  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03615  hypothetical protein  47.95 
 
 
355 aa  268  1e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4005  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.95 
 
 
355 aa  268  1e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4215  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.95 
 
 
355 aa  268  1e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0186  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.26 
 
 
355 aa  266  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.96 
 
 
357 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.45 
 
 
353 aa  267  2e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0107  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.33 
 
 
367 aa  267  2e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4029  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.26 
 
 
355 aa  266  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.61 
 
 
358 aa  266  4e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  48.26 
 
 
358 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0516  dTDP-D-glucose-4,6-dehydratase  47.26 
 
 
355 aa  266  4e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4468  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.52 
 
 
337 aa  265  1e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1398  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  46.75 
 
 
365 aa  264  1e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4251  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.58 
 
 
355 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.207369  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0701  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.08 
 
 
360 aa  264  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.004629  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4148  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.58 
 
 
355 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3030  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  48.1 
 
 
359 aa  264  2e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.179842 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4310  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.58 
 
 
355 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.847685  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4133  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.58 
 
 
355 aa  263  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5221  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.6 
 
 
355 aa  263  3e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.175839  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4198  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.58 
 
 
355 aa  262  4.999999999999999e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4202  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.23 
 
 
355 aa  262  6e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  44.52 
 
 
354 aa  262  6.999999999999999e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  46.94 
 
 
361 aa  261  1e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3188  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  46.73 
 
 
375 aa  261  1e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  46.94 
 
 
361 aa  261  1e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2663  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  50 
 
 
362 aa  261  1e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  49.3 
 
 
365 aa  261  1e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.92 
 
 
355 aa  260  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.03 
 
 
360 aa  260  2e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  47 
 
 
361 aa  259  3e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2830  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.05 
 
 
367 aa  259  3e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00106167  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3465  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.77 
 
 
360 aa  259  3e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.848345  normal  0.362131 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4006  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.23 
 
 
355 aa  259  4e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  47 
 
 
361 aa  258  9e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2799  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.49 
 
 
336 aa  258  1e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0141685  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.15 
 
 
353 aa  257  1e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  47.28 
 
 
361 aa  257  1e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  47.31 
 
 
336 aa  257  2e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2639  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.46 
 
 
356 aa  257  2e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.997652  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.74 
 
 
352 aa  257  2e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.16 
 
 
322 aa  256  2e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.29 
 
 
322 aa  256  3e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.02 
 
 
351 aa  256  3e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0734  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  44.84 
 
 
335 aa  256  3e-67  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.290638  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2132  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.08 
 
 
363 aa  256  3e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1683  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.05 
 
 
363 aa  256  3e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.429769  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.29 
 
 
323 aa  255  5e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1137  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  44.8 
 
 
322 aa  255  7e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  44.8 
 
 
322 aa  255  7e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0503  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.58 
 
 
351 aa  255  7e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0802438  normal  0.0327306 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  46.02 
 
 
360 aa  255  8e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.29 
 
 
323 aa  254  9e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.94 
 
 
361 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1282  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46 
 
 
357 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.306583  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06090  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  45.49 
 
 
330 aa  254  1.0000000000000001e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.262708  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  44.93 
 
 
322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1447  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  46.67 
 
 
329 aa  254  1.0000000000000001e-66  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  44.93 
 
 
322 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>