More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0997 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  664    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  78.82 
 
 		 321 aa  528  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  58.31 
 
 		 321 aa  396  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  51.08 
 
 		 337 aa  349  4e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  50.64 
 
 		 324 aa  344  1e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  50.8 
 
 		 324 aa  344  1e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  50.64 
 
 		 324 aa  344  1e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  50.15 
 
 		 350 aa  343  2e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  50.64 
 
 		 324 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  49.85 
 
 		 350 aa  341  1e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  50.93 
 
 		 328 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  49.36 
 
 		 324 aa  330  2e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  48.9 
 
 		 318 aa  316  3e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 330 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 321 aa  103  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 322 aa  102  7e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  25.93 
 
 		 318 aa  100  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 322 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 322 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 322 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 321 aa  97.8  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 322 aa  96.3  7e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 322 aa  95.9  8e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 322 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 321 aa  89.7  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  28.96 
 
 		 332 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 326 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 325 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 323 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 317 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  24.18 
 
 		 324 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  28.8 
 
 		 327 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  24.05 
 
 		 316 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 334 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  23.14 
 
 		 332 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 335 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  27.36 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 313 aa  71.2  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 315 aa  70.1  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.52 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 316 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 		 305 aa  67  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 		 305 aa  67  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  29.14 
 
 		 308 aa  65.9  0.0000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  29.02 
 
 		 321 aa  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  31.45 
 
 		 321 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.24 
 
 		 300 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 320 aa  64.7  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  30.26 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 318 aa  63.9  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  38.04 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  35 
 
 		 321 aa  63.2  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  38.04 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  29.61 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 310 aa  62.4  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 326 aa  62  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 297 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 313 aa  61.2  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 317 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  25.64 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  26.06 
 
 		 309 aa  60.8  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 308 aa  60.5  0.00000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  34.74 
 
 		 308 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.55 
 
 		 328 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  38.03 
 
 		 317 aa  60.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 320 aa  60.1  0.00000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2618  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 306 aa  59.7  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 320 aa  59.7  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 345 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 333 aa  59.3  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 320 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 320 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  26.62 
 
 		 300 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 304 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.17 
 
 		 304 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 331 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  29.01 
 
 		 308 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 317 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  32.11 
 
 		 313 aa  59.3  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 315 aa  58.5  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 306 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  22.3 
 
 		 320 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  26.32 
 
 		 347 aa  57.8  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  26.26 
 
 		 323 aa  57.4  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 316 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0204  transcriptional regulator, LysR family  25.64 
 
 		 320 aa  57  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0533244  normal  0.505533 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  35.56 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 321 aa  56.6  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  26.42 
 
 		 322 aa  56.6  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 305 aa  56.6  0.0000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 300 aa  56.2  0.0000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>