More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0396 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0396  isopropylmalate isomerase small subunit  100 
 
 		 201 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000184497 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4547  isopropylmalate isomerase small subunit  89.55 
 
 		 201 aa  373  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.258236  normal  0.011903 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3825  isopropylmalate isomerase small subunit  82.5 
 
 		 201 aa  350  1e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3469  isopropylmalate isomerase small subunit  80.6 
 
 		 201 aa  345  2e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068645  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3817  isopropylmalate isomerase small subunit  79.6 
 
 		 201 aa  341  5e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0474  isopropylmalate isomerase small subunit  79.6 
 
 		 201 aa  338  2e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4233  isopropylmalate isomerase small subunit  79 
 
 		 201 aa  337  8e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0371  isopropylmalate isomerase small subunit  79 
 
 		 201 aa  336  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3585  isopropylmalate isomerase small subunit  79 
 
 		 201 aa  335  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3758  isopropylmalate isomerase small subunit  78.11 
 
 		 201 aa  333  1e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.113881 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0400  isopropylmalate isomerase small subunit  78 
 
 		 201 aa  332  3e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0414  isopropylmalate isomerase small subunit  78 
 
 		 201 aa  332  3e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000110574 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0388  isopropylmalate isomerase small subunit  78 
 
 		 201 aa  332  3e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0389  isopropylmalate isomerase small subunit  77.5 
 
 		 201 aa  329  2e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0338  isopropylmalate isomerase small subunit  76.5 
 
 		 201 aa  328  3e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00370617  normal  0.442563 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0337  isopropylmalate isomerase small subunit  72.64 
 
 		 201 aa  311  2.9999999999999996e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.999258  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0374  isopropylmalate isomerase small subunit  64.82 
 
 		 200 aa  278  3e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001659  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  64.82 
 
 		 200 aa  274  6e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.57325  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00814  isopropylmalate isomerase small subunit  64.32 
 
 		 200 aa  272  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2068  isopropylmalate isomerase small subunit  64.32 
 
 		 200 aa  270  1e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  63.32 
 
 		 200 aa  264  5e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  62.31 
 
 		 200 aa  262  2e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3798  isopropylmalate isomerase small subunit  61.31 
 
 		 200 aa  255  3e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3610  isopropylmalate isomerase small subunit  61.31 
 
 		 200 aa  255  3e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.607492  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0629  isopropylmalate isomerase small subunit  60.8 
 
 		 200 aa  253  1.0000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  60.71 
 
 		 201 aa  252  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  60.71 
 
 		 201 aa  252  3e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  60.71 
 
 		 201 aa  252  3e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0074  isopropylmalate isomerase small subunit  60.71 
 
 		 201 aa  252  3e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00072  hypothetical protein  60.71 
 
 		 201 aa  252  3e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3586  isopropylmalate isomerase small subunit  60.71 
 
 		 201 aa  252  3e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000223756 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  60.71 
 
 		 201 aa  252  3e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  60.71 
 
 		 201 aa  251  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0119  isopropylmalate isomerase small subunit  60.71 
 
 		 201 aa  251  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0122  isopropylmalate isomerase small subunit  60.2 
 
 		 201 aa  251  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14126  normal  0.46492 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  60.71 
 
 		 201 aa  251  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  60.2 
 
 		 201 aa  250  8.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0076  isopropylmalate isomerase small subunit  60.2 
 
 		 201 aa  250  1e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2939  isopropylmalate isomerase small subunit  59.3 
 
 		 200 aa  249  2e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3408  isopropylmalate isomerase small subunit  59.8 
 
 		 200 aa  249  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3538  isopropylmalate isomerase small subunit  59.3 
 
 		 200 aa  249  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0078  isopropylmalate isomerase small subunit  60.2 
 
 		 201 aa  248  3e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0389  isopropylmalate isomerase small subunit  57.79 
 
 		 200 aa  248  5e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0619  isopropylmalate isomerase small subunit  59.18 
 
 		 201 aa  246  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.12131 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1921  isopropylmalate isomerase small subunit  57.92 
 
 		 212 aa  241  3.9999999999999997e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.691189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03088  isopropylmalate isomerase small subunit  59.18 
 
 		 201 aa  238  4e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  57.43 
 
 		 214 aa  238  5e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1229  isopropylmalate isomerase small subunit  58.42 
 
 		 218 aa  237  6.999999999999999e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  0.103885 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02612  isopropylmalate isomerase small subunit  58 
 
 		 215 aa  236  2e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  56.44 
 
 		 215 aa  236  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1246  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  56.44 
 
 		 212 aa  235  3e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34270  3-isopropylmalate dehydratase small subunit , LeuD  56.93 
 
 		 215 aa  233  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2013  isopropylmalate isomerase small subunit  55.72 
 
 		 212 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0256303  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1935  isopropylmalate isomerase small subunit  53.2 
 
 		 216 aa  231  5e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.217033  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  55.94 
 
 		 214 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  55.94 
 
 		 214 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  56 
 
 		 212 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  55.94 
 
 		 214 aa  229  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2163  isopropylmalate isomerase small subunit  54.95 
 
 		 216 aa  230  1e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2092  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  57.92 
 
 		 216 aa  230  1e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0181351  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2144  isopropylmalate isomerase small subunit  55.45 
 
 		 216 aa  229  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.536498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  55.94 
 
 		 213 aa  228  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1222  isopropylmalate isomerase small subunit  55.17 
 
 		 217 aa  229  3e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.489719  normal  0.012692 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  54.95 
 
 		 214 aa  228  4e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1820  isopropylmalate isomerase small subunit  54.95 
 
 		 216 aa  228  5e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.647684 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1055  isopropylmalate isomerase small subunit  54.46 
 
 		 215 aa  228  6e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.206266 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1989  isopropylmalate isomerase small subunit  54.46 
 
 		 216 aa  228  7e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.108393  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2174  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  55.94 
 
 		 213 aa  225  3e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478942  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1573  isopropylmalate isomerase small subunit  53.69 
 
 		 216 aa  225  3e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.292006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3271  isopropylmalate isomerase small subunit  54.64 
 
 		 208 aa  224  6e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2064  isopropylmalate isomerase small subunit  56.65 
 
 		 212 aa  224  7e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.851734  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1421  isopropylmalate isomerase small subunit  53.47 
 
 		 216 aa  224  7e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4211  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  54.5 
 
 		 198 aa  224  8e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1794  isopropylmalate isomerase small subunit  52.97 
 
 		 216 aa  224  8e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.266254  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3609  isopropylmalate isomerase small subunit  52.97 
 
 		 216 aa  224  8e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1541  isopropylmalate isomerase small subunit  54.23 
 
 		 215 aa  223  1e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.466229  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0766  isopropylmalate isomerase small subunit  53.47 
 
 		 215 aa  223  1e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1564  isopropylmalate isomerase small subunit  56.5 
 
 		 215 aa  223  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126411  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4628  isopropylmalate isomerase small subunit  53.96 
 
 		 216 aa  223  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1412  isopropylmalate isomerase small subunit  53.2 
 
 		 216 aa  223  2e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.162707  normal  0.547785 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2312  isopropylmalate isomerase small subunit  51.98 
 
 		 216 aa  222  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.845153  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1342  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  54.9 
 
 		 216 aa  222  4e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.331592  normal  0.464834 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  53.73 
 
 		 216 aa  221  4e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  53.73 
 
 		 216 aa  221  4e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1919  isopropylmalate isomerase small subunit  54.95 
 
 		 212 aa  221  4.9999999999999996e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5237  isopropylmalate isomerase small subunit  51.98 
 
 		 217 aa  220  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.597573 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2452  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  54.95 
 
 		 215 aa  220  9.999999999999999e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.162518  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4368  isopropylmalate isomerase small subunit  54.68 
 
 		 217 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1704  isopropylmalate isomerase small subunit  54.9 
 
 		 214 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  hitchhiker  0.00210823 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3040  isopropylmalate isomerase small subunit  52.97 
 
 		 216 aa  219  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1811  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  53.66 
 
 		 240 aa  218  5e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.382373  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1676  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  52.97 
 
 		 215 aa  218  5e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1484  isopropylmalate isomerase small subunit  53.23 
 
 		 215 aa  218  5e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2132  isopropylmalate isomerase small subunit  53.47 
 
 		 216 aa  217  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0198572 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2473  isopropylmalate isomerase small subunit  52.97 
 
 		 216 aa  217  7e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0929979  normal  0.412419 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4416  isopropylmalate isomerase small subunit  52.97 
 
 		 216 aa  216  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3577  isopropylmalate isomerase small subunit  52.97 
 
 		 216 aa  216  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.613877 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3951  isopropylmalate isomerase small subunit  52.97 
 
 		 216 aa  216  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.319749 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1670  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  51.28 
 
 		 204 aa  217  1e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00715412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2731  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  52 
 
 		 212 aa  216  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.413417  normal  0.151931 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>