More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6125 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6125  integrase catalytic region  100 
 
 		 289 aa  594  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.950475 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4975  integrase core subunit  51.87 
 
 		 274 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.818126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13740  Integrase catalytic region  41.54 
 
 		 277 aa  197  1.0000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1559  Integrase catalytic region  40.45 
 
 		 270 aa  194  1e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1823  Integrase catalytic region  40.45 
 
 		 270 aa  194  1e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.484824  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3686  Integrase catalytic region  41.79 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.181009  normal  0.0371116 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6050  integrase catalytic region  44.78 
 
 		 286 aa  192  4e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2570  integrase catalytic region  44.78 
 
 		 286 aa  192  4e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0561673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6112  integrase catalytic region  44.78 
 
 		 286 aa  192  4e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.116632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0378  integrase catalytic region  44.78 
 
 		 286 aa  192  4e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_6485  integrase catalytic region  44.78 
 
 		 286 aa  192  4e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1484  Integrase catalytic region  40.82 
 
 		 270 aa  192  5e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370825  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2011  Integrase catalytic region  40.82 
 
 		 270 aa  192  5e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.130464  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2199  Integrase catalytic region  40.82 
 
 		 270 aa  192  5e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1829  Integrase catalytic region  40.82 
 
 		 270 aa  192  5e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2949  Integrase catalytic region  40.82 
 
 		 270 aa  192  5e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0452  integrase catalytic region  42.16 
 
 		 286 aa  192  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0340  integrase catalytic region  42.16 
 
 		 286 aa  192  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0552  integrase catalytic region  42.16 
 
 		 286 aa  192  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.602741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0840  integrase catalytic region  41.79 
 
 		 286 aa  191  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1032  integrase catalytic region  41.79 
 
 		 286 aa  190  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1943  integrase catalytic region  41.79 
 
 		 286 aa  190  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1105  integrase catalytic region  41.79 
 
 		 286 aa  190  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.361745 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2002  integrase catalytic region  41.79 
 
 		 286 aa  190  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.709933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3274  integrase catalytic region  41.79 
 
 		 286 aa  190  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3599  integrase catalytic region  41.79 
 
 		 286 aa  190  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3730  integrase catalytic region  42.16 
 
 		 286 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4229  integrase catalytic region  41.79 
 
 		 286 aa  190  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4972  integrase catalytic region  41.79 
 
 		 286 aa  190  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.422508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4250  integrase catalytic region  41.79 
 
 		 286 aa  190  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00290  Integrase catalytic region  39.05 
 
 		 291 aa  186  4e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1089  Integrase catalytic region  42.96 
 
 		 286 aa  182  7e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3515  hypothetical protein  42.28 
 
 		 374 aa  180  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3374  hypothetical protein  42.28 
 
 		 374 aa  180  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3411  hypothetical protein  42.28 
 
 		 374 aa  180  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.042682  normal  0.457317 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0678  transposase IS3/IS911 family protein  42.28 
 
 		 374 aa  180  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.505807  normal  0.172012 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3049  transposase IS3/IS911 family protein  42.28 
 
 		 374 aa  180  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3275  transcriptional regulator, GntR family  42.28 
 
 		 374 aa  180  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000360291  normal  0.033149 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3237  hypothetical protein  42.28 
 
 		 374 aa  180  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0336824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1212  integrase catalytic region  41.64 
 
 		 278 aa  179  4e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1010  IS3 family transposase orfB  40.89 
 
 		 302 aa  178  8e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1015  IS3 family transposase orfB  40.89 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1072  IS3 family transposase orfB  40.89 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1116  IS3 family transposase orfB  40.89 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0402  Integrase catalytic region  41.2 
 
 		 281 aa  176  3e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.992853 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1964  integrase catalytic subunit  40.89 
 
 		 271 aa  176  5e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1465  integrase catalytic subunit  40.89 
 
 		 271 aa  176  5e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3924  integrase catalytic subunit  40.89 
 
 		 271 aa  176  5e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0173  integrase catalytic subunit  40.89 
 
 		 271 aa  176  5e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0953  transposase IS3/IS911 family protein  39.02 
 
 		 393 aa  175  8e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1444  transposase IS3/IS911 family protein  39.02 
 
 		 390 aa  175  9e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3173  transposase IS3/IS911 family protein  39.02 
 
 		 390 aa  175  9e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3934  transposase IS3/IS911 family protein  39.02 
 
 		 390 aa  175  9e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000580476  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0186  hypothetical protein  38.15 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0198  hypothetical protein  38.15 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0570  hypothetical protein  38.15 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1111  hypothetical protein  38.15 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1576  hypothetical protein  38.15 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1961  integrase catalytic region  42.2 
 
 		 295 aa  175  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03751  Integrase  38.63 
 
 		 275 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.589934  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01551  integrase  38.63 
 
 		 275 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.648789  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02081  Integrase  38.63 
 
 		 275 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.922078  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0779  integrase catalytic region  41.84 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000297948 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4143  integrase catalytic region  41.84 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2382  integrase catalytic region  41.84 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3166  integrase catalytic region  41.84 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0141846 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2281  integrase catalytic region  41.84 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4686  Integrase catalytic region  44 
 
 		 266 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3581  integrase catalytic subunit  40.86 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.303631 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3627  integrase catalytic subunit  40.86 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4706  integrase catalytic subunit  40.86 
 
 		 298 aa  172  6.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1289  ISCps2, transposase orfB  38.81 
 
 		 272 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188636  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1288  integrase catalytic subunit  39.56 
 
 		 271 aa  170  3e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.381698  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09750  Integrase, catalytic domain-containing protein  39.85 
 
 		 286 aa  170  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1989  integrase catalytic subunit  38.72 
 
 		 289 aa  169  5e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.866629  normal  0.746727 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20540  Integrase, catalytic domain-containing protein  40.23 
 
 		 286 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40520  Integrase, catalytic domain-containing protein  40.23 
 
 		 286 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41860  Integrase, catalytic domain-containing protein  40.23 
 
 		 286 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16550  Integrase, catalytic domain-containing protein  40.23 
 
 		 286 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02981  putative transposase  42.26 
 
 		 270 aa  168  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2644  integrase catalytic subunit  38.72 
 
 		 289 aa  168  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0116112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4217  Integrase catalytic region  38.15 
 
 		 274 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0771  Integrase catalytic region  38.15 
 
 		 274 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6034  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  40 
 
 		 288 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0021  ISSd1, transposase orfB  39.71 
 
 		 272 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7355  integrase catalytic region  41.57 
 
 		 319 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.149793 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1312  ISSd1, transposase orfB  39.71 
 
 		 272 aa  166  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2753  transposase  38.15 
 
 		 286 aa  166  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.403453  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04149  IS600 ORF2-like protein  39.71 
 
 		 272 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4851  ISSd1, transposase orfA/B, fusion  39.71 
 
 		 379 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0735  integrase catalytic region  39.71 
 
 		 272 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1127  integrase catalytic subunit  38.35 
 
 		 289 aa  165  6.9999999999999995e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.70947  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04112  hypothetical protein  39.71 
 
 		 294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2905  integrase catalytic region  38.06 
 
 		 286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0765  integrase catalytic subunit  38.46 
 
 		 271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3739  integrase catalytic region  37.41 
 
 		 285 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2546  Integrase catalytic region  37.78 
 
 		 274 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0732  integrase catalytic region  37.41 
 
 		 267 aa  163  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0157  integrase catalytic region  37.41 
 
 		 267 aa  163  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3406  integrase catalytic region  37.41 
 
 		 269 aa  163  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>