63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3980 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3980  hypothetical protein  100 
 
 		 353 aa  695    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6266  hypothetical protein  36.8 
 
 		 354 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3049  hypothetical protein  36.21 
 
 		 365 aa  133  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0679578 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3404  hypothetical protein  36.34 
 
 		 365 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6443  hypothetical protein  34.01 
 
 		 353 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.235172 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0726  Type III effector Hrp-dependent outers  28.09 
 
 		 430 aa  89  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00533743  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2422  type III effector Hrp-dependent outers  26.94 
 
 		 381 aa  86.7  6e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.242091  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3566  hypothetical protein  28.68 
 
 		 409 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00898441  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5964  type III effector Hrp-dependent outers  28.29 
 
 		 427 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8221  type III effector Hrp-dependent outers  27.09 
 
 		 399 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0923  hypothetical protein  24.11 
 
 		 409 aa  81.3  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0306118  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6106  hypothetical protein  28.43 
 
 		 432 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8126  type III effector Hrp-dependent outers  29.16 
 
 		 368 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302902  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4427  hypothetical protein  30.81 
 
 		 416 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2589  type III effector Hrp-dependent protein  25.81 
 
 		 410 aa  75.9  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5836  hypothetical protein  29.32 
 
 		 419 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.244996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6953  hypothetical protein  27.23 
 
 		 425 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.658716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6294  type III effector Hrp-dependent outers  27.72 
 
 		 425 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830951  normal  0.498392 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1535  type III effector Hrp-dependent outers  27.72 
 
 		 425 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2623  type III effector Hrp-dependent outers  28.86 
 
 		 399 aa  69.7  0.00000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.687659  hitchhiker  0.00259914 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1466  type III effector Hrp-dependent outers  28.53 
 
 		 366 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4366  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  28.87 
 
 		 721 aa  68.2  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1143  hypothetical protein  27.27 
 
 		 374 aa  66.2  0.0000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.359386  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3707  type III effector Hrp-dependent outers  26.44 
 
 		 439 aa  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000100596  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1158  hypothetical protein  26.08 
 
 		 382 aa  63.5  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0128  hypothetical protein  35.25 
 
 		 427 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0564  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  26.53 
 
 		 770 aa  60.1  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.432239 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0452  type III effector Hrp-dependent outers  33.14 
 
 		 455 aa  58.5  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.869243  normal  0.195749 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0691  type III effector Hrp-dependent outers  25.58 
 
 		 422 aa  57  0.0000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.224944  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0918  hypothetical protein  29.29 
 
 		 355 aa  56.2  0.0000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0181  hypothetical protein  33.33 
 
 		 423 aa  53.9  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00188424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0194  putative inner membrane protein  33.33 
 
 		 423 aa  53.1  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0205992  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0177  putative inner membrane protein  33.33 
 
 		 423 aa  53.1  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0178  hypothetical protein  33.33 
 
 		 423 aa  53.1  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00679678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1856  type III effector Hrp-dependent outers  36.57 
 
 		 425 aa  52.8  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2153  Protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  33.87 
 
 		 572 aa  52.4  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.819052  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2087  type III effector Hrp-dependent outers  36.15 
 
 		 425 aa  52.4  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3536  type III effector Hrp-dependent outers  23.62 
 
 		 442 aa  51.2  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2332  type III effector Hrp-dependent outers  28.71 
 
 		 416 aa  50.8  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.411817 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2989  hypothetical protein  37.1 
 
 		 390 aa  50.4  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.832553  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3378  hypothetical protein  28.57 
 
 		 262 aa  50.1  0.00006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0986  Protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  29.84 
 
 		 572 aa  48.5  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3142  Type III effector Hrp-dependent outers  34.11 
 
 		 422 aa  48.1  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4654  type III effector Hrp-dependent outers  34.85 
 
 		 422 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0582595  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0750  Protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  29.84 
 
 		 572 aa  48.1  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0648  type III effector Hrp-dependent outers  27.65 
 
 		 428 aa  47.4  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2550  type III effector Hrp-dependent outers  28.46 
 
 		 417 aa  47  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.170607  normal  0.0125986 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2624  type III effector Hrp-dependent outers  33.33 
 
 		 437 aa  46.6  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.194247 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0524  hypothetical protein  29.6 
 
 		 388 aa  46.6  0.0007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000260703 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2336  hypothetical protein  32.28 
 
 		 448 aa  45.8  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0013  secretion system component  30 
 
 		 413 aa  45.8  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0465  HopAN1 protein  29.46 
 
 		 429 aa  45.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1132  type III effector Hrp-dependent outers  33.85 
 
 		 424 aa  45.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.669095  normal  0.332912 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0111  type III effector Hrp-dependent outers  27.48 
 
 		 424 aa  45.1  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5010  type III effector Hrp-dependent outers  31.54 
 
 		 426 aa  43.9  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.447343  normal  0.232988 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1035  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  24.63 
 
 		 792 aa  43.9  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2151  hypothetical protein  29.22 
 
 		 356 aa  43.5  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1552  type III effector Hrp-dependent outers  32.8 
 
 		 466 aa  43.9  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1491  type III effector Hrp-dependent outers  23.74 
 
 		 420 aa  43.5  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3179  type III effector Hrp-dependent outers  29.01 
 
 		 423 aa  43.5  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5144  type III effector Hrp-dependent outers  30 
 
 		 422 aa  43.1  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04751  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  29.1 
 
 		 418 aa  43.1  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0117  type III effector Hrp-dependent outers  26.72 
 
 		 424 aa  43.1  0.008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>