194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3839 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 		 327 aa  676    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  75.62 
 
 		 338 aa  512  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  72.76 
 
 		 322 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1040  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  67.89 
 
 		 324 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  62.7 
 
 		 326 aa  422  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  61.88 
 
 		 322 aa  419  1e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0699297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  62.88 
 
 		 324 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  62.88 
 
 		 324 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  61.87 
 
 		 324 aa  414  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  60.2 
 
 		 327 aa  400  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  59.53 
 
 		 328 aa  395  1e-109  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  61.39 
 
 		 323 aa  397  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  60 
 
 		 323 aa  391  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  59.73 
 
 		 322 aa  385  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1443  TRAP transporter solute receptor  60.68 
 
 		 322 aa  387  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.552427 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  60.07 
 
 		 322 aa  385  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  56.47 
 
 		 324 aa  384  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  57.28 
 
 		 328 aa  381  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  55.59 
 
 		 323 aa  368  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  52.91 
 
 		 323 aa  365  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  58.92 
 
 		 325 aa  357  1.9999999999999998e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  51.29 
 
 		 333 aa  351  1e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4446  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  53.87 
 
 		 323 aa  346  4e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0608  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  50 
 
 		 326 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.516133  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0314  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  46.8 
 
 		 317 aa  292  4e-78  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.889469  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1175  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  42.95 
 
 		 330 aa  283  4.0000000000000003e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155667  normal  0.336664 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0539  immunogenic protein  42.72 
 
 		 313 aa  272  7e-72  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0645  immunogenic protein  41 
 
 		 325 aa  260  2e-68  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.208055  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  43.85 
 
 		 313 aa  255  9e-67  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0082  immunogenic protein  41.28 
 
 		 312 aa  253  3e-66  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0148349  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  37.34 
 
 		 326 aa  248  1e-64  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  42.48 
 
 		 319 aa  246  3e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0237  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.28 
 
 		 336 aa  245  9e-64  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0860272  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  40.27 
 
 		 317 aa  238  9e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  38.94 
 
 		 317 aa  204  2e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  37.67 
 
 		 317 aa  201  1.9999999999999998e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  36.93 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.88 
 
 		 325 aa  187  3e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.5 
 
 		 329 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.42 
 
 		 329 aa  179  8e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  36.89 
 
 		 316 aa  172  9e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.08 
 
 		 333 aa  170  4e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.44 
 
 		 318 aa  169  6e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0267  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.1 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1613  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  35.1 
 
 		 317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  31.76 
 
 		 344 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.56 
 
 		 348 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.81 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.1 
 
 		 318 aa  164  3e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.54 
 
 		 317 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2942  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.33 
 
 		 345 aa  160  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2692  immunogenic protein family protein  34.43 
 
 		 329 aa  160  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.53 
 
 		 651 aa  159  6e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  31.83 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1853  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.13 
 
 		 328 aa  153  4e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.45766 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.5 
 
 		 316 aa  152  5e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  31.37 
 
 		 317 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.77 
 
 		 317 aa  152  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.11 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2878  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.27 
 
 		 335 aa  151  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.082119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  31.19 
 
 		 319 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4400  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.99 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.478919  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  32.56 
 
 		 316 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.25 
 
 		 319 aa  149  7e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2365  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.84 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.87 
 
 		 346 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.33 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.97 
 
 		 350 aa  146  6e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4226  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.66 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0963703  normal  0.823727 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5002  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.89 
 
 		 315 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117483  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0937  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component  32.44 
 
 		 320 aa  142  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.85 
 
 		 318 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.85 
 
 		 318 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.85 
 
 		 318 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.85 
 
 		 318 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.96 
 
 		 349 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4331  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.89 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0888724 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.67 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.51 
 
 		 318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  30.51 
 
 		 318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  30.79 
 
 		 318 aa  139  6e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.17 
 
 		 318 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.51 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.6 
 
 		 316 aa  135  9e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  29.97 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.08 
 
 		 329 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.671044  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.72 
 
 		 332 aa  132  6.999999999999999e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0289  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.65 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.45 
 
 		 348 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.57 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4160  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.55 
 
 		 312 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.05 
 
 		 329 aa  129  5.0000000000000004e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.99 
 
 		 344 aa  129  7.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.76 
 
 		 342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3267  hypothetical protein  30.61 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.743942 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0645  TRAP-type uncharacterized transport system  32.33 
 
 		 335 aa  123  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.38 
 
 		 454 aa  122  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3623  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.57 
 
 		 329 aa  120  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.410742  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.53 
 
 		 330 aa  118  9.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>