68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2243 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2243  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 		 118 aa  234  3e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.176071  hitchhiker  0.000769405 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1785  TraR/DksA family transcriptional regulator  64.41 
 
 		 118 aa  157  6e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000697437 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2860  TraR/DksA family transcriptional regulator  61.86 
 
 		 118 aa  154  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.689813  hitchhiker  0.0000000253321 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2623  TraR/DksA family transcriptional regulator  66.39 
 
 		 119 aa  153  7e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0172808  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  65.55 
 
 		 119 aa  152  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0227937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2582  TraR/DksA family transcriptional regulator  65.55 
 
 		 119 aa  150  8e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.453869  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1761  transcriptional regulator, TraR/DksA family  65.55 
 
 		 119 aa  149  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.002786  hitchhiker  0.0085611 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2310  TraR/DksA family transcriptional regulator  65 
 
 		 119 aa  149  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2334  TraR/DksA family transcriptional regulator  63.03 
 
 		 119 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00585088  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2262  TraR/DksA family transcriptional regulator  63.03 
 
 		 119 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.40465  normal  0.373919 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2453  TraR/DksA family transcriptional regulator  62.18 
 
 		 119 aa  143  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571464  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2005  dksA-type zinc finger protein  63.03 
 
 		 119 aa  141  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1500  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 118 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1302  TraR/DksA family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 117 aa  110  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.893373  normal  0.0630763 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2415  transcriptional regulators, TraR/DksA family protein  48.33 
 
 		 123 aa  103  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2389  hypothetical protein  56.79 
 
 		 141 aa  92.4  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000590846  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1980  dnaK suppressor  34.52 
 
 		 129 aa  56.2  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2884  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.11 
 
 		 144 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.17875  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2791  transcriptional regulator, TraR/DksA family  51.11 
 
 		 144 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4602  putative DnaK suppressor protein  40.26 
 
 		 111 aa  51.2  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000114617  normal  0.012222 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1573  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.26 
 
 		 111 aa  51.2  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4470  putative DnaK suppressor protein  40.26 
 
 		 111 aa  51.2  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000149172  hitchhiker  0.00792418 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2698  TraR/DksA family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 144 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.303668  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1052  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 122 aa  49.7  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.129097 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0992  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 257 aa  48.5  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000149375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4453  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 123 aa  48.9  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.142377 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0973  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.82 
 
 		 121 aa  47  0.00008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000492217  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2692  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 129 aa  47  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.414377  normal  0.0706919 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1557  hypothetical protein  35.85 
 
 		 132 aa  47  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1294  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.75 
 
 		 120 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.25924  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.22 
 
 		 120 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.31 
 
 		 126 aa  45.8  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2554  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 120 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.365789  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 212 aa  45.8  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1395  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.75 
 
 		 120 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.268655  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8326  transcriptional regulator, TraR/DksA family  54.05 
 
 		 110 aa  45.1  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 121 aa  44.7  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  46.67 
 
 		 110 aa  45.1  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2555  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 107 aa  44.3  0.0006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 121 aa  44.3  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1977  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 111 aa  43.9  0.0007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1309  TraR/DksA family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 120 aa  43.9  0.0007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1727  dnaK suppressor, putative  35.53 
 
 		 130 aa  43.9  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0447582  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3489  hypothetical protein  32.35 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.711789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3073  transcriptional regulator, TraR/DksA family protein  29.47 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0240851 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0212  conserved hypothetical protein, DksA-like protein  33.73 
 
 		 118 aa  42.7  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0615  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 124 aa  43.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1858  TraR/DksA family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 206 aa  42.7  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.663069  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4329  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.48 
 
 		 117 aa  42  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.92957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1158  hypothetical protein  28.87 
 
 		 124 aa  42  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3552  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.9 
 
 		 122 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.578946  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3620  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.9 
 
 		 122 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.640003  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0007  hypothetical protein  38.3 
 
 		 104 aa  41.6  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.807913  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3208  transcriptional regulator, TraR/DksA family  38.3 
 
 		 218 aa  41.6  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000145805  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  24.19 
 
 		 120 aa  41.6  0.004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4199  hypothetical protein  30.39 
 
 		 111 aa  41.6  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124455  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37100  DnaK suppressor protein  37.5 
 
 		 129 aa  41.2  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2925  TraR/DksA family transcriptional regulator  50 
 
 		 110 aa  41.2  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  24.19 
 
 		 120 aa  40.8  0.006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.19 
 
 		 118 aa  40.8  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  30.19 
 
 		 118 aa  40.8  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  24.78 
 
 		 120 aa  40.4  0.008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0604  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 114 aa  40.4  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2675  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.91 
 
 		 132 aa  40.4  0.008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242775  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1799  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 130 aa  40.4  0.009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3299  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 130 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4218  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 130 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.419171  normal  0.270154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4148  TraR/DksA family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 130 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0078373  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>