46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_3867 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_3532  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  85.71 
 
 		 427 aa  781    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3992  transcriptional regulator, CadC  96.96 
 
 		 427 aa  870    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3867  transcriptional regulator, CadC  100 
 
 		 452 aa  946    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3356  transcriptional regulator, CadC  84.54 
 
 		 427 aa  769    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.36834  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0499  transcriptional regulator  85.71 
 
 		 427 aa  779    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0498  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  85.48 
 
 		 427 aa  777    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0490  transcriptional regulator  83.61 
 
 		 427 aa  768    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0492  transcriptional regulator, CadC  59.02 
 
 		 427 aa  549  1e-155  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0503  transcriptional regulator, CadC  58.08 
 
 		 427 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4446  transcriptional regulator, CadC  60.64 
 
 		 436 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0513  transcriptional regulator, CadC  56.91 
 
 		 427 aa  536  1e-151  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0489  transcriptional regulator, CadC  57.38 
 
 		 427 aa  530  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0358  transcriptional regulator, CadC  58.08 
 
 		 426 aa  520  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4467  transcriptional regulator, CadC  55.27 
 
 		 427 aa  511  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4049  transcriptional regulator, CadC  33.65 
 
 		 413 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3465  DNA-binding winged-HTH domain-containing protein  26.98 
 
 		 435 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.817886 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0474  hypothetical protein  36.26 
 
 		 373 aa  65.1  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004138  transcriptional activator ToxR  40.22 
 
 		 292 aa  55.8  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.877918  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01326  hypothetical protein  34.45 
 
 		 290 aa  56.2  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0195  transcriptional regulator, CadC  36.84 
 
 		 277 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0851  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 214 aa  52.4  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3144  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  30.95 
 
 		 317 aa  51.6  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  38.81 
 
 		 711 aa  50.4  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0940  transcriptional regulator domain protein  32.97 
 
 		 296 aa  48.5  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000423424 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23040  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  32.97 
 
 		 229 aa  48.5  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.318653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2355  putative two component transcriptional regulator, winged helix family  35.14 
 
 		 313 aa  47.8  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0846804  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6027  transcriptional regulator, CadC  37.5 
 
 		 188 aa  47.8  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0284754  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02360  response regulator transcription regulator protein  40.24 
 
 		 293 aa  47.8  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.253683 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2466  two component transcriptional regulator  38.16 
 
 		 235 aa  47.4  0.0005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.28267  hitchhiker  0.0000000000126243 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  38.24 
 
 		 756 aa  47  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2970  transcriptional regulator, CadC  29.41 
 
 		 396 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0505  cholera toxin transcriptional activator  36.96 
 
 		 294 aa  45.8  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0852  response regulator transcription regulator protein  39.53 
 
 		 246 aa  45.1  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.650808  normal  0.373572 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0675  two component transcriptional regulator  32.58 
 
 		 252 aa  45.1  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.512652  normal  0.0931169 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0706  transcriptional regulator, CadC  31.51 
 
 		 479 aa  44.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303496  normal  0.708678 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1223  two component transcriptional regulator  34.04 
 
 		 230 aa  44.3  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.140258  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0851  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.67 
 
 		 261 aa  44.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.315858  normal  0.0165752 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4398  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 263 aa  44.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.184239 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  37.63 
 
 		 223 aa  44.3  0.004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1276  transcriptional regulator domain-containing protein  35.62 
 
 		 499 aa  44.3  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2791  transcriptional regulator domain-containing protein  32.95 
 
 		 510 aa  44.3  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2882  transcriptional regulator, CadC  34.88 
 
 		 396 aa  44.3  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.405219  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1581  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  30.95 
 
 		 223 aa  43.9  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.304003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1892  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 972 aa  43.5  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1824  two component transcriptional regulator  28.89 
 
 		 222 aa  43.5  0.008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  35.53 
 
 		 227 aa  43.1  0.009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000288823  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>