151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_3129 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_3129  DNA photolyase, FAD-binding  100 
 
 
468 aa  971    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0663  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  58.73 
 
 
464 aa  538  1e-151  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04990  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.08 
 
 
466 aa  444  1e-123  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3762  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.24 
 
 
462 aa  429  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12101  normal  0.44256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2754  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.59 
 
 
467 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3221  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.88 
 
 
448 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.147791  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2531  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.59 
 
 
467 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695435  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0155  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.78 
 
 
476 aa  405  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6363  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.98 
 
 
465 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.111638 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2459  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.89 
 
 
467 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2139  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.2 
 
 
456 aa  385  1e-106  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3500  DNA photolyase FAD-binding protein  40.58 
 
 
453 aa  375  1e-103  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0725  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.46 
 
 
455 aa  377  1e-103  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1961  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  43.48 
 
 
468 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.351083  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_45715  predicted protein  45.21 
 
 
467 aa  349  5e-95  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.380145  normal  0.059566 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0767  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.43 
 
 
451 aa  340  4e-92  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.268516 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0876  DNA photolyase, class 2  41.52 
 
 
459 aa  339  7e-92  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4497  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  41.14 
 
 
446 aa  323  4e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.112755  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0179  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  43.3 
 
 
487 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0522  DNA photolyase, class 2  39.68 
 
 
495 aa  319  5e-86  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.372488 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1321  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.8 
 
 
469 aa  317  2e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.533615  normal  0.0703748 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0527  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  38.27 
 
 
462 aa  307  3e-82  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2851  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.91 
 
 
473 aa  307  3e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1936  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.48 
 
 
494 aa  302  7.000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2012  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.89 
 
 
450 aa  300  5e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1775  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.65 
 
 
447 aa  296  6e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00154316  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2829  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  37.95 
 
 
461 aa  283  3.0000000000000004e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0415  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.91 
 
 
452 aa  275  9e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41733  predicted protein  39.37 
 
 
477 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908244  normal  0.188048 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36787  predicted protein  39.37 
 
 
477 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00684152  hitchhiker  0.00249943 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30886  predicted protein  37.11 
 
 
506 aa  265  2e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.25268 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51952  class II CPD photolyase  38.03 
 
 
511 aa  263  6.999999999999999e-69  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1430  DNA photolyase FAD-binding protein  34.37 
 
 
493 aa  260  3e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2693  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.83 
 
 
449 aa  257  3e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2716  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.4 
 
 
490 aa  248  2e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3125  DNA photolyase FAD-binding  37.99 
 
 
486 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.848481  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3226  DNA photolyase FAD-binding  37.78 
 
 
486 aa  239  9e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575372  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4973  DNA photolyase FAD-binding protein  35.26 
 
 
496 aa  238  2e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3028  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  36.44 
 
 
490 aa  237  3e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0288  DNA photolyase FAD-binding protein  34.21 
 
 
843 aa  225  2e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3007  DNA photolyase FAD-binding  33.47 
 
 
493 aa  213  4.9999999999999996e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.742505 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1907  DNA photolyase, class 2  42.27 
 
 
104 aa  80.9  0.00000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49165  predicted protein  30.04 
 
 
495 aa  72.4  0.00000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.69324  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.36 
 
 
499 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.07 
 
 
452 aa  63.5  0.000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  27.18 
 
 
472 aa  61.2  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.38 
 
 
469 aa  60.5  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.7 
 
 
486 aa  60.1  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0430  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.81 
 
 
541 aa  60.1  0.00000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  26.19 
 
 
471 aa  59.7  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  26.19 
 
 
471 aa  59.3  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.45 
 
 
454 aa  59.3  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.1 
 
 
477 aa  57  0.0000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.58 
 
 
457 aa  56.6  0.0000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.35 
 
 
471 aa  55.8  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.08 
 
 
499 aa  55.5  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  24.32 
 
 
474 aa  54.7  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.05 
 
 
449 aa  54.7  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.34 
 
 
475 aa  54.3  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2125  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.79 
 
 
479 aa  53.9  0.000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.38 
 
 
484 aa  53.5  0.000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.51 
 
 
434 aa  53.1  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.61 
 
 
499 aa  52.8  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.87 
 
 
504 aa  53.1  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.01 
 
 
483 aa  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.55 
 
 
486 aa  52.4  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.53 
 
 
483 aa  52.4  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.34 
 
 
459 aa  52.4  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.940834 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2257  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.05 
 
 
442 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.73 
 
 
493 aa  51.6  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.47 
 
 
511 aa  51.6  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.69 
 
 
473 aa  51.2  0.00004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1122  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.63 
 
 
457 aa  51.2  0.00004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000025981 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  27.32 
 
 
476 aa  50.8  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0778  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.5 
 
 
453 aa  50.8  0.00006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.52 
 
 
481 aa  50.4  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.92 
 
 
471 aa  50.1  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  27.32 
 
 
476 aa  50.1  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.61 
 
 
500 aa  50.1  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.49 
 
 
479 aa  50.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.61 
 
 
505 aa  50.1  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2244  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.87 
 
 
433 aa  49.7  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.590626 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25 
 
 
499 aa  49.7  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25 
 
 
468 aa  49.3  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.13 
 
 
466 aa  50.1  0.0001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.39 
 
 
515 aa  49.7  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.22 
 
 
476 aa  49.7  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.39 
 
 
512 aa  48.5  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1613  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.4 
 
 
425 aa  48.9  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.1 
 
 
478 aa  48.9  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.86 
 
 
487 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0465  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.12 
 
 
541 aa  49.3  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1302  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.17 
 
 
456 aa  48.9  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.674491  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.14 
 
 
470 aa  48.9  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.88 
 
 
497 aa  48.5  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.87 
 
 
477 aa  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.49 
 
 
476 aa  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.93 
 
 
525 aa  48.1  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.25 
 
 
470 aa  48.1  0.0004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.44 
 
 
475 aa  47.8  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>