More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0361 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  78.4 
 
 		 554 aa  937    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  80.4 
 
 		 554 aa  951    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  80.22 
 
 		 554 aa  948    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4587  AMP-dependent synthetase and ligase  77.86 
 
 		 551 aa  919    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000231553  unclonable  0.0000000387525 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  80.4 
 
 		 554 aa  951    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  80.4 
 
 		 554 aa  951    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3437  AMP-dependent synthetase and ligase  78.74 
 
 		 555 aa  941    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.915272  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  79.49 
 
 		 554 aa  941    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0331  AMP-dependent synthetase and ligase  76.4 
 
 		 555 aa  907    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.167581 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  79.49 
 
 		 554 aa  943    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0361  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 575 aa  1191    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  75.86 
 
 		 551 aa  906    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000026311  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  79.85 
 
 		 554 aa  947    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.354824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  78.4 
 
 		 551 aa  922    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  78.4 
 
 		 554 aa  916    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00109176  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  75.68 
 
 		 551 aa  896    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01022  AMP-binding protein  48.09 
 
 		 559 aa  579  1e-164  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0998  AMP-dependent synthetase and ligase  50.18 
 
 		 546 aa  553  1e-156  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.231761  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.9 
 
 		 563 aa  536  1e-151  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.91 
 
 		 563 aa  534  1e-150  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.82 
 
 		 563 aa  529  1e-149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  43.49 
 
 		 546 aa  515  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  46.89 
 
 		 547 aa  509  1e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0631  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  45.18 
 
 		 558 aa  495  9.999999999999999e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.365879  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1090  AMP-dependent synthetase and ligase  43.41 
 
 		 555 aa  481  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.022153  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  43.69 
 
 		 555 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105323  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  41.21 
 
 		 547 aa  462  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4205  AMP-dependent synthetase and ligase  42.31 
 
 		 551 aa  456  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2479  AMP-dependent synthetase and ligase  46.17 
 
 		 559 aa  455  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0267  AMP-dependent synthetase and ligase  42.03 
 
 		 563 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43610  putative AMP-binding protein  43.39 
 
 		 555 aa  451  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0297438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3656  putative AMP-binding protein  43.02 
 
 		 555 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330411  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3811  AMP-dependent synthetase and ligase  42.37 
 
 		 547 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.12372  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2888  AMP-dependent synthetase and ligase  42.34 
 
 		 560 aa  442  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0719534  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0284  long-chain-fatty-acid-CoA ligase, putative  41.88 
 
 		 553 aa  422  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1154  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  41.04 
 
 		 598 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2780  AMP-binding domain-containing protein  41.04 
 
 		 598 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2935  AMP-binding domain-containing protein  41.04 
 
 		 553 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1015  hypothetical protein  39.96 
 
 		 555 aa  413  1e-114  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0982  hypothetical protein  40.11 
 
 		 555 aa  414  1e-114  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5098  AMP-dependent synthetase and ligase  40.71 
 
 		 566 aa  403  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.183916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  30.3 
 
 		 607 aa  278  2e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  29.95 
 
 		 607 aa  269  8e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  30.07 
 
 		 609 aa  266  7e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  28.64 
 
 		 610 aa  255  2.0000000000000002e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  29.67 
 
 		 615 aa  254  3e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.9 
 
 		 599 aa  253  6e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  29.1 
 
 		 610 aa  251  3e-65  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  31.91 
 
 		 590 aa  251  3e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  31.96 
 
 		 592 aa  251  4e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  30.27 
 
 		 610 aa  250  6e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  30.22 
 
 		 610 aa  249  8e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  29.93 
 
 		 616 aa  249  1e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  32.04 
 
 		 592 aa  245  1.9999999999999999e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  27.78 
 
 		 596 aa  244  3e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  30.22 
 
 		 600 aa  243  5e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  27.21 
 
 		 623 aa  243  6e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  29.81 
 
 		 612 aa  243  9e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  29.3 
 
 		 633 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  31.03 
 
 		 633 aa  241  4e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  29.53 
 
 		 610 aa  240  5e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  27.16 
 
 		 626 aa  239  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  28.4 
 
 		 618 aa  238  2e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  29.58 
 
 		 604 aa  237  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  29.75 
 
 		 604 aa  236  7e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  29.45 
 
 		 602 aa  234  2.0000000000000002e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  29.44 
 
 		 607 aa  234  3e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3131  AMP-dependent synthetase and ligase  30.03 
 
 		 599 aa  234  3e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  29.24 
 
 		 604 aa  232  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  29.64 
 
 		 593 aa  231  2e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.75 
 
 		 597 aa  231  3e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0095  AMP-dependent synthetase and ligase  26.95 
 
 		 663 aa  231  4e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  27.71 
 
 		 592 aa  230  5e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  28.43 
 
 		 605 aa  229  1e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  29.42 
 
 		 606 aa  229  2e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  0.0000327223 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  29.38 
 
 		 587 aa  227  4e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0812  AMP-binding enzyme  28.28 
 
 		 679 aa  226  6e-58  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1011  long-chain acyl-CoA synthetase  29.53 
 
 		 607 aa  226  7e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  27.72 
 
 		 598 aa  225  1e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1417  AMP-dependent synthetase and ligase  26.83 
 
 		 645 aa  226  1e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000978143  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2120  AMP-dependent synthetase and ligase  30.16 
 
 		 672 aa  225  1e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.342483  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  28.67 
 
 		 601 aa  225  2e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.249968 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  28.74 
 
 		 607 aa  224  4e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  28.62 
 
 		 611 aa  224  4.9999999999999996e-57  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  27.67 
 
 		 597 aa  223  6e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  29.11 
 
 		 620 aa  223  9.999999999999999e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  28.98 
 
 		 603 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  27.11 
 
 		 603 aa  222  1.9999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0191  AMP-dependent synthetase and ligase  28.28 
 
 		 605 aa  221  3e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.353972  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  26.15 
 
 		 610 aa  221  3.9999999999999997e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  27.86 
 
 		 612 aa  221  3.9999999999999997e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  28.5 
 
 		 605 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  27.07 
 
 		 602 aa  219  7e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  30.25 
 
 		 622 aa  219  7.999999999999999e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  28.7 
 
 		 608 aa  219  7.999999999999999e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0692269  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  26.74 
 
 		 594 aa  219  8.999999999999998e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  27.81 
 
 		 590 aa  219  1e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  29.4 
 
 		 602 aa  219  1e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2941  AMP-dependent synthetase and ligase  29.04 
 
 		 773 aa  218  2e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.227779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  29.14 
 
 		 617 aa  218  2e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>