More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2609 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 342 aa  709    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  87.09 
 
 		 352 aa  615  1e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  72.59 
 
 		 334 aa  511  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  72.59 
 
 		 334 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  73.25 
 
 		 334 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  72.59 
 
 		 334 aa  511  1e-144  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  71.04 
 
 		 332 aa  497  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  70.48 
 
 		 333 aa  497  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  59.45 
 
 		 333 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  55.49 
 
 		 332 aa  393  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  55.32 
 
 		 333 aa  371  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  47.11 
 
 		 333 aa  330  2e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  45.78 
 
 		 334 aa  298  7e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0552  transcriptional regulator for galactose, periplasmic binding protein, LacI family protein  42.77 
 
 		 334 aa  293  3e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.3 
 
 		 325 aa  244  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  39.14 
 
 		 336 aa  238  9e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.64 
 
 		 337 aa  229  7e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  37.69 
 
 		 336 aa  228  9e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1788  HTH-type transcriptional regulator GalR  35.06 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 342 aa  227  2e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1667  HTH-type transcriptional regulator GalR  35.06 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1669  HTH-type transcriptional regulator GalR  35.06 
 
 		 335 aa  226  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  37.2 
 
 		 335 aa  226  4e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0761  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.84 
 
 		 348 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.533461  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1732  HTH-type transcriptional regulator GalR  34.76 
 
 		 335 aa  226  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1610  HTH-type transcriptional regulator GalR  34.76 
 
 		 335 aa  225  8e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.578137  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  37.5 
 
 		 332 aa  225  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.2 
 
 		 340 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.2 
 
 		 340 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.2 
 
 		 340 aa  224  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  36.17 
 
 		 338 aa  223  3e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.98 
 
 		 336 aa  223  4e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2083  LacI family transcription regulator  37.57 
 
 		 342 aa  222  9e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0905  LacI family transcription regulator  34.83 
 
 		 340 aa  222  9e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153001  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  36.28 
 
 		 336 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.03 
 
 		 336 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02685  DNA-binding transcriptional repressor  37.2 
 
 		 343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2985  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.2 
 
 		 343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0853  transcriptional regulator, LacI family  37.2 
 
 		 343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3157  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.2 
 
 		 343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674454  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  36.47 
 
 		 337 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4106  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.2 
 
 		 343 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  hitchhiker  0.000026097 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2984  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.2 
 
 		 343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0878  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.2 
 
 		 343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.2 
 
 		 343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02646  hypothetical protein  37.2 
 
 		 343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3832  DNA-binding transcriptional regulator GalR  36.59 
 
 		 339 aa  218  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  36.47 
 
 		 332 aa  218  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1608  HTH-type transcriptional regulator GalR  36.72 
 
 		 340 aa  217  2.9999999999999998e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.656083  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  35.24 
 
 		 340 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3241  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.98 
 
 		 342 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000512141 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  36.17 
 
 		 336 aa  214  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002440  transcriptional regulator LacI family  34.04 
 
 		 332 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0100228  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3226  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.98 
 
 		 342 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000639669 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2681  LacI family transcription regulator  34.64 
 
 		 335 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3178  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.98 
 
 		 342 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3342  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.98 
 
 		 342 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0205886 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3160  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.98 
 
 		 342 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.706978  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  35.91 
 
 		 332 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3344  HTH-type transcriptional regulator AscG  34.94 
 
 		 339 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  0.0271899 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 348 aa  213  2.9999999999999995e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  36.47 
 
 		 334 aa  214  2.9999999999999995e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  36.12 
 
 		 344 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03620  hypothetical protein  34.94 
 
 		 332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  35.35 
 
 		 337 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.95 
 
 		 346 aa  212  5.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3278  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.29 
 
 		 338 aa  211  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3162  HTH-type transcriptional regulator AscG  34.64 
 
 		 340 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  36.67 
 
 		 343 aa  211  2e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3180  HTH-type transcriptional regulator AscG  34.64 
 
 		 339 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3228  HTH-type transcriptional regulator AscG  34.64 
 
 		 339 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000212172 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2751  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.17 
 
 		 340 aa  210  3e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  34.44 
 
 		 337 aa  209  4e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00229  putative GalR repressor of contiguous operon, likely to bind a galactoside  36.99 
 
 		 351 aa  209  7e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.04 
 
 		 339 aa  207  2e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  34.01 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2298  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.17 
 
 		 346 aa  206  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335365 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.17 
 
 		 346 aa  206  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.912253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.17 
 
 		 346 aa  206  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  34.45 
 
 		 336 aa  207  3e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1497  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.17 
 
 		 346 aa  206  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  34.64 
 
 		 342 aa  207  3e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1507  transcriptional regulator, LacI family  36.17 
 
 		 346 aa  206  4e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2540  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.37 
 
 		 340 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  0.113132 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2426  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.37 
 
 		 340 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.656004  normal  0.991172 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02080  DNA-binding transcriptional repressor  36.17 
 
 		 346 aa  206  5e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.451006  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02039  hypothetical protein  36.17 
 
 		 346 aa  206  5e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.361585  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2382  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.06 
 
 		 340 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.824252 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2430  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.06 
 
 		 340 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.688486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2337  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.06 
 
 		 340 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1965  LacI family transcription regulator  33.84 
 
 		 338 aa  205  8e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.31848  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3616  LacI family transcription regulator  34.13 
 
 		 345 aa  205  8e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1855  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  33.84 
 
 		 338 aa  205  8e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0708  HTH-type transcriptional regulator, LacI family  35.65 
 
 		 336 aa  204  1e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1112  LacI family transcription regulator  34.48 
 
 		 336 aa  204  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0361448  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.94 
 
 		 338 aa  205  1e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2446  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.87 
 
 		 346 aa  203  4e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 335 aa  202  6e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2679  LacI family transcription regulator  32.05 
 
 		 337 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  36.59 
 
 		 353 aa  200  3e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>