49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0456 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0456  MSHA biogenesis protein MshN, putative  100 
 
 		 399 aa  800    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3661  TPR repeat-containing protein  33.62 
 
 		 447 aa  200  3e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0468  TPR repeat-containing protein  34 
 
 		 441 aa  199  6e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0562  TPR repeat-containing protein  34.38 
 
 		 396 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0507  TPR repeat-containing protein  34.14 
 
 		 451 aa  192  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0486  TPR repeat-containing protein  33.55 
 
 		 445 aa  192  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3766  TPR repeat-containing protein  33.1 
 
 		 428 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3833  TPR repeat-containing protein  34.98 
 
 		 446 aa  189  8e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117065  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4415  TPR repeat-containing protein  33.49 
 
 		 397 aa  188  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.101992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3484  TPR repeat-containing protein  32.58 
 
 		 441 aa  186  9e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.317992  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4110  MSHA biogenesis protein MshN, putative  33.72 
 
 		 429 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0510  TPR repeat-containing protein  46.8 
 
 		 450 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0391  TPR repeat-containing protein  34.83 
 
 		 386 aa  182  6e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0546  TPR repeat-containing protein  35.99 
 
 		 413 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3345  tetratricopeptide TPR_2  32.05 
 
 		 419 aa  168  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.138271  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3749  TPR repeat-containing protein  38.31 
 
 		 425 aa  145  9e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.541109  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03696  hypothetical protein  32.14 
 
 		 365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0172  hypothetical protein  27.27 
 
 		 373 aa  100  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.356715  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2822  MSHA biogenesis protein MshN  32.32 
 
 		 389 aa  99.8  7e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002370  MSHA biogenesis protein MshN  26.35 
 
 		 364 aa  97.1  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0471  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHN)  27.04 
 
 		 357 aa  87  5e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0436928  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4574  putative MSHA biogenesis protein MshN  23.02 
 
 		 403 aa  75.5  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00253  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshN (pilus type IV)  24.77 
 
 		 418 aa  71.6  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3272  hypothetical protein  32.16 
 
 		 461 aa  66.6  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0387  putative MshA biogenesis protein, MshN-like  27.86 
 
 		 481 aa  61.6  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00107124  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0895  TPR repeat-containing protein  28.11 
 
 		 354 aa  58.9  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.643748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0766  TPR repeat-containing protein  27.47 
 
 		 369 aa  56.6  0.0000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0146573  normal  0.0797434 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23981  hypothetical protein  29.75 
 
 		 587 aa  55.8  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3220  TPR repeat-containing protein  29.44 
 
 		 1178 aa  49.3  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.166794 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24191  hypothetical protein  39.29 
 
 		 545 aa  49.3  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2959  cellulose binding, type IV  31.78 
 
 		 230 aa  47.8  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  29.88 
 
 		 810 aa  47.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  25.9 
 
 		 725 aa  47.4  0.0005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0693  TPR repeat-containing protein  22.78 
 
 		 395 aa  47  0.0006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0712051  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.62 
 
 		 632 aa  47  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1578  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  26.75 
 
 		 602 aa  46.6  0.0008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000346283  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0327  TPR repeat-containing protein  26.32 
 
 		 413 aa  46.2  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.366106  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  28.85 
 
 		 878 aa  45.8  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3216  TPR repeat-containing protein  32.47 
 
 		 643 aa  45.1  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000674385  hitchhiker  0.00000466075 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0431  Tetratricopeptide TPR_4  23.6 
 
 		 615 aa  44.3  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.504045  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  25.48 
 
 		 3145 aa  44.3  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24171  hypothetical protein  25.58 
 
 		 733 aa  43.9  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0600  TPR repeat-containing protein  28.1 
 
 		 1112 aa  43.9  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.272318  normal  0.386774 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0484  TPR repeat-containing protein  27.97 
 
 		 435 aa  43.9  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3547  TPR repeat-containing protein  34.48 
 
 		 306 aa  43.9  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.631542  normal  0.0297483 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1613  TPR domain protein  30.61 
 
 		 420 aa  43.5  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.060004 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1401  TPR repeat-containing protein  30.61 
 
 		 420 aa  43.5  0.006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2293  hypothetical protein  25.26 
 
 		 631 aa  43.5  0.006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0853546 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3815  TPR repeat-containing protein  25.3 
 
 		 399 aa  42.7  0.01  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>