50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1009 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1009  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 170 aa  333  5e-91  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000623644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0059  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 61 aa  54.7  0.0000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0086  hipB protein, putative  42.31 
 
 		 61 aa  51.2  0.000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.288329  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  42.19 
 
 		 383 aa  49.3  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0009  HTH-type transcriptional regulator SinR  38.6 
 
 		 60 aa  48.5  0.00005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0890  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 77 aa  48.1  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4356  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 114 aa  47.8  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.623586  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0554  prophage LambdaSa1, Cro/CI family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 63 aa  47  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0685  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 85 aa  47  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 84 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 134 aa  46.6  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 72 aa  45.8  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1750  XRE family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 129 aa  45.1  0.0004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00805015  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 115 aa  45.1  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2628  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 364 aa  44.7  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0359208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0477  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 204 aa  44.3  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4156  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 88 aa  44.3  0.0008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.384978  decreased coverage  0.00010611 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0640  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 89 aa  44.3  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0674  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 89 aa  44.3  0.0009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0674  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 89 aa  44.3  0.0009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0858  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 497 aa  43.9  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.359757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  27.78 
 
 		 218 aa  43.5  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 79 aa  43.9  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2717  hypothetical protein  45.16 
 
 		 119 aa  43.5  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.570521 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3045  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 406 aa  42.7  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.181635  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1184  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 73 aa  42.7  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.410956  normal  0.167059 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3774  helix-turn-helix domain-containing protein  44.07 
 
 		 88 aa  43.1  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.863863 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2954  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 915 aa  42.4  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111801 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 256 aa  42.7  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 101 aa  42.4  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 223 aa  42.7  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2965  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 224 aa  42.4  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.598952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  29.66 
 
 		 145 aa  42.4  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1184  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 115 aa  42  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 209 aa  42  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2928  transcriptional regulator, XRE family  52.27 
 
 		 88 aa  42  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.407893  n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4993  hypothetical protein  30.89 
 
 		 226 aa  41.6  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 255 aa  41.6  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4739  XRE family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 132 aa  41.6  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.391466  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4874  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 133 aa  41.6  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0264852  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1809  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 66 aa  41.6  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1478  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 72 aa  41.6  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  27.5 
 
 		 255 aa  41.6  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 208 aa  41.2  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 		 135 aa  41.6  0.006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36440  Helix-turn-helix protein  44 
 
 		 92 aa  41.2  0.007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.809869 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  35.8 
 
 		 201 aa  41.2  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4042  molybdate metabolism transcriptional regulator  38.81 
 
 		 376 aa  40.8  0.008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.805509  normal  0.419577 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 88 aa  40.8  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>