24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_36440 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_36440  Helix-turn-helix protein  100 
 
 		 92 aa  177  5.999999999999999e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.809869 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1431  XRE family transcriptional regulator  92.31 
 
 		 100 aa  141  4e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2801  helix-turn-helix domain protein  86.59 
 
 		 99 aa  137  4.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0262398 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1792  transcriptional regulator, XRE family  83.33 
 
 		 100 aa  136  7.999999999999999e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0869  XRE family transcriptional regulator  82.5 
 
 		 97 aa  127  5.0000000000000004e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0990  transcriptional regulator, XRE family  61.25 
 
 		 91 aa  102  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2292  XRE family transcriptional regulator  73.61 
 
 		 92 aa  98.6  3e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00214116  hitchhiker  0.0019025 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3220  helix-turn-helix domain protein  64.1 
 
 		 95 aa  97.1  8e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3439  transcriptional regulator, XRE family  64 
 
 		 86 aa  94.4  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000131898  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0390  helix-turn-helix domain-containing protein  64.86 
 
 		 88 aa  94  6e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.948584 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4445  putative transcriptional regulator, XRE family  68.06 
 
 		 84 aa  90.9  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000092708  hitchhiker  0.000866745 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3124  helix-turn-helix domain-containing protein  59.46 
 
 		 97 aa  86.3  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.292105 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3081  helix-turn-helix domain-containing protein  59.46 
 
 		 97 aa  86.3  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.180494 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2928  transcriptional regulator, XRE family  60.26 
 
 		 88 aa  86.3  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.407893  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4952  putative transcriptional regulator, XRE family  53.16 
 
 		 89 aa  80.9  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.368473  normal  0.877055 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0783  helix-turn-helix domain-containing protein  53.85 
 
 		 88 aa  80.1  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3774  helix-turn-helix domain-containing protein  55.41 
 
 		 88 aa  77.8  0.00000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.863863 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1534  transcriptional regulator, XRE family  68.92 
 
 		 85 aa  75.1  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.146852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2966  helix-turn-helix domain protein  62.5 
 
 		 86 aa  73.9  0.0000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4156  XRE family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 88 aa  72.8  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.384978  decreased coverage  0.00010611 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4375  helix-turn-helix domain protein  51.19 
 
 		 92 aa  59.3  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0570  putative transcriptional regulator  35.35 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.266064 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 220 aa  42.4  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1009  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 		 170 aa  41.2  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000623644  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>