More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2497 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_2092  peptide chain release factor 3  74.05 
 
 		 528 aa  816    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.429177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1986  peptide chain release factor 3  62.12 
 
 		 534 aa  681    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.339407 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2537  peptide chain release factor 3  61.36 
 
 		 534 aa  676    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.478101  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2497  peptide chain release factor 3  100 
 
 		 530 aa  1084    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1336  peptide chain release factor 3  62.21 
 
 		 535 aa  681    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0751595 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1203  peptide chain release factor 3  62.12 
 
 		 545 aa  681    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1807  peptide chain release factor 3  62.02 
 
 		 562 aa  669    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0541486 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3801  peptide chain release factor 3  60.23 
 
 		 527 aa  637    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421315  normal  0.0495277 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1678  peptide chain release factor 3  72.16 
 
 		 533 aa  801    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0068133  normal  0.55837 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0922  peptide chain release factor 3  62.6 
 
 		 531 aa  676    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.763827  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1196  peptide chain release factor 3  61.36 
 
 		 534 aa  676    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.101228 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0882  peptide chain release factor 3  59.81 
 
 		 558 aa  632  1e-180  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168442 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3762  peptide chain release factor 3  58.75 
 
 		 539 aa  633  1e-180  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0113142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2514  peptide chain release factor 3  57.2 
 
 		 539 aa  628  1e-179  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2337  peptide chain release factor 3  58.72 
 
 		 541 aa  630  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.707548  normal  0.274882 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2144  peptide chain release factor 3  57.2 
 
 		 539 aa  628  1e-179  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.280372  hitchhiker  0.00257154 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3159  peptide chain release factor 3  58.56 
 
 		 541 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2527  peptide chain release factor 3  58.08 
 
 		 541 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0244653  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0698  peptide chain release factor 3  59.73 
 
 		 526 aa  619  1e-176  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.286373  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0583  peptide chain release factor 3  57.09 
 
 		 528 aa  620  1e-176  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.704110000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1990  peptide chain release factor 3  56.93 
 
 		 526 aa  616  1e-175  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.919735  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5127  peptide chain release factor 3  58.35 
 
 		 521 aa  616  1e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.166056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2944  peptide chain release factor 3  58.63 
 
 		 539 aa  617  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0217278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2027  peptide chain release factor 3  58.35 
 
 		 539 aa  613  9.999999999999999e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5540  peptide chain release factor 3  57.36 
 
 		 537 aa  610  1e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.073692  normal  0.0734795 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4181  peptide chain release factor 3  58.4 
 
 		 539 aa  610  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.832628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4375  peptide chain release factor 3  57.5 
 
 		 539 aa  610  1e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.607928  normal  0.322908 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1680  peptide chain release factor 3  57.77 
 
 		 539 aa  611  1e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0890826  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4851  peptide chain release factor 3  57.5 
 
 		 539 aa  610  1e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.354411 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1774  peptide chain release factor 3  56.49 
 
 		 530 aa  609  1e-173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.119545  normal  0.691586 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2730  peptide chain release factor 3  55.85 
 
 		 524 aa  605  9.999999999999999e-173  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.426753  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4261  peptide chain release factor 3  57.25 
 
 		 539 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1821  peptide chain release factor 3  55.06 
 
 		 536 aa  606  9.999999999999999e-173  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0968  peptide chain release factor 3  57.12 
 
 		 543 aa  604  1.0000000000000001e-171  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.977047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2019  peptide chain release factor 3  55.58 
 
 		 542 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2146  peptide chain release factor 3  55.34 
 
 		 531 aa  603  1.0000000000000001e-171  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2307  peptide chain release factor 3  58.21 
 
 		 540 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.452357  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1393  peptide chain release factor 3  56.13 
 
 		 524 aa  599  1e-170  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.263078  normal  0.346403 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3016  peptide chain release factor 3  56.65 
 
 		 530 aa  596  1e-169  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1737  peptide chain release factor 3  55.49 
 
 		 524 aa  597  1e-169  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000804887 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2646  peptide chain release factor 3  57.36 
 
 		 535 aa  595  1e-169  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0435  peptide chain release factor 3  54.29 
 
 		 531 aa  597  1e-169  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1321  peptide chain release factor 3  56.41 
 
 		 525 aa  596  1e-169  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1063  peptide chain release factor 3  56.02 
 
 		 525 aa  592  1e-168  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.438262  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3761  peptide chain release factor 3  55.37 
 
 		 531 aa  593  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.106529 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0192  peptide chain release factor 3  54.55 
 
 		 527 aa  592  1e-168  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000119387  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1490  peptide chain release factor 3  54.56 
 
 		 535 aa  592  1e-168  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000251643  hitchhiker  0.00000000120572 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3872  peptide chain release factor 3  55.37 
 
 		 531 aa  593  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0147  peptide chain release factor 3  55.26 
 
 		 535 aa  592  1e-168  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0754  peptide chain release factor 3  59.81 
 
 		 549 aa  592  1e-168  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.852788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3555  peptide chain release factor 3  55.58 
 
 		 527 aa  591  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0882  peptide chain release factor 3  54.94 
 
 		 527 aa  592  1e-168  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1662  peptide chain release factor 3  55.18 
 
 		 533 aa  590  1e-167  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.828617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0970  peptide chain release factor 3  54.94 
 
 		 524 aa  591  1e-167  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00550606  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5808  peptide chain release factor 3  55.43 
 
 		 530 aa  591  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4059  peptide chain release factor 3  55.49 
 
 		 532 aa  590  1e-167  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0417  peptide chain release factor 3  55.98 
 
 		 527 aa  588  1e-167  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317239 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2642  peptide chain release factor 3  56.05 
 
 		 528 aa  587  1e-166  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.495995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1193  peptide chain release factor 3  56.02 
 
 		 525 aa  584  1.0000000000000001e-165  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0895303  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0138  peptide chain release factor 3  53.1 
 
 		 526 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0935  peptide chain release factor 3  52.84 
 
 		 526 aa  582  1.0000000000000001e-165  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4019  peptide chain release factor 3  53.47 
 
 		 526 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.5160199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3935  peptide chain release factor 3  53.66 
 
 		 526 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.582283  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0266  peptide chain release factor 3  55.03 
 
 		 529 aa  584  1.0000000000000001e-165  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.580519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1828  peptide chain release factor 3  53.7 
 
 		 544 aa  584  1.0000000000000001e-165  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1359  peptide chain release factor 3  53.8 
 
 		 525 aa  578  1e-164  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0190  peptide chain release factor 3  53.07 
 
 		 531 aa  579  1e-164  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0905  peptide chain release factor 3  52.46 
 
 		 526 aa  579  1e-164  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3649  peptide chain release factor 3  53.36 
 
 		 528 aa  579  1e-164  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0414  peptide chain release factor 3  54.51 
 
 		 531 aa  578  1e-164  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0369  peptide chain release factor 3  53.79 
 
 		 527 aa  577  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5334  peptide chain release factor 3  54 
 
 		 533 aa  575  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.490929  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4347  peptide chain release factor 3  54.17 
 
 		 527 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.433833  normal  0.342451 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0690  peptide chain release factor 3  57.53 
 
 		 507 aa  575  1.0000000000000001e-163  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.217398  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2474  peptide chain release factor 3  52.46 
 
 		 526 aa  575  1.0000000000000001e-163  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2819  peptide chain release factor 3  54.86 
 
 		 528 aa  576  1.0000000000000001e-163  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4612  peptide chain release factor 3  54.36 
 
 		 527 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472275  normal  0.461934 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0015  peptide chain release factor 3  53.98 
 
 		 517 aa  572  1.0000000000000001e-162  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002625  peptide chain release factor 3  52.3 
 
 		 529 aa  572  1.0000000000000001e-162  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03381  peptide chain release factor 3  52.68 
 
 		 529 aa  574  1.0000000000000001e-162  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2372  peptide chain release factor 3  53.68 
 
 		 529 aa  574  1.0000000000000001e-162  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0909  peptide chain release factor 3  54.22 
 
 		 542 aa  572  1.0000000000000001e-162  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.212809  normal  0.0162662 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3053  peptide chain release factor 3  53.88 
 
 		 534 aa  573  1.0000000000000001e-162  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01678  peptide chain release factor 3  53.03 
 
 		 534 aa  570  1e-161  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.790822  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0147  peptide chain release factor 3  53.12 
 
 		 534 aa  570  1e-161  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2519  peptide chain release factor 3  53.56 
 
 		 527 aa  571  1e-161  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0130  peptide chain release factor 3  53.12 
 
 		 534 aa  568  1e-161  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.174893  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0968  peptide chain release factor 3  53.45 
 
 		 528 aa  569  1e-161  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.463155  decreased coverage  0.000218803 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3624  peptide chain release factor 3  51.92 
 
 		 529 aa  566  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4609  peptide chain release factor 3  51.92 
 
 		 529 aa  566  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00121865  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4971  peptide chain release factor 3  51.92 
 
 		 529 aa  566  1e-160  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00185733  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0837  peptide chain release factor 3  51.72 
 
 		 529 aa  565  1e-160  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3235  peptide chain release factor 3  51.92 
 
 		 523 aa  565  1e-160  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.458258  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4922  peptide chain release factor 3  51.92 
 
 		 529 aa  566  1e-160  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.55632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2827  peptide chain release factor 3  51.7 
 
 		 526 aa  567  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000333993  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2330  peptide chain release factor 3  53.61 
 
 		 535 aa  567  1e-160  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3232  peptide chain release factor 3  51.7 
 
 		 526 aa  566  1e-160  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0110977  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4918  peptide chain release factor 3  51.92 
 
 		 529 aa  566  1e-160  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.100391  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0613  peptide chain release factor 3  51.72 
 
 		 526 aa  565  1e-160  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04216  hypothetical protein  51.92 
 
 		 529 aa  566  1e-160  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.659942  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>