More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2572 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 340 aa  668    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  92.35 
 
 		 340 aa  627  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.78 
 
 		 340 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.15 
 
 		 323 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.5 
 
 		 324 aa  377  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.73 
 
 		 323 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1650  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.14 
 
 		 323 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.950445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7557  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  57.47 
 
 		 323 aa  360  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.09 
 
 		 336 aa  351  1e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.144815  normal  0.108193 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.47 
 
 		 323 aa  340  2e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.372701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.79 
 
 		 323 aa  338  7e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.47 
 
 		 340 aa  332  4e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00450006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.64 
 
 		 333 aa  331  9e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0562  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.16 
 
 		 322 aa  322  9.000000000000001e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.618484  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.12 
 
 		 322 aa  318  1e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.49 
 
 		 338 aa  308  9e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.99 
 
 		 323 aa  283  2.0000000000000002e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.14 
 
 		 325 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.15877 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4328  putative ABC transporter, permease protein  47.81 
 
 		 325 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2013  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.39 
 
 		 326 aa  279  5e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.54 
 
 		 328 aa  277  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.892452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.42 
 
 		 325 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0648374  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1040  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.74 
 
 		 325 aa  276  4e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.314534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.13 
 
 		 322 aa  276  5e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0636999  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.16 
 
 		 325 aa  275  7e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26218  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.01 
 
 		 327 aa  275  9e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.35 
 
 		 326 aa  275  9e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6558  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.01 
 
 		 329 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.487916  normal  0.350225 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.51 
 
 		 327 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.99 
 
 		 328 aa  271  1e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.01 
 
 		 329 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.637959  normal  0.0297418 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.1 
 
 		 328 aa  268  7e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.54 
 
 		 326 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.109225  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1564  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  45.54 
 
 		 326 aa  266  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7182  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  46.01 
 
 		 329 aa  265  8.999999999999999e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0141  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  44.31 
 
 		 326 aa  265  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3967  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.43 
 
 		 333 aa  263  3e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0736  peptide ABC transporter, permease protein  44.69 
 
 		 327 aa  262  6.999999999999999e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0785  peptide ABC transporter, permease protein  45.1 
 
 		 332 aa  261  1e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.334762  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5137  putative peptide ABC transporter protein, permease protein  46.96 
 
 		 339 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0417349 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4861  putative ABC transporter, permease protein  47.78 
 
 		 328 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373975  normal  0.482234 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1978  putative ABC transporter  44.65 
 
 		 321 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.878457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3081  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.69 
 
 		 322 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.957751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  40.99 
 
 		 336 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 		 334 aa  245  6.999999999999999e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.77 
 
 		 309 aa  244  9.999999999999999e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 		 336 aa  242  9e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0394  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  40.69 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2568  ABC transporter permease  42.12 
 
 		 328 aa  241  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.577987  normal  0.256762 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.37 
 
 		 306 aa  241  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5121  putative ABC transporter permease protein  42.24 
 
 		 298 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31259  normal  0.407731 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  40.8 
 
 		 339 aa  240  2.9999999999999997e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  40.8 
 
 		 339 aa  240  2.9999999999999997e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  41.1 
 
 		 339 aa  239  6.999999999999999e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.39 
 
 		 306 aa  238  8e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 		 333 aa  238  1e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  41.72 
 
 		 339 aa  238  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  40.8 
 
 		 351 aa  236  3e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  41.1 
 
 		 339 aa  236  4e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  40.48 
 
 		 336 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 		 336 aa  235  7e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  40.49 
 
 		 339 aa  235  8e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  39.88 
 
 		 336 aa  235  8e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0395  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.58 
 
 		 334 aa  235  8e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  39.76 
 
 		 336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  39.32 
 
 		 336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  39.16 
 
 		 337 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  39.32 
 
 		 336 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 		 336 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 		 336 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  41.1 
 
 		 339 aa  233  3e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  39.46 
 
 		 336 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.81 
 
 		 334 aa  233  4.0000000000000004e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.32 
 
 		 336 aa  233  5e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  41.03 
 
 		 339 aa  232  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0823  oligopeptide ABC transporter, permease  37.3 
 
 		 316 aa  232  7.000000000000001e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164685  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 		 306 aa  232  8.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  41.41 
 
 		 339 aa  231  9e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  41.41 
 
 		 339 aa  231  9e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  41.41 
 
 		 339 aa  232  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  41.41 
 
 		 339 aa  231  9e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  41.41 
 
 		 339 aa  231  9e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  41.41 
 
 		 339 aa  232  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  41.41 
 
 		 339 aa  231  9e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  41.41 
 
 		 339 aa  231  9e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  41.41 
 
 		 339 aa  231  9e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  41.41 
 
 		 339 aa  231  9e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  41.41 
 
 		 339 aa  232  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  41.41 
 
 		 339 aa  232  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  41.41 
 
 		 381 aa  231  1e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.61 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1691  alkaline phosphatase  40.68 
 
 		 336 aa  231  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.27 
 
 		 336 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.27 
 
 		 334 aa  230  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0808  oligopeptide ABC transporter, permease  36.36 
 
 		 316 aa  230  2e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282065  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3257  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.61 
 
 		 306 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 		 311 aa  230  2e-59  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 		 306 aa  230  3e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>