More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_5903 on replicon NC_012853
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012853  Rleg_5903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
333 aa  676    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.828162  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.43 
 
 
335 aa  492  9.999999999999999e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000556089  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.77 
 
 
340 aa  462  1e-129  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.395332  normal  0.413116 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.6 
 
 
292 aa  460  9.999999999999999e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3897  oxidoreductase NAD(P)-binding subunit  76.47 
 
 
294 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.48 
 
 
334 aa  454  1.0000000000000001e-126  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.3 
 
 
335 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.15 
 
 
333 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752467  normal  0.0103168 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0756  twin-arginine translocation pathway signal  60.43 
 
 
328 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.98283  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.43 
 
 
328 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688283  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.62 
 
 
337 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1292  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.46 
 
 
339 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.3 
 
 
335 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.927114  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6586  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.3 
 
 
335 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.830153  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.96 
 
 
297 aa  358  5e-98  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.79 
 
 
299 aa  348  7e-95  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05560  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  60.55 
 
 
303 aa  348  8e-95  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3415  oxidoreductase  57.29 
 
 
298 aa  344  1e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.66 
 
 
299 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3340  oxidoreductase  57.49 
 
 
294 aa  339  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.461331 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3411  oxidoreductase  57.49 
 
 
294 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3405  oxidoreductase  57.49 
 
 
294 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.441834 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.87 
 
 
297 aa  339  4e-92  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3506  oxidoreductase  57.49 
 
 
294 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3331  oxidoreductase  57.49 
 
 
294 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.99 
 
 
293 aa  338  5.9999999999999996e-92  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.99 
 
 
293 aa  338  5.9999999999999996e-92  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.29 
 
 
308 aa  335  5e-91  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.278854  normal  0.143787 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.16 
 
 
272 aa  335  5e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0067  Short-chain alcohol dehydrogenase  56.25 
 
 
296 aa  334  1e-90  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02878  oxidoreductase  56.1 
 
 
294 aa  333  2e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.1 
 
 
294 aa  334  2e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3182  oxidoreductase  56.1 
 
 
294 aa  333  2e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3432  oxidoreductase  56.1 
 
 
294 aa  333  2e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4315  oxidoreductase  56.1 
 
 
294 aa  333  2e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3472  oxidoreductase  56.1 
 
 
294 aa  333  2e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3289  oxidoreductase  56.45 
 
 
294 aa  333  2e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  57.19 
 
 
297 aa  333  3e-90  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0691  oxidoreductase  55.75 
 
 
294 aa  332  5e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06640  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  57.59 
 
 
309 aa  327  2.0000000000000001e-88  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.6 
 
 
293 aa  327  2.0000000000000001e-88  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.116516  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.01 
 
 
285 aa  325  9e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000245222 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.34 
 
 
286 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.412824 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0858  Short-chain alcohol dehydrogenase  55.75 
 
 
289 aa  321  9.000000000000001e-87  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.48 
 
 
298 aa  318  6e-86  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.61 
 
 
285 aa  318  9e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1917  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  53.31 
 
 
293 aa  318  1e-85  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.29 
 
 
300 aa  318  1e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.319997  normal  0.350002 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.9 
 
 
298 aa  317  2e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22650  short-chain alcohol dehydrogenase like protein  55.21 
 
 
306 aa  315  7e-85  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17140  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  55.44 
 
 
307 aa  315  9.999999999999999e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.391545  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.36 
 
 
290 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00355451 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.61 
 
 
311 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.09 
 
 
285 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.539155  normal  0.142405 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.71 
 
 
285 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.71 
 
 
285 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.717925 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.61 
 
 
301 aa  312  3.9999999999999997e-84  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2662  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.06 
 
 
286 aa  311  1e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392241  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.36 
 
 
290 aa  311  1e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0102101 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.36 
 
 
285 aa  310  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.36 
 
 
290 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.424888 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.01 
 
 
298 aa  310  2.9999999999999997e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.12 
 
 
304 aa  308  6.999999999999999e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.76 
 
 
291 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.791141  normal  0.178884 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5588  dehydrogenase  55.52 
 
 
285 aa  308  1.0000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.66 
 
 
292 aa  306  4.0000000000000004e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.02 
 
 
286 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.268463  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.13 
 
 
285 aa  305  9.000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.402229  normal  0.230445 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.67 
 
 
286 aa  301  1e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  54.9 
 
 
288 aa  300  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.3 
 
 
297 aa  299  6e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.84 
 
 
285 aa  298  7e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.319892  normal  0.963036 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2695  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.93 
 
 
285 aa  298  8e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00727931 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0919  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.48 
 
 
285 aa  298  1e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.72 
 
 
286 aa  297  2e-79  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.457155  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.04 
 
 
286 aa  297  2e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453828  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.88 
 
 
286 aa  295  7e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.239121  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.25 
 
 
285 aa  293  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15410  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  50.87 
 
 
313 aa  290  3e-77  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.170308  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.48 
 
 
285 aa  289  4e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.15 
 
 
288 aa  288  9e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4376  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.51 
 
 
285 aa  286  4e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896027  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.6 
 
 
285 aa  285  8e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2411  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.02 
 
 
286 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.11 
 
 
293 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.133433  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.13 
 
 
288 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.26 
 
 
288 aa  281  7.000000000000001e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.71 
 
 
285 aa  281  8.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2677  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  52.86 
 
 
286 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.822958  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0632  short chain dehydrogenase  50.9 
 
 
288 aa  281  1e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000680928  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
292 aa  281  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.082877 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.9 
 
 
287 aa  280  3e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.65 
 
 
286 aa  279  4e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.066838  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2288  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.11 
 
 
306 aa  276  5e-73  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.43 
 
 
295 aa  276  5e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.64 
 
 
284 aa  275  6e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.22798  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.82 
 
 
287 aa  275  8e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35800  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  53.51 
 
 
285 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2744  short chain dehydrogenase  51.77 
 
 
334 aa  273  3e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.972914  normal  0.0520687 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0712  short chain dehydrogenase  50.94 
 
 
288 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.712851  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>