More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_5711 on replicon NC_012853
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012853  Rleg_5711  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
310 aa  630  1e-179  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.831574  normal  0.349345 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0322  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 
290 aa  202  5e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1774  LysR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
314 aa  176  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.605757  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  38.72 
 
 
312 aa  176  5e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 
312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0698  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
320 aa  162  8.000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 
317 aa  161  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
311 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
317 aa  158  9e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2971  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.69 
 
 
294 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4588  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
314 aa  152  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.042937  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 
311 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 
308 aa  152  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0331  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 
300 aa  151  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.580886  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
318 aa  151  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0366  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.611699 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0568  regulatory protein, LysR  33.56 
 
 
300 aa  144  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.643445 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 
311 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54130  transcriptional regulator  34.58 
 
 
309 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 
287 aa  144  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
306 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
306 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1341  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 
299 aa  142  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 
303 aa  142  7e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4735  transcriptional regulator  33.56 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 
303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 
303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.63 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.63 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.63 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.63 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.63 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.63 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.63 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.63 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
300 aa  139  6e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
303 aa  139  6e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
305 aa  139  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
306 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 
302 aa  139  7.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  31.89 
 
 
316 aa  139  7.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
305 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
305 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
305 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
305 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.38 
 
 
305 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.23 
 
 
305 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.38 
 
 
305 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.23 
 
 
305 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.58 
 
 
304 aa  138  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.23 
 
 
305 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.23 
 
 
305 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 
293 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.23 
 
 
305 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.38 
 
 
305 aa  138  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33 
 
 
303 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
303 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
303 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
303 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35 
 
 
307 aa  137  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.8 
 
 
303 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
303 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.19 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.21 
 
 
305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4622  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
284 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.40881  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1426  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
306 aa  136  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.16714  normal  0.508277 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4318  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.88 
 
 
332 aa  136  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.63 
 
 
303 aa  136  5e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0449  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 
305 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.038969  normal  0.109175 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2291  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 
301 aa  135  7.000000000000001e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.83222 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.19 
 
 
303 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 
303 aa  135  8e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
296 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 
294 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.75 
 
 
303 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 
315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.55 
 
 
300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 
292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0423  LysR family transcriptional regulator  47.59 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.62 
 
 
307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.19 
 
 
303 aa  133  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.47 
 
 
323 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 
295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.2 
 
 
303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.66 
 
 
306 aa  132  5e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.56 
 
 
306 aa  133  5e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  35.56 
 
 
306 aa  133  5e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04893  transcriptional regulator  32.23 
 
 
289 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0447  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 
311 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 
299 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3208  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
303 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
301 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4952  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
303 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3068  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.54 
 
 
315 aa  132  9e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
305 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4195  transcriptional regulator  32.9 
 
 
296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.140218  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>