79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1104 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1104  sarcosine oxidase subunit gamma  100 
 
 		 210 aa  427  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0685148 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3507  sarcosine oxidase gamma subunit  82.86 
 
 		 210 aa  364  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0489  sarcosine oxidase, gamma subunit  82.86 
 
 		 210 aa  365  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5131  sarcosine oxidase gamma subunit  82.86 
 
 		 210 aa  364  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5148  sarcosine oxidase, gamma subunit  82.38 
 
 		 210 aa  362  3e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3219  sarcosine oxidase, gamma subunit  82.38 
 
 		 210 aa  362  3e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0049  sarcosine oxidase subunit gamma  82.86 
 
 		 210 aa  361  3e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.507753 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5066  sarcosine oxidase gamma subunit  79.52 
 
 		 209 aa  350  7e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.586483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4543  sarcosine oxidase, gamma subunit  79.05 
 
 		 209 aa  349  2e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0392  sarcosine oxidase gamma subunit  75.71 
 
 		 211 aa  328  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1859  sarcosine oxidase, gamma subunit  75.71 
 
 		 211 aa  328  3e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76541  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0999  sarcosine oxidase subunit gamma  74.29 
 
 		 211 aa  319  1.9999999999999998e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1951  sarcosine oxidase gamma subunit  76.02 
 
 		 201 aa  311  4.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4827  sarcosine oxidase, gamma subunit  75.58 
 
 		 217 aa  305  3e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.880444  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1597  sarcosine oxidase, gamma subunit  63.3 
 
 		 218 aa  272  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0482246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5051  Sarcosine oxidase gamma subunit  61.93 
 
 		 218 aa  270  8.000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.247837 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3330  sarcosine oxidase gamma subunit  61.29 
 
 		 216 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.621341 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3859  sarcosine oxidase, gamma subunit  44.72 
 
 		 190 aa  124  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0271075  normal  0.0372991 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0488  sarcosine oxidase gamma subunit  82.35 
 
 		 111 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4881  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  36.05 
 
 		 210 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.528433 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4716  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  35.26 
 
 		 210 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0162  sarcosine oxidase, gamma subunit  80.95 
 
 		 64 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0457  sarcosine oxidase, gamma subunit  34.21 
 
 		 210 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18840  sarcosine oxidase gamma subunit  39.35 
 
 		 206 aa  112  5e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0326  sarcosine oxidase, gamma subunit family  34.3 
 
 		 210 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0654749 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0348  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  34.3 
 
 		 210 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.448835 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0349  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  34.3 
 
 		 210 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360839  normal  0.508699 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4128  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  33.72 
 
 		 209 aa  108  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71510  sarcosine oxidase gamma subunit  38.22 
 
 		 211 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6207  sarcosine oxidase subunit gamma  38.22 
 
 		 211 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2880  Sarcosine oxidase gamma subunit  37.31 
 
 		 194 aa  102  4e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4035  sarcosine oxidase, gamma subunit  30.56 
 
 		 198 aa  101  9e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2481  sarcosine oxidase, gamma subunit  30.56 
 
 		 198 aa  101  9e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5204  sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric  31.21 
 
 		 210 aa  100  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0606806 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1001  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  36.75 
 
 		 219 aa  96.7  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2757  sarcosine oxidase gamma subunit  33.8 
 
 		 217 aa  93.2  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.345181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3701  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.66 
 
 		 211 aa  91.7  7e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4049  sarcosine oxidase, gamma subunit  34.34 
 
 		 218 aa  90.5  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3592  Sarcosine oxidase  35.5 
 
 		 216 aa  89.7  3e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3619  Sarcosine oxidase gamma subunit  34.27 
 
 		 212 aa  82  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.340515  normal  0.0235152 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3657  sarcosine oxidase, gamma subunit family  35.92 
 
 		 182 aa  81.6  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.4672  normal  0.226521 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3355  sarcosine oxidase, gamma subunit family  35.66 
 
 		 182 aa  80.9  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2749  sarcosine oxidase gamma subunit family protein  32.39 
 
 		 184 aa  79.3  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3390  Sarcosine oxidase gamma subunit  36.92 
 
 		 199 aa  74.3  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3994  Sarcosine oxidase gamma subunit  38.46 
 
 		 196 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.240447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4034  Sarcosine oxidase gamma subunit  37.8 
 
 		 196 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.621132  normal  0.484424 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3778  sarcosine oxidase gamma subunit  31.69 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.269051  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3739  sarcosine oxidase gamma subunit  36.23 
 
 		 196 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.319491  normal  0.115073 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0972  sarcosine oxidase, gamma subunit  28.66 
 
 		 189 aa  69.3  0.00000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2484  sarcosine oxidase gamma subunit  36.72 
 
 		 197 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.375094  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0232  sarcosine oxidase, gamma subunit  32.19 
 
 		 184 aa  63.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0304  sarcosine oxidase gamma subunit  31.91 
 
 		 180 aa  63.2  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0942  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.1 
 
 		 176 aa  62.4  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.401567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1651  sarcosine oxidase gamma subunit  31.5 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5743  hypothetical protein  35.19 
 
 		 176 aa  60.8  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0936885  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2639  Sarcosine oxidase gamma subunit  31.58 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1933  Sarcosine oxidase gamma subunit  29.73 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00979813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5632  Sarcosine oxidase gamma subunit  34.34 
 
 		 181 aa  59.3  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8587  Sarcosine oxidase gamma subunit  36.52 
 
 		 171 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.661189  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1580  Sarcosine oxidase gamma subunit  29.34 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1946  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.21 
 
 		 200 aa  57  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.854686 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2144  sarcosine oxidase, gamma subunit  32.05 
 
 		 185 aa  52.4  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.945711  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7230  Sarcosine oxidase gamma subunit  34.78 
 
 		 181 aa  51.6  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0171161  normal  0.102806 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4703  sarcosine oxidase gamma subunit  27.97 
 
 		 201 aa  51.2  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.426146  normal  0.475895 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0995  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.36 
 
 		 186 aa  50.4  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0903672  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0594  sarcosine oxidase, gamma subunit  27.01 
 
 		 182 aa  48.9  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1348  sarcosine oxidase, gamma subunit  25.9 
 
 		 185 aa  48.9  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.950834  normal  0.0205544 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2114  putative sarcosine oxidase, gamma subunit  28.77 
 
 		 176 aa  48.1  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.52218  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2449  sarcosine oxidase, gamma subunit  32.43 
 
 		 190 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.497358  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3448  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.33 
 
 		 193 aa  47.4  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2690  putative sarcosine oxidase gamma subunit  25.3 
 
 		 185 aa  46.2  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3286  sarcosine oxidase gamma subunit  29.36 
 
 		 177 aa  45.8  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2221  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.08 
 
 		 190 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.818428  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2187  sarcosine oxidase, gamma subunit  26.28 
 
 		 171 aa  45.4  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2363  sarcosine oxidase gamma subunit  30.23 
 
 		 153 aa  44.7  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0866  sarcosine oxidase gamma subunit  30.23 
 
 		 179 aa  44.3  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3475  hypothetical protein  25.66 
 
 		 192 aa  43.5  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2101  hypothetical protein  25.14 
 
 		 194 aa  42.4  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2263  putative sarcosine oxidase  30.7 
 
 		 192 aa  42.4  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.670843 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>