30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2449 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2449  sarcosine oxidase, gamma subunit  100 
 
 		 190 aa  390  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.497358  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2221  sarcosine oxidase, gamma subunit  83.16 
 
 		 190 aa  323  1e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.818428  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3475  hypothetical protein  69.49 
 
 		 192 aa  248  3e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2101  hypothetical protein  65.29 
 
 		 194 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18840  sarcosine oxidase gamma subunit  31.72 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2880  Sarcosine oxidase gamma subunit  36.84 
 
 		 194 aa  53.9  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5917  hypothetical protein  29.24 
 
 		 219 aa  52.4  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.449297 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2497  hypothetical protein  28.57 
 
 		 224 aa  51.2  0.000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0120405  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0455  hypothetical protein  27.33 
 
 		 227 aa  50.8  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.847985  normal  0.256797 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0049  sarcosine oxidase subunit gamma  31.08 
 
 		 210 aa  48.5  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.507753 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1933  Sarcosine oxidase gamma subunit  35.71 
 
 		 209 aa  48.1  0.00009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00979813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1580  Sarcosine oxidase gamma subunit  36.9 
 
 		 209 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1104  sarcosine oxidase subunit gamma  32.43 
 
 		 210 aa  46.6  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0685148 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3701  sarcosine oxidase, gamma subunit  36.36 
 
 		 211 aa  46.6  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1651  sarcosine oxidase gamma subunit  31.58 
 
 		 209 aa  45.8  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0489  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.94 
 
 		 210 aa  45.4  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3330  sarcosine oxidase gamma subunit  25.27 
 
 		 216 aa  44.7  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.621341 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3507  sarcosine oxidase gamma subunit  30.56 
 
 		 210 aa  43.9  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3219  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.33 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5131  sarcosine oxidase gamma subunit  33.33 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5148  sarcosine oxidase, gamma subunit  33.33 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5051  Sarcosine oxidase gamma subunit  25 
 
 		 218 aa  43.5  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.247837 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4827  sarcosine oxidase, gamma subunit  29.17 
 
 		 217 aa  43.5  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.880444  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1859  sarcosine oxidase, gamma subunit  32.43 
 
 		 211 aa  42.4  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76541  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5066  sarcosine oxidase gamma subunit  31.94 
 
 		 209 aa  42  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.586483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0392  sarcosine oxidase gamma subunit  32.43 
 
 		 211 aa  42  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4543  sarcosine oxidase, gamma subunit  31.94 
 
 		 209 aa  42  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0999  sarcosine oxidase subunit gamma  30.56 
 
 		 211 aa  42  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1597  sarcosine oxidase, gamma subunit  35.62 
 
 		 218 aa  42  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0482246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1951  sarcosine oxidase gamma subunit  32.43 
 
 		 201 aa  41.2  0.009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>