More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3972 on replicon NC_007488
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007488  RSP_3972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  100 
 
 
263 aa  525  1e-148  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.41 
 
 
258 aa  233  3e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.549001  normal  0.44275 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0432  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.27 
 
 
258 aa  217  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1704  short chain dehydrogenase  42.4 
 
 
262 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.771758  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4032  short chain dehydrogenase  45.49 
 
 
268 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4334  short chain dehydrogenase  45.49 
 
 
268 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0606  short chain dehydrogenase  48.43 
 
 
265 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.289606  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0861  short chain dehydrogenase  48.43 
 
 
284 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2338  short chain dehydrogenase  48.43 
 
 
265 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1828  short chain dehydrogenase  48.43 
 
 
284 aa  209  3e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.02 
 
 
264 aa  209  5e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0499981  normal  0.128098 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1037  short chain dehydrogenase  48.03 
 
 
284 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1123  short chain dehydrogenase  48.03 
 
 
298 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5536  short chain dehydrogenase  42.23 
 
 
262 aa  206  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3189  short chain dehydrogenase  46.27 
 
 
268 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4276  short chain dehydrogenase  46.83 
 
 
265 aa  203  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.222257  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4224  short chain dehydrogenase  46.43 
 
 
265 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3750  short chain dehydrogenase  46.03 
 
 
265 aa  202  7e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.759857  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2184  short chain dehydrogenase  42.57 
 
 
262 aa  199  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0474  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.46 
 
 
254 aa  197  2.0000000000000003e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3073  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.62 
 
 
250 aa  195  7e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
255 aa  191  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0980  short chain dehydrogenase  43.04 
 
 
263 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3899  hypothetical protein  42.46 
 
 
255 aa  187  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.363357 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.52 
 
 
255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.700746  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.52 
 
 
255 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.239762 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6225  short chain dehydrogenase  40.82 
 
 
253 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00892767  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
255 aa  182  6e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2185  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
250 aa  168  7e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2147  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.29 
 
 
253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.760058  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  36.36 
 
 
259 aa  162  6e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.8 
 
 
258 aa  155  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.33 
 
 
256 aa  155  8e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.63 
 
 
258 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
259 aa  153  2.9999999999999998e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
250 aa  152  4e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0974  acetoin reductase  36.51 
 
 
253 aa  153  4e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4841  sorbitol dehydrogenase  39.68 
 
 
256 aa  151  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
260 aa  149  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1449  acetoin reductase  36.82 
 
 
257 aa  149  3e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000100161  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
253 aa  149  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
261 aa  149  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.85 
 
 
260 aa  149  4e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
251 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
251 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0523  acetoin reductase  37.5 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0841243  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.91 
 
 
261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.85 
 
 
258 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
262 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
262 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
262 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.9 
 
 
246 aa  145  6e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.05 
 
 
252 aa  145  6e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.86578  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
244 aa  145  8.000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.29 
 
 
246 aa  145  9e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.47 
 
 
247 aa  145  9e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
250 aa  144  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.34 
 
 
266 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
256 aa  144  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.83 
 
 
260 aa  144  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175664  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.08 
 
 
261 aa  144  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.3 
 
 
247 aa  144  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
257 aa  143  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5197  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.75 
 
 
261 aa  143  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.426896 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4730  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.75 
 
 
261 aa  143  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.18 
 
 
252 aa  144  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
246 aa  143  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.368584  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2257  acetoin reductase  36.11 
 
 
262 aa  143  3e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
256 aa  143  3e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4369  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.65 
 
 
246 aa  143  3e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
260 aa  143  4e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41710  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
264 aa  142  5e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1738  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.65 
 
 
264 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.65 
 
 
264 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1804  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.65 
 
 
264 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.390803 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
253 aa  142  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
262 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 
251 aa  141  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11380  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.65 
 
 
247 aa  141  9e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.833794 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1887  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.63 
 
 
260 aa  141  9e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0166984  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
246 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.96 
 
 
272 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
244 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.372052 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  35.38 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1221  ketoacyl reductase  34.35 
 
 
261 aa  140  3e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.432142  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
248 aa  140  3e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
260 aa  140  3e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.35072  normal  0.362703 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.89 
 
 
252 aa  139  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.734906  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0113  acetoin reductase  36.11 
 
 
258 aa  139  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0117  acetoin reductase  36.11 
 
 
258 aa  139  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3349  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.46 
 
 
246 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.06131  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6971  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.95 
 
 
263 aa  139  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.46 
 
 
246 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.767339  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>