More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3824 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3824  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4088  GntR family transcriptional regulator  85.54 
 
 		 242 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.199409  normal  0.0399057 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1287  GntR family transcriptional regulator  69.83 
 
 		 242 aa  346  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5849  GntR family transcriptional regulator  71.25 
 
 		 241 aa  328  5.0000000000000004e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.499759  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0763  transcriptional regulator, GntR family  68.6 
 
 		 242 aa  292  4e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.747826  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  42.44 
 
 		 240 aa  193  2e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1317  GntR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 271 aa  190  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.193011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4125  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  44.35 
 
 		 245 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3858  GntR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 247 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.21556  normal  0.95264 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4439  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  44.92 
 
 		 245 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.879894 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4206  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  46.25 
 
 		 249 aa  175  6e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2197  GntR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6507  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2915  GntR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 249 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0266  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  39.75 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  38.49 
 
 		 253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4236  GntR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 243 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0146  GntR family transcriptional regulator  39.48 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5939  transcriptional regulator, GntR family  36.93 
 
 		 252 aa  158  9e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3772  GntR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2178  GntR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 252 aa  156  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0464969 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4185  GntR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 249 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.188072  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1176  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.4 
 
 		 251 aa  148  8e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0315  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.4 
 
 		 258 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2399  GntR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 258 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.720862  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3347  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.4 
 
 		 258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.546924  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3357  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.4 
 
 		 272 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.568535  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2585  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.4 
 
 		 258 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3313  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  36.4 
 
 		 258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.906593  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0767  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 251 aa  146  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3327  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  39.15 
 
 		 243 aa  142  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3704  GntR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 240 aa  135  5e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.317205 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2856  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 238 aa  133  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6099  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  33.62 
 
 		 260 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0213  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  31.12 
 
 		 244 aa  117  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4033  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  31.12 
 
 		 244 aa  117  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  31.38 
 
 		 254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2920  GntR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 245 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5874  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  31.22 
 
 		 245 aa  103  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.166435  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0968  GntR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 232 aa  103  3e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2301  GntR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 242 aa  101  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  27.24 
 
 		 247 aa  99  5e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 248 aa  97.8  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 225 aa  97.1  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2078  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 243 aa  97.1  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 243 aa  97.1  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4032  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.28 
 
 		 241 aa  95.9  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3472  transcriptional regulator, GntR family  29 
 
 		 238 aa  95.9  5e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00483129  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  25.61 
 
 		 243 aa  95.9  5e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1740  GntR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 232 aa  95.9  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.40989  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7722  transcriptional regulator, GntR family  32.08 
 
 		 269 aa  95.9  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3693  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  30.28 
 
 		 241 aa  95.5  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.189097  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  25 
 
 		 232 aa  95.5  6e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1632  GntR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 232 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.367647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3696  transcriptional regulator, GntR family protein  29.81 
 
 		 240 aa  94  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3559  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.11 
 
 		 241 aa  92.8  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 240 aa  92.8  5e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1934  transcriptional regulator, GntR family  26.78 
 
 		 250 aa  92.4  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.127514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2287  transcriptional regulator, GntR family  26.78 
 
 		 250 aa  92.4  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1621  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 239 aa  92  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00823964  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1535  transcriptional regulator  25.53 
 
 		 233 aa  92  7e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.178039  normal  0.468584 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0456  GntR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 238 aa  91.3  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0420  GntR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 238 aa  91.3  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.330179  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03974  predicted DNA-binding transcriptional regulator of phosphonate uptake and biodegradation  28.69 
 
 		 241 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3889  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  28.69 
 
 		 241 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3924  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.69 
 
 		 241 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03934  hypothetical protein  28.69 
 
 		 241 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4656  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.69 
 
 		 241 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4343  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.69 
 
 		 241 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5615  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.69 
 
 		 241 aa  89.7  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5635  transcriptional regulator, GntR family  28.91 
 
 		 248 aa  89.7  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.613764  normal  0.0151666 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3837  transcriptional regulator, GntR family  26.27 
 
 		 255 aa  88.6  9e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.10255  normal  0.78635 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3786  transcriptional regulator, GntR family  26.27 
 
 		 255 aa  88.6  9e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2049  transcriptional regulator, GntR family  28.81 
 
 		 245 aa  88.2  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4568  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  28.28 
 
 		 241 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  30.92 
 
 		 249 aa  87.8  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2556  GntR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 248 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000796144 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1920  GntR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 248 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2532  GntR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 248 aa  87  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00685301  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  30.08 
 
 		 244 aa  86.7  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6106  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 256 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.744386  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1971  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 256 aa  86.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8309  putative transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 239 aa  85.9  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0848138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0763  GntR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 248 aa  85.9  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00237996 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 247 aa  85.9  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5864  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 248 aa  85.5  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.564885  normal  0.734875 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4833  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 246 aa  85.5  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.396823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1959  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 256 aa  85.5  7e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.622516  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2450  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 258 aa  85.1  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000263261 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2580  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 258 aa  85.1  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.496201  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1995  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 256 aa  85.1  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.795702  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 244 aa  84.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0433  transcriptional regulator, GntR family  29.96 
 
 		 238 aa  84.3  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1730  GntR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 252 aa  84.7  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.782156  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2911  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 242 aa  84.7  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.786212  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>