More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3202 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0674  putative fatty-acid--CoA ligase  82.36 
 
 		 533 aa  931    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.11643 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3261  AMP-dependent synthetase and ligase  82.42 
 
 		 534 aa  924    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2434  AMP-dependent synthetase and ligase  80.68 
 
 		 534 aa  907    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.097494  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3202  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 533 aa  1097    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0351635  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2203  AMP-dependent synthetase and ligase  81.85 
 
 		 534 aa  925    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334168  normal  0.340753 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0109  AMP-dependent synthetase and ligase  52.91 
 
 		 528 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  52.83 
 
 		 528 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  42.66 
 
 		 536 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000011697 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0322  AMP-dependent synthetase and ligase  39.73 
 
 		 531 aa  372  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  39.92 
 
 		 540 aa  350  5e-95  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1984  AMP-dependent synthetase and ligase  39.38 
 
 		 552 aa  347  3e-94  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1027  AMP-dependent synthetase and ligase  37.09 
 
 		 539 aa  342  1e-92  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0505944  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4202  acyl-CoA synthetase  39.96 
 
 		 534 aa  325  1e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.269622  hitchhiker  0.00584314 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  37.01 
 
 		 537 aa  322  7e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  37.01 
 
 		 537 aa  322  7e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  37.01 
 
 		 537 aa  322  7e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  38.04 
 
 		 532 aa  320  3e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4559  acyl-CoA synthetase  36.1 
 
 		 529 aa  308  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.134713  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  37.02 
 
 		 522 aa  306  6e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2351  acyl-CoA synthetase  34.69 
 
 		 517 aa  301  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197387  normal  0.399216 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  37.18 
 
 		 525 aa  298  2e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  36.98 
 
 		 513 aa  297  3e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 		 530 aa  297  4e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08640  acyl-CoA synthetase  35.8 
 
 		 516 aa  296  8e-79  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.310549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0894  acyl-CoA synthetase  35.92 
 
 		 520 aa  295  2e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.493906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2882  acyl-CoA synthetase  35.69 
 
 		 557 aa  292  9e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  35.87 
 
 		 511 aa  292  1e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  37.35 
 
 		 520 aa  291  2e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2406  AMP-dependent synthetase and ligase  35.87 
 
 		 509 aa  288  2e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0466191 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  34.25 
 
 		 520 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.88 
 
 		 514 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  33.85 
 
 		 509 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  34.32 
 
 		 521 aa  284  3.0000000000000004e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.25 
 
 		 512 aa  281  3e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7494  acyl-CoA synthetase  35.33 
 
 		 521 aa  280  6e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.489378  normal  0.204527 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2245  AMP-dependent synthetase and ligase  36.75 
 
 		 519 aa  279  1e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00923204  normal  0.0183444 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.41 
 
 		 524 aa  278  2e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  32.82 
 
 		 526 aa  278  2e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  35.74 
 
 		 529 aa  278  3e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.92 
 
 		 499 aa  275  1.0000000000000001e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 518 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  34.44 
 
 		 518 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  36.67 
 
 		 514 aa  274  3e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  31.3 
 
 		 528 aa  272  1e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 516 aa  270  5e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  33.83 
 
 		 560 aa  268  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  34.88 
 
 		 518 aa  268  2e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 525 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4595  AMP-dependent synthetase and ligase  33.02 
 
 		 525 aa  267  4e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.76 
 
 		 519 aa  266  5.999999999999999e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 518 aa  265  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2532  AMP-dependent synthetase and ligase  32.5 
 
 		 521 aa  265  1e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2089  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 		 530 aa  264  4e-69  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 520 aa  263  8e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2052  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 523 aa  262  8.999999999999999e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  34.1 
 
 		 522 aa  263  8.999999999999999e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  32.94 
 
 		 512 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  33.85 
 
 		 504 aa  262  1e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.04 
 
 		 517 aa  261  3e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.04 
 
 		 517 aa  261  3e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.04 
 
 		 517 aa  261  3e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2693  AMP-dependent synthetase and ligase  31.94 
 
 		 562 aa  259  6e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  32.83 
 
 		 549 aa  259  9e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 515 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0288  AMP-binding domain protein  33.77 
 
 		 564 aa  258  1e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0229323  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  34.76 
 
 		 493 aa  258  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  32.62 
 
 		 565 aa  258  3e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  32.55 
 
 		 515 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  32.7 
 
 		 544 aa  258  3e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  31.4 
 
 		 531 aa  258  3e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3458  acyl-CoA synthetase  32.83 
 
 		 562 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  32.12 
 
 		 515 aa  257  5e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 524 aa  256  5e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4472  AMP-dependent synthetase and ligase  32.49 
 
 		 517 aa  256  5e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2319  AMP-binding domain protein  33.08 
 
 		 565 aa  256  7e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.770298  normal  0.0254377 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2941  acyl-CoA synthetase  32.58 
 
 		 557 aa  256  7e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.581775  normal  0.0544542 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  32.96 
 
 		 549 aa  256  8e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  32.35 
 
 		 576 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  31.21 
 
 		 1043 aa  255  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0606  AMP-dependent synthetase and ligase  32.05 
 
 		 560 aa  255  2.0000000000000002e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 508 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0752  AMP-binding domain protein  32.19 
 
 		 576 aa  254  3e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  31.5 
 
 		 553 aa  254  3e-66  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3306  AMP-binding domain protein  31.63 
 
 		 576 aa  254  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63972  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2479  acyl-CoA synthetase  31.95 
 
 		 557 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.282098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4042  AMP-dependent synthetase and ligase  34.09 
 
 		 582 aa  254  4.0000000000000004e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3299  feruloyl-CoA synthetase  33.33 
 
 		 564 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0663  AMP-binding domain protein  32.02 
 
 		 547 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.390649  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  32.03 
 
 		 515 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3025  AMP-binding domain protein  31.65 
 
 		 576 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4746  putative o-succinylbenzoate--CoA synthetase  34.21 
 
 		 601 aa  253  7e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0885272 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  29.87 
 
 		 530 aa  252  1e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.88 
 
 		 512 aa  252  1e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31470  AMP-binding domain protein  31.96 
 
 		 564 aa  252  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0028776  hitchhiker  0.0000000416298 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1121  AMP-binding domain protein  30.91 
 
 		 548 aa  252  1e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.131488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1389  AMP-binding domain protein  33.15 
 
 		 549 aa  251  2e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000722424  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 519 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  30.06 
 
 		 527 aa  251  3e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 508 aa  251  3e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1573  AMP-binding domain protein  33.65 
 
 		 552 aa  251  3e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.116566  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>