71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0640 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0640  major facilitator transporter  100 
 
 		 425 aa  841    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0639  major facilitator transporter  55.1 
 
 		 437 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1376  major facilitator superfamily MFS_1  49.52 
 
 		 439 aa  441  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.757312  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2623  major facilitator transporter  25 
 
 		 434 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2729  major facilitator superfamily MFS_1  23.4 
 
 		 442 aa  64.3  0.000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3525  major facilitator transporter  24.52 
 
 		 486 aa  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3099  major facilitator transporter  24.48 
 
 		 430 aa  60.8  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0643355  normal  0.382365 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3925  major facilitator transporter  28.94 
 
 		 445 aa  55.5  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.362735 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2356  major facilitator superfamily MFS_1  23.72 
 
 		 405 aa  54.3  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0333  major facilitator superfamily MFS_1  22.22 
 
 		 408 aa  54.3  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4171  major facilitator transporter  23.58 
 
 		 426 aa  53.5  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00182156  normal  0.0631303 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2964  hypothetical protein  23.36 
 
 		 446 aa  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.83907  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03348  hypothetical protein  22.1 
 
 		 402 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03397  predicted transporter  22.1 
 
 		 402 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4042  major facilitator family transporter  22.87 
 
 		 402 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4923  inner membrane protein YhjX  22.1 
 
 		 400 aa  51.2  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2251  major facilitator transporter  24.82 
 
 		 441 aa  50.8  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000681216  hitchhiker  4.26317e-17 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3979  major facilitator family transporter  21.82 
 
 		 400 aa  50.1  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.705111  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1507  major facilitator transporter  21.27 
 
 		 421 aa  49.7  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0424  major facilitator transporter  24.12 
 
 		 420 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0169  oxalate/formate antiporter  21.55 
 
 		 402 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.86802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3748  major facilitator family transporter  21.55 
 
 		 402 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0177  oxalate/formate antiporter  21.85 
 
 		 400 aa  48.9  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0165  Oxalate/Formate Antiporter  21.55 
 
 		 402 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2187  major facilitator transporter  22.93 
 
 		 440 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3868  major facilitator family transporter  21.82 
 
 		 402 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4153  major facilitator transporter  24.8 
 
 		 436 aa  47.4  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.25615  normal  0.56292 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0738  major facilitator transporter  23.7 
 
 		 422 aa  47  0.0006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2011  major facilitator superfamily MFS_1  21.49 
 
 		 452 aa  47  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3421  major facilitator transporter  27.57 
 
 		 444 aa  47  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.229013  normal  0.137893 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3251  major facilitator superfamily MFS_1  21.52 
 
 		 430 aa  47  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.104072  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2922  major facilitator superfamily MFS_1  22.57 
 
 		 416 aa  46.6  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3966  major facilitator superfamily MFS_1  24.08 
 
 		 432 aa  45.8  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.565807  normal  0.02436 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3852  major facilitator superfamily MFS_1  24.08 
 
 		 432 aa  45.8  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.133619  normal  0.862924 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3128  major facilitator transporter  24.9 
 
 		 435 aa  46.6  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3101  major facilitator transporter  22.07 
 
 		 427 aa  45.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.627117 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2516  major facilitator superfamily MFS_1  28.57 
 
 		 446 aa  45.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000164401  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2759  phosphoglycerate transporter  21.33 
 
 		 463 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2540  phosphoglycerate transport: transporter  21.33 
 
 		 463 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2629  phosphoglycerate transport: transporter  21.33 
 
 		 463 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2653  phosphoglycerate transport: transporter  21.33 
 
 		 463 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132768 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2588  phosphoglycerate transport: transporter  21.33 
 
 		 463 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0346  major facilitator transporter  25 
 
 		 450 aa  45.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.258915  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0486  oxalate/formate antiporter  22.56 
 
 		 410 aa  45.8  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.65082  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_36120  monocarboxylate permease homologue  21.16 
 
 		 439 aa  45.4  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.590226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1017  major facilitator superfamily MFS_1  23.5 
 
 		 431 aa  45.1  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.451459  normal  0.743333 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1023  major facilitator superfamily MFS_1  27.05 
 
 		 431 aa  45.4  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0652623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4725  major facilitator superfamily MFS_1  28.95 
 
 		 430 aa  44.7  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.456281  normal  0.916146 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1883  major facilitator superfamily MFS_1  22.83 
 
 		 421 aa  45.1  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0079  major facilitator transporter  24.19 
 
 		 428 aa  44.7  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.129235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3406  major facilitator transporter  25.66 
 
 		 408 aa  45.1  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.913918  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4300  major facilitator superfamily MFS_1  23.4 
 
 		 413 aa  44.7  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2823  major facilitator transporter  20.36 
 
 		 408 aa  44.7  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.087939  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3058  major facilitator transporter  24.24 
 
 		 442 aa  44.3  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3239  major facilitator transporter  23.5 
 
 		 441 aa  44.7  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.935103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0222  glycerol-3-phosphate transporter  22.71 
 
 		 445 aa  44.3  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0222  glycerol-3-phosphate transporter  22.71 
 
 		 445 aa  44.3  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.493626  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3053  major facilitator transporter  22.85 
 
 		 414 aa  43.9  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0592542 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3106  major facilitator transporter  19.34 
 
 		 428 aa  43.9  0.006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3527  major facilitator transporter  26.62 
 
 		 428 aa  43.5  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0646  putative regulatory protein UhpC  25.87 
 
 		 459 aa  43.5  0.007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3875  major facilitator transporter  24.8 
 
 		 436 aa  43.5  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5810  major facilitator transporter  24.8 
 
 		 436 aa  43.5  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.491735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4494  major facilitator transporter  24.8 
 
 		 436 aa  43.5  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4224  putative permease  26.42 
 
 		 420 aa  43.5  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4044  putative permease  26.42 
 
 		 420 aa  43.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4117  putative permease  26.42 
 
 		 420 aa  43.5  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.477286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03865  hexuranate transporter  24.72 
 
 		 433 aa  43.1  0.009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5529  major facilitator superfamily MFS_1  21.87 
 
 		 441 aa  43.1  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0196316  hitchhiker  0.00000603603 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4428  major facilitator transporter  32.26 
 
 		 428 aa  43.1  0.01  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00672186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1109  major facilitator superfamily transporter  33.82 
 
 		 411 aa  43.1  0.01  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>