More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4389 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4389  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  624  1e-178  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0366  LysR family transcriptional regulator  67.23 
 
 		 298 aa  423  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0623  transcriptional regulator, LysR family  67.24 
 
 		 300 aa  405  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0767  transcriptional regulator, LysR family  67.24 
 
 		 300 aa  405  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4575  LysR family transcriptional regulator  64.43 
 
 		 322 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.80821 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3825  hypothetical protein  65.99 
 
 		 311 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0738  LysR family transcriptional regulator  62.33 
 
 		 296 aa  363  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2027  LysR family transcriptional regulator  61.72 
 
 		 296 aa  359  4e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.446931  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3707  LysR family transcriptional regulator  53.97 
 
 		 324 aa  339  4e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  53.82 
 
 		 312 aa  335  5e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0798  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 302 aa  290  3e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.445476 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 305 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3238  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 305 aa  279  5e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.722588 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 300 aa  277  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4358  LysR family transcriptional regulator  46.93 
 
 		 324 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1897  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 301 aa  270  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0452  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 304 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6722  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 310 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1585  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 310 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6246  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 310 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.332518  normal  0.708037 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  44.37 
 
 		 296 aa  264  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6771  transcriptional regulator, LysR family  44.98 
 
 		 301 aa  263  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3395  transcriptional regulator, LysR family  45.73 
 
 		 294 aa  260  2e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0403  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 298 aa  260  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.539127 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0527  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 297 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0443839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1735  transcriptional regulator, LysR family  48.3 
 
 		 298 aa  260  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0563444  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1179  LysR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 303 aa  258  7e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2205  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 300 aa  256  4e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.316824  normal  0.0546535 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1902  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 308 aa  255  7e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.452158  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0977  LysR family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1684  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 314 aa  251  1e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.444632  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00904  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.1 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.715492  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2743  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00911  hypothetical protein  41.1 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1006  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2696  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.731627 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2943  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 297 aa  249  6e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.703981  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4539  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.415171 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1142  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 297 aa  247  2e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.406449 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3851  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 		 297 aa  246  3e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3279  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 301 aa  246  4e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215676  normal  0.160161 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4274  transcriptional regulator, LysR family  44.11 
 
 		 297 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4617  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0793  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 300 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672309  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49790  transcriptional regulator  41.95 
 
 		 303 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6154  transcriptional regulator, LysR family  43.54 
 
 		 297 aa  242  5e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3490  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 296 aa  241  7.999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2010  transcriptional regulator, LysR family  43.39 
 
 		 295 aa  241  1e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3337  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8334  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 297 aa  239  4e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.671747  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1771  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 297 aa  238  6.999999999999999e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4895  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 297 aa  235  6e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4241  transcriptional regulator  40.6 
 
 		 303 aa  235  9e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.607161  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2289  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.650155 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2916  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1134  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 297 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.329644 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2471  transcriptional regulator, LysR family  41.3 
 
 		 299 aa  233  5e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0205  transcription regulator protein  43.36 
 
 		 300 aa  232  6e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.711353 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5477  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 301 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5385  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 301 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.253203 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4885  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 301 aa  231  9e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0839  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 297 aa  231  9e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0678785 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0631  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3905  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.443804  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2811  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0947284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8328  transcriptional regulator, LysR family  43.91 
 
 		 310 aa  230  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3237  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 297 aa  231  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1505  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 		 297 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.374056  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35510  Regulatory protein, LysR family  41.5 
 
 		 301 aa  230  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5712  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 300 aa  230  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.908297 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3612  transcriptional regulator, LysR family  40.91 
 
 		 296 aa  230  3e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38010  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 297 aa  229  6e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42060  putative transcriptional regulator  43.2 
 
 		 304 aa  229  6e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1261  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3801  carbonate dehydratase  41.69 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2864  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.310483  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1715  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32470  Transcriptional regulator LysR family protein  42.52 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2096  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 306 aa  226  3e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.785478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0574  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 301 aa  226  4e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0328  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.312105 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1977  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 300 aa  225  6e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1360  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 297 aa  225  7e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32480  Transcriptional regulator LysR family protein  42.52 
 
 		 300 aa  225  8e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4577  transcriptional regulator, LysR family  41.25 
 
 		 303 aa  225  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205343  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1578  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 297 aa  225  9e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.801813  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2269  transcriptional regulator, LysR family  43.54 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0134543  normal  0.0909458 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2350  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03073  transcription regulator protein  42.18 
 
 		 297 aa  223  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6533  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.19351 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3774  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2286  LysR family transcriptional regulator  44.98 
 
 		 297 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.493091 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3142  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 308 aa  224  2e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4851  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2684  transcriptional regulator, LysR family  40.85 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.102954  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3994  transcriptional regulator LysR family  43.3 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4699  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 302 aa  223  4e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.716933  normal  0.119558 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25870  LysR family transcriptional regulator protein  38.98 
 
 		 300 aa  222  4.9999999999999996e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4718  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 291 aa  222  6e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1277  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 312 aa  222  6e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>