More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4257 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
262 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.21 
 
 
262 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.61 
 
 
262 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.38 
 
 
261 aa  391  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.38 
 
 
262 aa  384  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.38 
 
 
262 aa  379  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  74.51 
 
 
266 aa  377  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.26 
 
 
260 aa  360  2e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.42 
 
 
262 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.45 
 
 
271 aa  299  4e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.24 
 
 
265 aa  297  1e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.92 
 
 
275 aa  291  7e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.62 
 
 
267 aa  275  7e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.239754  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.2 
 
 
253 aa  268  5.9999999999999995e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  56.13 
 
 
250 aa  266  2e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.76 
 
 
262 aa  207  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1734  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.58 
 
 
275 aa  203  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2807  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.62 
 
 
253 aa  199  5e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.422647 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
247 aa  188  9e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790972  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
261 aa  183  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7112  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
248 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.912642 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
256 aa  177  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000512545 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
255 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0017919 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
259 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
255 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
267 aa  171  9e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
250 aa  171  9e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.46093  decreased coverage  0.00000100027 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3640  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
251 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.137586 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.64 
 
 
249 aa  170  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
247 aa  169  6e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
249 aa  167  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.912822  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
243 aa  166  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0160173  normal  0.32816 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
265 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.76513  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
270 aa  164  9e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.54 
 
 
243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.218659  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2799  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.33 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.786413  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
252 aa  163  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
259 aa  163  3e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
251 aa  162  6e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.35 
 
 
248 aa  162  6e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.17 
 
 
245 aa  161  9e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
270 aa  161  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
250 aa  161  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1953  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.09 
 
 
269 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.660502  hitchhiker  0.0000443121 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 
255 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39 
 
 
246 aa  160  2e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
240 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0400117  normal  0.51074 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.56 
 
 
247 aa  159  3e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1561  short chain dehydrogenase  43.78 
 
 
516 aa  159  4e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.636243  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
255 aa  159  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
249 aa  159  5e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.96 
 
 
240 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.96 
 
 
240 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.66 
 
 
264 aa  159  6e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.98 
 
 
249 aa  159  6e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1804  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.66 
 
 
264 aa  159  6e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.390803 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1738  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.66 
 
 
264 aa  159  6e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39 
 
 
246 aa  158  7e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
250 aa  158  8e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
258 aa  158  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.59 
 
 
247 aa  158  8e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6964  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  47.7 
 
 
259 aa  157  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.175664  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2737  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.82 
 
 
249 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.277769  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0197  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.17 
 
 
245 aa  157  2e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
257 aa  157  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.75 
 
 
245 aa  156  3e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.75 
 
 
250 aa  156  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3969  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
253 aa  156  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.75 
 
 
250 aa  156  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
256 aa  156  3e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 
246 aa  156  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1744  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.08 
 
 
245 aa  156  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000109109  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
268 aa  156  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.552464 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
254 aa  155  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
252 aa  156  4e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.950748  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  43.27 
 
 
261 aa  156  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3743  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
254 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
250 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
253 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5135  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.6 
 
 
251 aa  155  5.0000000000000005e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.971494  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1085  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.47 
 
 
248 aa  155  6e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.021981  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3724  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 
247 aa  155  6e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.17 
 
 
246 aa  155  6e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2748  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  42.86 
 
 
250 aa  155  8e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
250 aa  155  8e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 
247 aa  155  8e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 
247 aa  155  8e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.513657  normal  0.265032 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 
248 aa  155  9e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0207781  normal  0.0184598 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1857  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
245 aa  155  9e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.678216  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
262 aa  154  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.583089  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6972  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
251 aa  154  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.04 
 
 
248 aa  154  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
264 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
257 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1854  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
257 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00947087  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
254 aa  153  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.743418 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
261 aa  153  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.197864  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>