62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3695 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3695  cupin region  100 
 
 		 127 aa  253  6e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1767  cupin 2, barrel  87.4 
 
 		 127 aa  231  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0773162  normal  0.597439 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1779  Cupin 2 conserved barrel domain protein  90.57 
 
 		 131 aa  202  9e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1605  cupin 2, barrel  75.4 
 
 		 127 aa  193  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.843392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5386  hypothetical protein  61.9 
 
 		 127 aa  147  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272839  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4460  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.34 
 
 		 140 aa  90.9  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0766179  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3737  cupin 2 domain-containing protein  42.37 
 
 		 135 aa  88.6  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.107824  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4530  cupin 2 domain-containing protein  39.42 
 
 		 140 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.812738  normal  0.896938 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4123  hypothetical protein  43.75 
 
 		 129 aa  80.9  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.685288  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2205  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.5 
 
 		 141 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2440  hypothetical protein  41.6 
 
 		 129 aa  78.6  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0542121  normal  0.878166 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5381  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.94 
 
 		 132 aa  76.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4006  cupin 2 domain-containing protein  41.51 
 
 		 137 aa  76.3  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.244405  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3906  cupin 2 domain-containing protein  37.59 
 
 		 133 aa  73.6  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000227782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0116  cupin 2 domain-containing protein  35.65 
 
 		 136 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2444  hypothetical protein  38.18 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.406383  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4890  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.58 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.625882 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2329  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.09 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0016638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5056  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.36 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370159 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1491  cupin:protein of unknown function DUF861  35.11 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2654  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.25 
 
 		 128 aa  57.8  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3293  cupin 2 domain-containing protein  32.86 
 
 		 141 aa  52.4  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.661006 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1426  hypothetical protein  31.78 
 
 		 130 aa  52  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.416507  normal  0.349881 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4505  cupin 2 domain-containing protein  34.41 
 
 		 145 aa  47.4  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0540  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32 
 
 		 113 aa  47  0.00008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2066  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  55.81 
 
 		 185 aa  46.6  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  55.81 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  55.81 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  55.81 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  55.81 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  55.81 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  55.81 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  55.81 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  55.81 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  53.49 
 
 		 185 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4715  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.37 
 
 		 127 aa  45.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1710  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.44 
 
 		 121 aa  45.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0735  cupin 2 domain-containing protein  31.4 
 
 		 178 aa  44.7  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2041  cupin 2 domain-containing protein  44.83 
 
 		 110 aa  44.7  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.267736 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1503  cupin 2 domain-containing protein  27.56 
 
 		 133 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3788  cupin 2 domain-containing protein  36.76 
 
 		 133 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.140912  normal  0.456948 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4521  hypothetical protein  40.68 
 
 		 129 aa  43.5  0.0009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1913  hypothetical protein  34.67 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.425283  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2932  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.33 
 
 		 121 aa  43.5  0.001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4316  cupin 2  29.27 
 
 		 146 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0973  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.93 
 
 		 118 aa  43.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5346  cupin 2 domain-containing protein  31.71 
 
 		 171 aa  43.5  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0870556 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0731  cupin 2 domain-containing protein  36.07 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00910188  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2037  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.5 
 
 		 112 aa  42.4  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0486792  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3716  cupin 2, barrel  33.8 
 
 		 129 aa  41.6  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000701811  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0303  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.79 
 
 		 121 aa  42  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5435  hypothetical protein  29.58 
 
 		 145 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.534413  normal  0.706923 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2121  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40.3 
 
 		 121 aa  41.2  0.005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.625862  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 234 aa  41.2  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2102  cupin 2 domain-containing protein  31.03 
 
 		 134 aa  40.8  0.006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3217  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  51.22 
 
 		 185 aa  40.8  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931444 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 211 aa  40.4  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4456  hypothetical protein  40.68 
 
 		 129 aa  40.4  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0285903  normal  0.0443513 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 211 aa  40.4  0.008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  35.82 
 
 		 202 aa  40.4  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2409  cupin family protein  36.76 
 
 		 114 aa  40.4  0.009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116838  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2420  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.75 
 
 		 284 aa  40.4  0.009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00497597 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>