More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2012 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2012  ribosomal L11 methyltransferase  100 
 
 		 296 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4031  ribosomal L11 methyltransferase  87.16 
 
 		 296 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0295987  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3377  ribosomal L11 methyltransferase  90 
 
 		 295 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288967  decreased coverage  0.00145631 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2746  ribosomal L11 methyltransferase  70.28 
 
 		 298 aa  383  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3290  ribosomal L11 methyltransferase  67.01 
 
 		 296 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.448463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2367  ribosomal L11 methyltransferase  67.13 
 
 		 321 aa  368  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.234607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6159  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  67.13 
 
 		 298 aa  367  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0834072  normal  0.0516426 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2089  ribosomal L11 methyltransferase  52.3 
 
 		 306 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4479  ribosomal L11 methyltransferase  49.66 
 
 		 305 aa  248  9e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4944  ribosomal L11 methyltransferase  49.66 
 
 		 305 aa  247  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.478731 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4993  ribosomal L11 methyltransferase  49.66 
 
 		 305 aa  247  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135783  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2334  ribosomal L11 methyltransferase  52.56 
 
 		 306 aa  247  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.783538 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0776  ribosomal L11 methyltransferase  48.25 
 
 		 300 aa  241  9e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.374062  normal  0.266147 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2857  ribosomal protein L11 methyltransferase  47.7 
 
 		 290 aa  237  2e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2054  ribosomal protein L11 methyltransferase  45.8 
 
 		 297 aa  225  7e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.118265 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2573  ribosomal protein L11 methyltransferase  45.55 
 
 		 292 aa  225  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.316492  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2834  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.91 
 
 		 292 aa  222  6e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180106  normal  0.0556009 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0744  ribosomal L11 methyltransferase  49.82 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1417  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.82 
 
 		 285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1759  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.88 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.608796  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1424  ribosomal L11 methyltransferase  47.1 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2435  ribosomal L11 methyltransferase  48.59 
 
 		 310 aa  210  3e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.299408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1746  ribosomal L11 methyltransferase  50.54 
 
 		 309 aa  206  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.365551  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0961  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  46.3 
 
 		 290 aa  203  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1993  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.36 
 
 		 290 aa  202  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.78676  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2376  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  43.69 
 
 		 289 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.06603  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0935  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.24 
 
 		 291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199402  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1594  ribosomal L11 methyltransferase  48.13 
 
 		 288 aa  191  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.77497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0622  ribosomal L11 methyltransferase  44.65 
 
 		 289 aa  189  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2866  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  39.78 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1227  ribosomal L11 methyltransferase  45.04 
 
 		 291 aa  183  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.764225 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2210  ribosomal L11 methyltransferase  44.66 
 
 		 291 aa  182  7e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.928859  normal  0.97027 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0558  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  44.66 
 
 		 291 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0217  ribosomal L11 methyltransferase  46.36 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1100  ribosomal L11 methyltransferase  41.03 
 
 		 289 aa  176  5e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.441785 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0554  ribosomal L11 methyltransferase  43.97 
 
 		 323 aa  169  7e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.125025  normal  0.11263 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0212  ribosomal L11 methyltransferase  40.91 
 
 		 301 aa  159  5e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.257276  normal  0.0793007 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1315  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  41.89 
 
 		 325 aa  158  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2060  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  41.45 
 
 		 286 aa  154  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.162761 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3686  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.55 
 
 		 300 aa  126  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1004  ribosomal L11 methyltransferase  36.68 
 
 		 282 aa  126  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3386  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  39.82 
 
 		 299 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0387461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0180  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.73 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0841101 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0442  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.69 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2631  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.62 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0208  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.31 
 
 		 506 aa  122  6e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00971698  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0505  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.61 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0572  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.68 
 
 		 300 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573675 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0120  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.68 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0529  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.94 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.579214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0603  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.68 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.62 
 
 		 287 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0167166  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0246  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  45.5 
 
 		 287 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0486812  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0256  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.62 
 
 		 287 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2781  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.16 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2286  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  36.48 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0530  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.89 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.982055  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2788  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.63 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12780  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.94 
 
 		 289 aa  117  3e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.0000157571  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0228  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.21 
 
 		 328 aa  117  3e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00278387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0920  ribosomal L11 methyltransferase  39.32 
 
 		 283 aa  116  5e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.276703 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2867  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.76 
 
 		 297 aa  115  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712304  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3066  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.42 
 
 		 304 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3428  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.28 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.244966  normal  0.0610073 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.08 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.210387 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1549  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.94 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1742  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  37.18 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2623  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.33 
 
 		 298 aa  113  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.906319 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1432  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  37.29 
 
 		 283 aa  112  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.362511  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3033  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.24 
 
 		 298 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2871  ribosomal L11 methyltransferase  39.47 
 
 		 284 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3937  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.21 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0015501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2959  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.62 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000148567  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0447  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.65 
 
 		 299 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1348  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.48 
 
 		 275 aa  108  9.000000000000001e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1762  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.45 
 
 		 275 aa  108  1e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3505  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.29 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1283  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.29 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0540  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.35 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3467  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.29 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2503  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.29 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3502  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.29 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1161  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.29 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.879401  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3281  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.29 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0367  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.44 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3447  ribosomal protein L11 methyltransferase  40 
 
 		 300 aa  108  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.801921  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0424  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.29 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00173  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.18 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3897  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.78 
 
 		 290 aa  107  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.147825 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0566  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.48 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0178303  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4290  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.39 
 
 		 315 aa  106  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135815  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2837  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.54 
 
 		 294 aa  106  5e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.104112  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1260  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.14 
 
 		 281 aa  105  7e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.269015  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1047  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.55 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0954  ribosomal protein L11 methyltransferase  28.45 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1796  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.43 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.508174  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3155  ribosomal L11 methyltransferase  36.02 
 
 		 286 aa  104  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11124 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0604  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.67 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2687  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.18 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000011349  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1994  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.82 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.467353  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>