More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0398 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
231 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  89.61 
 
 
231 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  84.42 
 
 
232 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  82.68 
 
 
232 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.09 
 
 
231 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  79.74 
 
 
239 aa  377  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.18 
 
 
239 aa  376  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  64.22 
 
 
240 aa  281  7.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.59 
 
 
236 aa  280  2e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  57.39 
 
 
230 aa  271  6e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.26 
 
 
228 aa  271  8.000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.22 
 
 
237 aa  265  5e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.74 
 
 
235 aa  260  1e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.7 
 
 
236 aa  257  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.32 
 
 
239 aa  257  1e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  57.33 
 
 
229 aa  255  4e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.33 
 
 
229 aa  255  5e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.36 
 
 
238 aa  252  3e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  56.36 
 
 
234 aa  251  8.000000000000001e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  56.36 
 
 
234 aa  251  8.000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.43 
 
 
241 aa  251  8.000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.2 
 
 
238 aa  249  3e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.17 
 
 
231 aa  248  4e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.01 
 
 
236 aa  248  6e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  66.67 
 
 
230 aa  247  9e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  55.6 
 
 
231 aa  247  1e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  50.63 
 
 
245 aa  240  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.07 
 
 
230 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  51.48 
 
 
240 aa  238  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  52.97 
 
 
242 aa  236  3e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.34 
 
 
240 aa  236  3e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.79 
 
 
238 aa  233  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.96 
 
 
243 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.19 
 
 
231 aa  232  5e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  50.63 
 
 
236 aa  229  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  51.71 
 
 
242 aa  224  8e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.44 
 
 
230 aa  224  1e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.57 
 
 
236 aa  221  9e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.59 
 
 
234 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  49.79 
 
 
246 aa  214  5.9999999999999996e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.09 
 
 
231 aa  214  9.999999999999999e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.87 
 
 
243 aa  213  1.9999999999999998e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.21 
 
 
225 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.32 
 
 
239 aa  208  5e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.52 
 
 
238 aa  208  6e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  47.83 
 
 
238 aa  207  8e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  45.18 
 
 
239 aa  207  9e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.08 
 
 
253 aa  207  1e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.66 
 
 
237 aa  206  2e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1027  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.87 
 
 
236 aa  206  3e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.134047  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.05 
 
 
239 aa  205  5e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.26 
 
 
231 aa  204  7e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  42.92 
 
 
233 aa  203  1e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  42.92 
 
 
233 aa  204  1e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.19 
 
 
235 aa  203  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.03 
 
 
237 aa  202  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.15 
 
 
243 aa  202  4e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  51.28 
 
 
245 aa  200  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.57 
 
 
238 aa  200  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.93 
 
 
267 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.4 
 
 
234 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0294  DNA polymerase III subunit epsilon  47.26 
 
 
246 aa  199  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0831172  normal  0.605393 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0839  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.15 
 
 
236 aa  199  1.9999999999999998e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  49.31 
 
 
253 aa  199  3e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  49.31 
 
 
240 aa  199  3e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  49.31 
 
 
253 aa  199  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  49.31 
 
 
240 aa  199  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.06 
 
 
232 aa  199  3e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  49.31 
 
 
253 aa  199  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  45.76 
 
 
246 aa  199  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  48.39 
 
 
244 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  49.31 
 
 
253 aa  199  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  45.76 
 
 
243 aa  199  3e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  55.37 
 
 
244 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0211  DNA polymerase III subunit epsilon  45.76 
 
 
243 aa  199  3e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  49.31 
 
 
253 aa  199  3e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  45.76 
 
 
243 aa  199  3e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0221  DNA polymerase III subunit epsilon  45.76 
 
 
243 aa  199  3e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3450  DNA polymerase III subunit epsilon  45.76 
 
 
246 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.258177  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.34 
 
 
246 aa  198  5e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0289  DNA polymerase III subunit epsilon  46.19 
 
 
246 aa  198  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0228111  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  46.19 
 
 
246 aa  198  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  48.47 
 
 
244 aa  198  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  46.19 
 
 
246 aa  198  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  46.19 
 
 
246 aa  198  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00208  DNA polymerase III subunit epsilon  45.76 
 
 
243 aa  198  6e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00213  hypothetical protein  45.76 
 
 
243 aa  198  6e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0400  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.61 
 
 
248 aa  198  7e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0564  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.61 
 
 
248 aa  198  7e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  53.16 
 
 
249 aa  197  9e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.5 
 
 
237 aa  197  1.0000000000000001e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  54.8 
 
 
244 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  43.9 
 
 
252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  54.8 
 
 
244 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  54.8 
 
 
244 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  54.8 
 
 
244 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.11 
 
 
243 aa  196  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0473  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.8 
 
 
240 aa  196  3e-49  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.191106  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  45.34 
 
 
254 aa  195  4.0000000000000005e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  45.34 
 
 
254 aa  195  4.0000000000000005e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>