More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_5064 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_5064  hypothetical protein  100 
 
 		 162 aa  325  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5157  hypothetical protein  96.91 
 
 		 162 aa  315  1e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.809512 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5210  hypothetical protein  90.18 
 
 		 163 aa  295  1e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0308  periplasmic binding protein from ABC-type transporter  80.86 
 
 		 162 aa  269  1e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0940761 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5389  extracellular solute-binding protein  45.03 
 
 		 192 aa  134  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0190359 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  42.98 
 
 		 256 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  48.84 
 
 		 290 aa  88.2  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  48.84 
 
 		 256 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  37.78 
 
 		 266 aa  74.3  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0296  extracellular solute-binding protein  32.58 
 
 		 263 aa  71.2  0.000000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1925  solute-binding family 1 protein  30.99 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1924  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  32.31 
 
 		 259 aa  63.2  0.000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.09 
 
 		 257 aa  62.4  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.09 
 
 		 257 aa  62.4  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  34.09 
 
 		 257 aa  60.8  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 		 266 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4132  putative ABC transporter binding protein subunit  33.33 
 
 		 273 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  28.23 
 
 		 266 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47920  putative binding protein component of ABC transporter  32.32 
 
 		 273 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0688655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  30.77 
 
 		 257 aa  59.7  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.33 
 
 		 264 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  26.72 
 
 		 255 aa  58.2  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0212  amino acid ABC transporter, substrate-binding  32.53 
 
 		 260 aa  58.2  0.00000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4123  cyclohexadienyl dehydratase  32.65 
 
 		 263 aa  57.8  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0829887  normal  0.672072 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0790  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.57 
 
 		 483 aa  57.8  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.124129  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.72 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.72 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.72 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.72 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.72 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1295  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.914061  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.72 
 
 		 264 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  33.33 
 
 		 265 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3868  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 		 268 aa  56.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.72 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  33.33 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1060  extracellular solute-binding protein  33.73 
 
 		 252 aa  56.2  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.703174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3698  extracellular solute-binding protein family 3  28.46 
 
 		 256 aa  55.5  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 266 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3855  extracellular solute-binding protein family 3  28.8 
 
 		 256 aa  55.1  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.868062  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  30.11 
 
 		 270 aa  55.1  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3383  extracellular solute-binding protein family 3  35.56 
 
 		 320 aa  54.7  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0404441  normal  0.853804 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.74 
 
 		 266 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 264 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.6 
 
 		 260 aa  54.3  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.09 
 
 		 276 aa  54.3  0.0000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0235  extracellular solute-binding protein family 3  25.86 
 
 		 255 aa  53.9  0.0000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2512  putative cyclohexadienyl dehydratase precursor signal peptide protein  31.58 
 
 		 267 aa  53.9  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.204589  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  34.33 
 
 		 260 aa  53.5  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.03 
 
 		 264 aa  53.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.97 
 
 		 272 aa  53.9  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.1 
 
 		 264 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  31.87 
 
 		 262 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  37.1 
 
 		 264 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  26.96 
 
 		 266 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  26.96 
 
 		 266 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  28.87 
 
 		 264 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1758  hook assembly protein, flagella  30.39 
 
 		 250 aa  53.1  0.000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000345404  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 		 250 aa  53.1  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  26.96 
 
 		 266 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1239  extracellular solute-binding protein  34.25 
 
 		 736 aa  52.4  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1539  amino acid ABC transporter periplasmic protein  34.74 
 
 		 284 aa  53.1  0.000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.363793  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1926  solute-binding family 1 protein  30.95 
 
 		 250 aa  52.8  0.000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  28.7 
 
 		 266 aa  52  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  32.61 
 
 		 265 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  26.09 
 
 		 266 aa  52.4  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7701  extracellular solute-binding protein family 3  29.13 
 
 		 323 aa  52.4  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.253351  normal  0.675112 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0217  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 		 255 aa  52.4  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0236  extracellular solute-binding protein  32.95 
 
 		 266 aa  52  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  28.57 
 
 		 285 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2779  Arogenate dehydratase  30.77 
 
 		 270 aa  51.6  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  25.66 
 
 		 266 aa  51.6  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  28.57 
 
 		 285 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  26.96 
 
 		 266 aa  51.6  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  25.66 
 
 		 266 aa  51.6  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  27.83 
 
 		 266 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 270 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  27.83 
 
 		 266 aa  51.6  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  25.66 
 
 		 266 aa  51.6  0.000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2375  Arogenate dehydratase  30.77 
 
 		 271 aa  51.6  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.380609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3024  arogenate dehydratase  35.71 
 
 		 260 aa  51.2  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2802  extracellular solute-binding protein  31.96 
 
 		 273 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.602775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 		 247 aa  51.6  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  36.51 
 
 		 253 aa  51.6  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  29.35 
 
 		 258 aa  51.2  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4864  extracellular solute-binding protein  31.11 
 
 		 268 aa  51.6  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.950459 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  30.56 
 
 		 315 aa  51.2  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  31.52 
 
 		 268 aa  51.2  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7224  ABC transporter substrate binding protein (nopaline)  30.39 
 
 		 257 aa  51.2  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  30.56 
 
 		 266 aa  51.2  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.09 
 
 		 272 aa  51.2  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.17 
 
 		 267 aa  51.2  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 		 261 aa  51.2  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  27.1 
 
 		 266 aa  51.2  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3950  extracellular solute-binding protein  31.17 
 
 		 258 aa  51.2  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.358906 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>