More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2720 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  594  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  96.62 
 
 		 296 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  71.82 
 
 		 296 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  68.6 
 
 		 309 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  68.26 
 
 		 307 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  67.92 
 
 		 309 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  64.19 
 
 		 307 aa  390  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  64.31 
 
 		 319 aa  379  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  63.41 
 
 		 311 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  63.3 
 
 		 321 aa  357  1.9999999999999998e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 304 aa  315  6e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  51.84 
 
 		 299 aa  305  7e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  52.56 
 
 		 306 aa  301  7.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  52.22 
 
 		 306 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.7 
 
 		 307 aa  295  6e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  55.89 
 
 		 309 aa  294  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  54.05 
 
 		 307 aa  291  8e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  48.36 
 
 		 310 aa  267  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 323 aa  262  4e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 319 aa  255  7e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 299 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 302 aa  253  3e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  41.89 
 
 		 309 aa  251  8.000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 301 aa  250  2e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 309 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 305 aa  249  6e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 308 aa  248  9e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 308 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 310 aa  246  3e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 354 aa  246  3e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 308 aa  246  3e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 304 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  44.93 
 
 		 308 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  46.98 
 
 		 304 aa  245  6.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 300 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  47.32 
 
 		 304 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  40.54 
 
 		 307 aa  243  3.9999999999999997e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  41.72 
 
 		 307 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 323 aa  240  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 302 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 313 aa  238  1e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  44.63 
 
 		 331 aa  237  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  44.63 
 
 		 331 aa  237  2e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  39.73 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 307 aa  234  9e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  40.14 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 320 aa  218  7e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 309 aa  202  6e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  37.24 
 
 		 311 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 304 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 303 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 327 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 327 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 341 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 310 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 325 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 325 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.93 
 
 		 304 aa  177  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.72 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 555 aa  172  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 310 aa  172  5.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 333 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2836  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 305 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 302 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 302 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 302 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4623  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.570776 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 362 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>