245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2448 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1976  hypothetical protein  61.79 
 
 		 640 aa  736    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2457  cytochrome d1 heme region  88.91 
 
 		 660 aa  1211    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.274267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2282  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  95.59 
 
 		 658 aa  1291    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.512242 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2448  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  100 
 
 		 658 aa  1344    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3892  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  44.26 
 
 		 660 aa  534  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1253  hypothetical protein  36.85 
 
 		 679 aa  386  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.337339  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2626  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.54 
 
 		 659 aa  256  1.0000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.84 
 
 		 689 aa  107  7e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  29.1 
 
 		 776 aa  104  5e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  26.15 
 
 		 580 aa  104  7e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  29.18 
 
 		 1667 aa  98.6  3e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.1 
 
 		 347 aa  97.1  9e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  26.97 
 
 		 391 aa  94  8e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.51 
 
 		 354 aa  92.8  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.04 
 
 		 348 aa  92.4  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.6 
 
 		 348 aa  89.7  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.61 
 
 		 353 aa  89.7  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.3 
 
 		 328 aa  87.4  7e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  26.67 
 
 		 329 aa  86.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.08 
 
 		 383 aa  86.7  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.83 
 
 		 362 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.95 
 
 		 354 aa  87  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.62 
 
 		 324 aa  86.3  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.19 
 
 		 415 aa  85.9  0.000000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1335  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.74 
 
 		 324 aa  86.3  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  0.360031 
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5389  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.1 
 
 		 365 aa  85.5  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.187033  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.06 
 
 		 354 aa  85.1  0.000000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5454  alpha-1,2-mannosidase  29.6 
 
 		 1189 aa  84.7  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8868  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.31 
 
 		 457 aa  84.7  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.47 
 
 		 362 aa  84.7  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  31.11 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  26.8 
 
 		 335 aa  84.3  0.000000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.24 
 
 		 517 aa  83.2  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  28.89 
 
 		 387 aa  82.4  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.6 
 
 		 366 aa  82.8  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.36 
 
 		 329 aa  82  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.13 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.38 
 
 		 752 aa  82  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.83 
 
 		 348 aa  81.6  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  26.64 
 
 		 329 aa  80.9  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.64 
 
 		 329 aa  80.9  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5324  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.55 
 
 		 311 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.01 
 
 		 334 aa  79.7  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2950  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.33 
 
 		 821 aa  79  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0877418  normal  0.740521 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.49 
 
 		 320 aa  78.2  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2068  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.45 
 
 		 328 aa  77.8  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  29.7 
 
 		 479 aa  77.4  0.0000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  32.31 
 
 		 377 aa  77  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1838  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.59 
 
 		 366 aa  76.6  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.31 
 
 		 340 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.31 
 
 		 340 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.31 
 
 		 340 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  27.2 
 
 		 1094 aa  75.9  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  27.8 
 
 		 810 aa  75.9  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2173  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.26 
 
 		 366 aa  75.5  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.420218 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3045  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.13 
 
 		 313 aa  74.7  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.34 
 
 		 338 aa  74.7  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3145  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.29 
 
 		 327 aa  74.3  0.000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  24.59 
 
 		 332 aa  73.9  0.000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.91 
 
 		 451 aa  73.9  0.000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1117  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.89 
 
 		 331 aa  73.9  0.000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3038  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.31 
 
 		 332 aa  73.6  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4621  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.88 
 
 		 318 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  29.34 
 
 		 971 aa  71.6  0.00000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.37 
 
 		 334 aa  71.2  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  25.39 
 
 		 819 aa  70.9  0.00000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2848  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.27 
 
 		 329 aa  70.9  0.00000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.221591  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0690  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.55 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0314651  normal  0.511949 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5946  hypothetical protein  24.55 
 
 		 335 aa  70.5  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.413052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5020  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.08 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2064  putative signal peptide protein  27.61 
 
 		 339 aa  70.5  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.05 
 
 		 1170 aa  70.1  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.32 
 
 		 406 aa  70.5  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0482  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.72 
 
 		 326 aa  70.1  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1622  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.82 
 
 		 974 aa  69.7  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0102  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  31.33 
 
 		 154 aa  69.3  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.33 
 
 		 335 aa  68.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.78 
 
 		 327 aa  68.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1813  hypothetical protein  30.56 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0496  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.87 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.511755  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1947  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.81 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  28.16 
 
 		 556 aa  67.4  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1252  putative signal peptide protein  30.91 
 
 		 330 aa  66.6  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  0.989203 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4139  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.97 
 
 		 314 aa  66.6  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1789  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.44 
 
 		 336 aa  66.6  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4507  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  33.33 
 
 		 314 aa  67  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.70615 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.88 
 
 		 312 aa  65.9  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1859  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.53 
 
 		 329 aa  66.2  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.981734  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0031  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.82 
 
 		 328 aa  66.2  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4136  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.74 
 
 		 345 aa  66.2  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0910022  normal  0.508786 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5700  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.09 
 
 		 362 aa  65.9  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.851059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3113  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.48 
 
 		 310 aa  65.9  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2620  hypothetical protein  26.72 
 
 		 339 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0272263  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2259  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.26 
 
 		 326 aa  65.5  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.669403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2106  hypothetical protein  23.71 
 
 		 317 aa  65.5  0.000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1516  hypothetical protein  26.72 
 
 		 339 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.610036  normal  0.125347 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1080  cytochrome d1 heme region  29.45 
 
 		 331 aa  65.9  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.952849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5316  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.01 
 
 		 330 aa  65.5  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131426  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2142  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  32.43 
 
 		 943 aa  65.5  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.624762  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0196  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.32 
 
 		 325 aa  65.5  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.367878 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>