268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1080 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1080  cytochrome d1 heme region  100 
 
 		 331 aa  677    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.952849  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1172  cytochrome d1 heme region  96.97 
 
 		 331 aa  622  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.912749  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1252  putative signal peptide protein  91.52 
 
 		 330 aa  619  1e-176  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  0.989203 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2064  putative signal peptide protein  80.71 
 
 		 339 aa  531  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2068  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  80.71 
 
 		 328 aa  528  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2064  hypothetical protein  64.19 
 
 		 329 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2191  hypothetical protein  64.19 
 
 		 329 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1117  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  65.2 
 
 		 329 aa  411  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.949748 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2172  hypothetical protein  64.86 
 
 		 329 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.928709 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5463  hypothetical protein  64.19 
 
 		 329 aa  408  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5923  hypothetical protein  64.86 
 
 		 329 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2154  hypothetical protein  64.86 
 
 		 329 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.305615  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  60.13 
 
 		 345 aa  401  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1516  hypothetical protein  62.3 
 
 		 339 aa  402  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.610036  normal  0.125347 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1486  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  62.05 
 
 		 337 aa  403  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2620  hypothetical protein  60.76 
 
 		 339 aa  404  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0272263  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0690  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  62.12 
 
 		 299 aa  401  9.999999999999999e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.408931 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1839  hypothetical protein  62.5 
 
 		 330 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.172437  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1749  hypothetical protein  61.49 
 
 		 330 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.472818  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2775  hypothetical protein  61.49 
 
 		 330 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1529  hypothetical protein  61.49 
 
 		 330 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.435429  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2696  hypothetical protein  61.49 
 
 		 330 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0538504  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2258  hypothetical protein  61.49 
 
 		 330 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.61196  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3062  hypothetical protein  61.49 
 
 		 330 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0002291  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2640  hypothetical protein  61.15 
 
 		 330 aa  394  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388578  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1627  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  51.26 
 
 		 335 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0205885  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1437  hypothetical protein  48.66 
 
 		 306 aa  302  6.000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1802  hypothetical protein  49.04 
 
 		 339 aa  301  8.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000263268 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1104  hypothetical protein  47.52 
 
 		 324 aa  298  7e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1184  hypothetical protein  46.89 
 
 		 324 aa  293  2e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.362079 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2785  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  50 
 
 		 341 aa  290  2e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0917922  hitchhiker  0.00370167 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3159  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  45.6 
 
 		 345 aa  286  2.9999999999999996e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2081  hypothetical protein  47.68 
 
 		 313 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.879206 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5007  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  48.29 
 
 		 410 aa  271  9e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2846  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  42.68 
 
 		 333 aa  233  3e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2094  hypothetical protein  38.23 
 
 		 343 aa  214  1.9999999999999998e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.327538  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0188  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.16 
 
 		 384 aa  157  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3149  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.65 
 
 		 336 aa  156  4e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.392869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0826  hypothetical protein  30.23 
 
 		 445 aa  133  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0133679 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.75 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7052  hypothetical protein  32.09 
 
 		 392 aa  125  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0830249 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.14 
 
 		 366 aa  122  8e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1613  hypothetical protein  28.17 
 
 		 426 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.144608  normal  0.524236 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0163  hypothetical protein  27.1 
 
 		 456 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1335  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.8 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  0.360031 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3037  hypothetical protein  27.19 
 
 		 433 aa  114  3e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.701373 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.45 
 
 		 362 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  24.5 
 
 		 1667 aa  109  8.000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7977  hypothetical protein  28.21 
 
 		 497 aa  106  7e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.37687  normal  0.148037 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.21 
 
 		 335 aa  105  8e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.47 
 
 		 362 aa  105  9e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.1 
 
 		 348 aa  103  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  27.27 
 
 		 819 aa  101  1e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3113  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.92 
 
 		 310 aa  101  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.99 
 
 		 329 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.07 
 
 		 329 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  24.83 
 
 		 354 aa  97.4  3e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.09 
 
 		 348 aa  96.7  5e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25 
 
 		 366 aa  96.7  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.61 
 
 		 347 aa  96.7  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.48 
 
 		 689 aa  96.3  6e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  26.75 
 
 		 329 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  27.46 
 
 		 971 aa  95.9  9e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.15 
 
 		 348 aa  95.9  9e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  27.05 
 
 		 580 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.92 
 
 		 312 aa  94.7  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.15 
 
 		 353 aa  94.4  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  23.96 
 
 		 354 aa  94.7  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  25.09 
 
 		 377 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4004  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.66 
 
 		 417 aa  93.6  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  24.34 
 
 		 391 aa  93.2  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  26.73 
 
 		 314 aa  93.2  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3038  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.19 
 
 		 332 aa  92.4  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2611  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.69 
 
 		 328 aa  91.3  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1892  hypothetical protein  25.9 
 
 		 334 aa  90.9  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.181009  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0690  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.59 
 
 		 318 aa  90.9  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0314651  normal  0.511949 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0721  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.75 
 
 		 344 aa  90.5  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5324  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.4 
 
 		 311 aa  89.7  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0700232  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2848  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.9 
 
 		 329 aa  89.7  7e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.221591  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0196  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.08 
 
 		 325 aa  89  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.367878 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5316  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.1 
 
 		 330 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131426  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.41 
 
 		 752 aa  87.4  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2173  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.65 
 
 		 366 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.420218 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.11 
 
 		 354 aa  86.7  6e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.95 
 
 		 328 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25 
 
 		 324 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.79 
 
 		 320 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.05 
 
 		 340 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.05 
 
 		 340 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5700  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.59 
 
 		 362 aa  85.5  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.851059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.19 
 
 		 334 aa  85.5  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.05 
 
 		 340 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2665  hypothetical protein  25.17 
 
 		 325 aa  85.5  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.320211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1838  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.31 
 
 		 366 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.15 
 
 		 1170 aa  84.3  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  25.61 
 
 		 556 aa  84  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1847  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.19 
 
 		 328 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.75 
 
 		 517 aa  84.3  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.29 
 
 		 406 aa  84  0.000000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1947  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.52 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107167  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>