More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2757 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007512  Plut_0407  Elongator protein 3/MiaB/NifB  66.44 
 
 		 466 aa  665    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.201202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0116  Elongator protein 3/MiaB/NifB  80.87 
 
 		 461 aa  794    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1806  Radical SAM domain protein  69.64 
 
 		 468 aa  675    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0267  Radical SAM domain protein  71.93 
 
 		 469 aa  701    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.626864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1975  Radical SAM domain protein  68.83 
 
 		 468 aa  685    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00675749  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2731  Radical SAM domain protein  78.52 
 
 		 465 aa  774    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2757  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 462 aa  958    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0200  radical SAM domain-containing protein  77.31 
 
 		 468 aa  754    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0997671  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  29.23 
 
 		 428 aa  220  3e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1164  Radical SAM domain protein  29.82 
 
 		 481 aa  218  1e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000149983  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  28.99 
 
 		 434 aa  209  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  29.08 
 
 		 439 aa  207  4e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.08 
 
 		 461 aa  206  1e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  28.67 
 
 		 426 aa  206  1e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  28.86 
 
 		 467 aa  202  9.999999999999999e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  30.19 
 
 		 444 aa  197  4.0000000000000005e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.68 
 
 		 471 aa  197  5.000000000000001e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  29.32 
 
 		 433 aa  195  2e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  27.29 
 
 		 469 aa  193  7e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.77 
 
 		 465 aa  192  1e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1537  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.9 
 
 		 462 aa  189  1e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.537529  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  27.75 
 
 		 468 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  27.75 
 
 		 467 aa  182  9.000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  26.65 
 
 		 428 aa  182  9.000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3089  radical SAM domain-containing protein  31.36 
 
 		 444 aa  181  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  27.85 
 
 		 430 aa  177  3e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  27.97 
 
 		 434 aa  177  4e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  27.4 
 
 		 469 aa  176  9e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 		 429 aa  171  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  28.14 
 
 		 428 aa  169  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  28.31 
 
 		 448 aa  166  9e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  28.32 
 
 		 446 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  25.95 
 
 		 477 aa  164  5.0000000000000005e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  27.58 
 
 		 433 aa  162  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  26.11 
 
 		 449 aa  158  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  25.53 
 
 		 441 aa  155  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  28.15 
 
 		 486 aa  153  5e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  26 
 
 		 468 aa  151  3e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  25.58 
 
 		 459 aa  151  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.93 
 
 		 471 aa  147  5e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  26.7 
 
 		 477 aa  145  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  25.78 
 
 		 483 aa  144  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  25.86 
 
 		 445 aa  144  4e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3135  radical SAM family Fe-S protein  26.71 
 
 		 490 aa  138  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.183959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  25.11 
 
 		 462 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5391  Radical SAM domain protein  25.76 
 
 		 471 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  26.44 
 
 		 471 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  26.44 
 
 		 471 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  27.36 
 
 		 480 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.88 
 
 		 441 aa  131  3e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  24.36 
 
 		 475 aa  130  4.0000000000000003e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  25.43 
 
 		 474 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3555  Radical SAM domain protein  27.13 
 
 		 448 aa  130  7.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  27.13 
 
 		 441 aa  129  9.000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  26.89 
 
 		 470 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.06 
 
 		 472 aa  127  6e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.6 
 
 		 478 aa  126  9e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 		 471 aa  126  9e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0513  radical SAM domain-containing protein  25.66 
 
 		 445 aa  126  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000241934  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0919  radical SAM domain-containing protein  24.15 
 
 		 422 aa  126  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3556  Radical SAM domain protein  25.06 
 
 		 450 aa  125  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3535  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 444 aa  124  5e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  22.54 
 
 		 472 aa  123  8e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.84 
 
 		 479 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  27.51 
 
 		 470 aa  121  1.9999999999999998e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  24.59 
 
 		 527 aa  119  9e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1163  Radical SAM domain protein  24.62 
 
 		 444 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1598  Radical SAM domain protein  25.84 
 
 		 477 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  25.87 
 
 		 473 aa  117  3e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1895  radical SAM domain-containing protein  24.34 
 
 		 476 aa  117  3e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  25.74 
 
 		 451 aa  113  8.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.22 
 
 		 478 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  30.56 
 
 		 476 aa  107  4e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05330  Fe-S oxidoreductase  24.06 
 
 		 495 aa  107  4e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3468  radical SAM family protein  24.87 
 
 		 592 aa  106  7e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.453671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2490  radical SAM family protein  24.55 
 
 		 605 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.497518  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.48 
 
 		 479 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.48 
 
 		 479 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  24.56 
 
 		 459 aa  103  6e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1089  radical SAM family Fe-S protein  25.54 
 
 		 591 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.977516  normal  0.0200721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2874  radical SAM family protein  25.12 
 
 		 605 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.108963  normal  0.169432 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2772  Radical SAM domain protein  24.55 
 
 		 598 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  26.57 
 
 		 608 aa  99.4  1e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  26.26 
 
 		 501 aa  97.8  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  24 
 
 		 461 aa  97.8  3e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1899  radical SAM family protein  24.61 
 
 		 591 aa  97.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  21.2 
 
 		 489 aa  95.9  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.11 
 
 		 609 aa  96.3  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  26.64 
 
 		 497 aa  95.9  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.25 
 
 		 535 aa  94.4  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  24.01 
 
 		 472 aa  93.6  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  23.58 
 
 		 472 aa  93.2  8e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  21.65 
 
 		 509 aa  92.4  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  25.74 
 
 		 609 aa  92.4  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  24.72 
 
 		 529 aa  92  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4810  radical SAM family protein  23.16 
 
 		 607 aa  92.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  25.86 
 
 		 603 aa  91.7  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.57 
 
 		 612 aa  91.7  3e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  22.85 
 
 		 512 aa  91.3  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4999  Radical SAM domain protein  22.69 
 
 		 591 aa  91.3  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.694875  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>