More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3271 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
294 aa  571  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.869934  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  90.14 
 
 
294 aa  517  1.0000000000000001e-145  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.547475  hitchhiker  0.001025 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.77 
 
 
298 aa  453  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.51 
 
 
296 aa  446  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.279671  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.54 
 
 
294 aa  411  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0399533 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3372  ABC transporter permease protein  77.12 
 
 
295 aa  411  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.315041 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.76 
 
 
301 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1359  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  70.03 
 
 
301 aa  379  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.818924  normal  0.0399312 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2891  ABC transporter permease  67.01 
 
 
300 aa  377  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.183278  normal  0.0672791 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.24 
 
 
295 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.6 
 
 
298 aa  362  4e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.88 
 
 
297 aa  358  5e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111803  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.18 
 
 
298 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.226499  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.39 
 
 
273 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.36 
 
 
273 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193296  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6275  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  57.49 
 
 
272 aa  300  2e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3335  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  57.64 
 
 
278 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.64 
 
 
278 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.137832  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.94 
 
 
278 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.189736  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7131  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  46.05 
 
 
281 aa  244  9.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1907  ABC transporter permease  46.08 
 
 
296 aa  239  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5876  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  37.28 
 
 
281 aa  172  7.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.413281  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.15 
 
 
283 aa  150  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  30.95 
 
 
266 aa  106  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.2 
 
 
282 aa  105  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  30.65 
 
 
266 aa  102  7e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.82 
 
 
266 aa  100  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.82 
 
 
266 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.82 
 
 
266 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  29.82 
 
 
266 aa  100  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  29.82 
 
 
266 aa  100  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.7 
 
 
273 aa  100  3e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  30.66 
 
 
285 aa  100  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.82 
 
 
266 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  31.42 
 
 
266 aa  100  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  31.73 
 
 
260 aa  99.8  4e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.12 
 
 
266 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.12 
 
 
266 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  28.91 
 
 
293 aa  97.4  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  32.61 
 
 
275 aa  97.8  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  30.86 
 
 
286 aa  97.8  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.83 
 
 
267 aa  96.7  4e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.09 
 
 
263 aa  94.7  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  31.68 
 
 
256 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.77 
 
 
284 aa  93.6  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  31.68 
 
 
256 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.73 
 
 
264 aa  92.8  6e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.82 
 
 
266 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  29.04 
 
 
256 aa  92  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5840  ABC transporter membrane spanning protein (putrescine)  27.41 
 
 
265 aa  91.7  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.02 
 
 
287 aa  91.7  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.68 
 
 
256 aa  91.3  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.62 
 
 
275 aa  89.7  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  31.34 
 
 
264 aa  89.4  7e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3606  Ornithine carbamoyltransferase  31.28 
 
 
288 aa  89.4  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.129461 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.34 
 
 
264 aa  89.4  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.06 
 
 
261 aa  88.6  1e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.260601  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.95 
 
 
275 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.25 
 
 
268 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.344703 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.86 
 
 
269 aa  87.8  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  29.24 
 
 
271 aa  87  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.95 
 
 
275 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  31.41 
 
 
270 aa  86.7  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  34.57 
 
 
258 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.54 
 
 
270 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.77 
 
 
256 aa  86.3  6e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  29.89 
 
 
281 aa  85.9  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  29.89 
 
 
281 aa  85.9  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.68 
 
 
271 aa  85.9  7e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  29.68 
 
 
271 aa  85.5  9e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  29.68 
 
 
271 aa  85.5  9e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  29.68 
 
 
271 aa  85.5  9e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.68 
 
 
271 aa  85.5  9e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.68 
 
 
271 aa  85.5  9e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.95 
 
 
275 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.24 
 
 
286 aa  85.5  9e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.163733  normal  0.0234889 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  29.68 
 
 
271 aa  85.5  9e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.89 
 
 
277 aa  85.1  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.48 
 
 
268 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  27.66 
 
 
273 aa  85.1  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1648  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  29.89 
 
 
281 aa  85.1  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.256197 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.11 
 
 
264 aa  84  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29 
 
 
256 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.97 
 
 
281 aa  84.7  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1063  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.86 
 
 
258 aa  84.7  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000694719  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  29.54 
 
 
281 aa  84  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0283  polyamine ABC-transporter, inner membrane subunit  27.97 
 
 
274 aa  84  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.463421  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.84 
 
 
264 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.1 
 
 
285 aa  83.6  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.372706  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.02 
 
 
269 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.747095  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.25 
 
 
280 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475506  normal  0.0258331 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  25.93 
 
 
287 aa  83.6  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  28.62 
 
 
275 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
597 aa  83.2  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.2 
 
 
262 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2284  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  30.32 
 
 
281 aa  83.2  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.408593  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  31.14 
 
 
271 aa  82.8  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.8 
 
 
276 aa  82.8  0.000000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2048  ABC transporter, permease protein  28.94 
 
 
264 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000240578 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.42 
 
 
271 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>