More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2709 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_2709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
276 aa  556  1e-157  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0194596  normal  0.675227 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.4 
 
 
287 aa  359  2e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.25 
 
 
276 aa  323  2e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20330  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.09 
 
 
281 aa  301  8.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.17 
 
 
275 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.43455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2748  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.63 
 
 
275 aa  285  8e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.710224  normal  0.547763 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2724  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.12 
 
 
275 aa  279  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.58 
 
 
272 aa  277  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.108602 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.19 
 
 
267 aa  229  5e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.257261 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3615  putative dehydrogenase  42.19 
 
 
291 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.427411  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3604  putative dehydrogenase  45.31 
 
 
281 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055827  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
269 aa  188  1e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00148918 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
255 aa  177  1e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
247 aa  174  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.807678  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
246 aa  172  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1857  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
251 aa  172  5e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
256 aa  171  9e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
256 aa  171  9e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2335  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.32 
 
 
253 aa  171  1e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1661  glucose 1-dehydrogenase  36.57 
 
 
268 aa  171  1e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218295  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
271 aa  171  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.40299  normal  0.0331692 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
253 aa  170  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0429944  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
253 aa  170  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0947  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.94 
 
 
269 aa  168  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
254 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
270 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
246 aa  167  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
256 aa  166  5e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  36.29 
 
 
258 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.44 
 
 
248 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
272 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 
263 aa  163  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2067  short chain dehydrogenase  37.65 
 
 
260 aa  164  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0224014 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
251 aa  164  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00853251  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
249 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.52 
 
 
245 aa  163  3e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
254 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  38.62 
 
 
254 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3123  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.69 
 
 
251 aa  162  6e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0932491  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.5 
 
 
246 aa  162  7e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282314 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
255 aa  161  9e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2495  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
254 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
255 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1655  short chain dehydrogenase  36.43 
 
 
261 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0365832  normal  0.0290451 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
262 aa  161  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
285 aa  160  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.772817 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
254 aa  160  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1985  short chain dehydrogenase  36.05 
 
 
261 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  38.31 
 
 
260 aa  160  3e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
251 aa  159  4e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  36.15 
 
 
260 aa  159  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  36.15 
 
 
260 aa  159  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.7 
 
 
245 aa  159  5e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1568  short chain dehydrogenase  36.43 
 
 
301 aa  159  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
251 aa  159  6e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.195862  normal  0.0790399 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
256 aa  159  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  37.4 
 
 
257 aa  158  9e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
253 aa  157  1e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.329406  normal  0.0794369 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
264 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
287 aa  157  2e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.426721  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
266 aa  157  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.461648 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
257 aa  157  2e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
255 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0017919 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.33 
 
 
249 aa  156  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
255 aa  156  3e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
255 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3663  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.07 
 
 
246 aa  156  4e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.3 
 
 
245 aa  156  4e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
255 aa  156  4e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 
260 aa  156  4e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1654  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.07 
 
 
246 aa  156  4e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0676994 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 
247 aa  155  5.0000000000000005e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.07 
 
 
246 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
257 aa  155  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00108701 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3570  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.92 
 
 
246 aa  155  6e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
251 aa  155  6e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.203044  normal  0.111569 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04541  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  38.78 
 
 
250 aa  155  6e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0716484  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.94 
 
 
246 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.52 
 
 
286 aa  155  7e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000174886  normal  0.399546 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_12103  predicted protein  37.4 
 
 
273 aa  155  1e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.932364  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
247 aa  154  1e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  36.29 
 
 
260 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  36.14 
 
 
260 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
252 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3637  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 
254 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
251 aa  154  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
265 aa  154  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4714  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 
254 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0274692  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
269 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
260 aa  154  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.4 
 
 
250 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  36 
 
 
254 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.91 
 
 
276 aa  154  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  0.0000125896 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
249 aa  154  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
255 aa  154  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  38.62 
 
 
261 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>