More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0047 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 356 aa  702    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.108972 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0328  LacI family transcription regulator  76.83 
 
 		 341 aa  482  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  73.11 
 
 		 346 aa  468  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2054  LacI family transcription regulator  69.5 
 
 		 341 aa  462  1e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118362  normal  0.343605 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  69.5 
 
 		 341 aa  462  1e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  67.87 
 
 		 364 aa  448  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  65.1 
 
 		 344 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  67.55 
 
 		 343 aa  424  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3336  LacI transcriptional regulator  58.75 
 
 		 338 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00746988 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  57.49 
 
 		 342 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3563  gluconate utilization system GNT-I transcriptional repressor  58.16 
 
 		 338 aa  378  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059587  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  57.06 
 
 		 354 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  56.76 
 
 		 343 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  58.08 
 
 		 339 aa  365  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2784  LacI family transcription regulator  58.86 
 
 		 339 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4337  LacI family transcription regulator  54.65 
 
 		 343 aa  363  3e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2347  LacI family transcriptional regulator  57.69 
 
 		 339 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247067  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3415  LacI family transcription regulator  57.69 
 
 		 339 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2525  LacI family transcription regulator  57.1 
 
 		 339 aa  348  8e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418226  normal  0.0803967 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.39 
 
 		 364 aa  348  1e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27300  Transcriptional regulator, LacI family  55.99 
 
 		 343 aa  338  8e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  49.4 
 
 		 364 aa  300  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  43.33 
 
 		 356 aa  268  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  41.64 
 
 		 335 aa  241  1e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  43.71 
 
 		 335 aa  241  1e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  41.35 
 
 		 348 aa  238  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  41.21 
 
 		 339 aa  224  2e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  39.82 
 
 		 355 aa  219  7e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  42.11 
 
 		 345 aa  216  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0764  transcriptional regulator, LacI family  39.63 
 
 		 345 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1663  LacI family transcription regulator  41.78 
 
 		 345 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0296  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.78 
 
 		 345 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  34.37 
 
 		 336 aa  212  7.999999999999999e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  37.85 
 
 		 331 aa  210  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  33.72 
 
 		 350 aa  210  3e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1978  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.79 
 
 		 339 aa  210  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0968  LacI family transcription regulator  40 
 
 		 347 aa  210  3e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384319  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0872  transcriptional regulator, LacI family  37.91 
 
 		 341 aa  209  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  36.59 
 
 		 332 aa  208  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  35.6 
 
 		 332 aa  208  1e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2432  alanine racemase  40.52 
 
 		 365 aa  207  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0916  transcriptional regulator, LacI family  36.83 
 
 		 340 aa  205  8e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1136  LacI family transcription regulator  42.9 
 
 		 335 aa  205  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.601341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4651  transcriptional regulator, LacI family  40.91 
 
 		 349 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  34.67 
 
 		 335 aa  204  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.36 
 
 		 355 aa  204  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0347  transcriptional regulator, LacI family  38.92 
 
 		 348 aa  202  6e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3322  transcriptional regulator  38.08 
 
 		 345 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1125  transcriptional repressor LacI family  35.93 
 
 		 343 aa  199  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00370144  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0436  LacI family transcription regulator  39.14 
 
 		 343 aa  199  5e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0321494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4642  LacI family transcription regulator  38.41 
 
 		 331 aa  199  6e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3341  transcriptional regulator, LacI family  38.46 
 
 		 336 aa  199  6e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.680161  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3695  LacI family transcription regulator  37.54 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  38.23 
 
 		 351 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  33.64 
 
 		 335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3944  transcriptional regulator, LacI family  35.49 
 
 		 332 aa  197  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  34.53 
 
 		 340 aa  196  7e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6297  LacI family transcription regulator  37.39 
 
 		 345 aa  196  7e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2770  transcriptional regulator, LacI family  34.05 
 
 		 331 aa  196  7e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33920  LacI family transcriptional regulator protein  40.64 
 
 		 388 aa  195  9e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104484  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  37.1 
 
 		 345 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6695  LacI family transcription regulator  37.1 
 
 		 345 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2627  LacI family transcription regulator  40.3 
 
 		 349 aa  193  4e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.187228 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4585  LacI family transcription regulator  39.53 
 
 		 335 aa  192  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3418  LacI family transcription regulator  37.35 
 
 		 347 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.612979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5038  transcriptional regulator LacI family  35.87 
 
 		 337 aa  191  1e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  33.44 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  33.44 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2477  transcriptional regulator, LacI family  34.86 
 
 		 340 aa  191  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.44 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000770  transcriptional regulator  35.09 
 
 		 342 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4288  LacI family transcription regulator  37.94 
 
 		 334 aa  190  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0105352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4217  LacI family transcription regulator  38.8 
 
 		 335 aa  189  4e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0668  HTH-type transcriptional regulator GntR (gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor)  31.63 
 
 		 337 aa  190  4e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275701  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  31.4 
 
 		 333 aa  189  5e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  36.45 
 
 		 340 aa  189  5e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  36.05 
 
 		 341 aa  189  9e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1131  regulatory protein, LacI  35.89 
 
 		 332 aa  189  9e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6417  transcriptional regulator, LacI family  33.82 
 
 		 358 aa  188  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26584  normal  0.308696 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0311  LacI family transcription regulator  36.81 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4058  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.13 
 
 		 332 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0277  transcriptional regulator, LacI family  36.31 
 
 		 331 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3637  transcriptional regulator GntR  36.31 
 
 		 331 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.4011  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0275  LacI family transcription regulator  36.31 
 
 		 331 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4508  transcriptional regulator, LacI family  34.6 
 
 		 356 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3721  transcriptional regulator GntR  36.31 
 
 		 331 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4754  transcriptional regulator GntR  36.31 
 
 		 331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.939154  normal  0.56413 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4527  LacI family transcription regulator  35.69 
 
 		 343 aa  184  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.705673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4022  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  33.13 
 
 		 331 aa  184  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3976  LacI family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 351 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.637637 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4082  LacI family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 351 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3914  transcriptional regulator, LacI family  35.33 
 
 		 351 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4021  LacI family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 351 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3846  LacI family transcription regulator  35.69 
 
 		 331 aa  183  5.0000000000000004e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.58256 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3743  transcriptional regulator GntR  35.17 
 
 		 353 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3912  transcriptional regulator GntR  35.17 
 
 		 353 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.39666 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3810  transcriptional regulator GntR  35.17 
 
 		 353 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3852  transcriptional regulator GntR  35.17 
 
 		 353 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3887  transcriptional regulator GntR  36 
 
 		 331 aa  182  8.000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0968  LacI family transcription regulator  36.73 
 
 		 357 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.026334  normal  0.828614 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>