More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3523 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 		 70 aa  142  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11700  Cold shock domain family protein  94.29 
 
 		 70 aa  135  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0476912  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.71 
 
 		 70 aa  130  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  87.14 
 
 		 70 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  87.14 
 
 		 70 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  90.91 
 
 		 70 aa  128  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  88.06 
 
 		 165 aa  127  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  85.71 
 
 		 70 aa  127  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  89.55 
 
 		 69 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  85.51 
 
 		 69 aa  126  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17950  Cold-shock DNA-binding domain-containing protein  81.16 
 
 		 69 aa  125  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140008  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  84.29 
 
 		 70 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  81.16 
 
 		 69 aa  121  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  81.16 
 
 		 69 aa  121  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2186  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.58 
 
 		 73 aa  120  8e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.541208  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.58 
 
 		 73 aa  120  8e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  79.71 
 
 		 69 aa  120  9e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  79.71 
 
 		 69 aa  120  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  79.71 
 
 		 69 aa  120  9e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.94 
 
 		 69 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.94 
 
 		 69 aa  118  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.81 
 
 		 69 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  80.6 
 
 		 69 aa  118  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  80.6 
 
 		 69 aa  118  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1099  cold-shock domain-contain protein  75 
 
 		 69 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0660556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1139  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 69 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159877  normal  0.955199 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2376  cold shock domain family protein  78.26 
 
 		 70 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.85246  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00399  major cold shock protein  85.25 
 
 		 61 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  75.36 
 
 		 70 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  79.41 
 
 		 70 aa  108  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.41 
 
 		 70 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  77.94 
 
 		 70 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.94 
 
 		 70 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.94 
 
 		 70 aa  107  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 		 69 aa  103  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  69.57 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1523  cold shock protein  69.57 
 
 		 69 aa  101  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00439829  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 71 aa  100  8e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  68.12 
 
 		 69 aa  98.2  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  66.67 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.77 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  65.15 
 
 		 69 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  65.15 
 
 		 69 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  63.77 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 		 71 aa  95.9  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04812  hypothetical protein  73.77 
 
 		 61 aa  95.5  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 		 71 aa  95.9  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 		 69 aa  94.4  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 		 69 aa  94.4  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  67.69 
 
 		 69 aa  94.4  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 		 69 aa  94.4  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 69 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 69 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 69 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 69 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 69 aa  94.4  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  67.69 
 
 		 69 aa  94.4  5e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19776  normal  0.285903 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 		 69 aa  94  7e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  60.87 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 68 aa  93.2  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  60.61 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.14 
 
 		 70 aa  92.4  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.32 
 
 		 69 aa  92  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  66.67 
 
 		 70 aa  92.4  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.77 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4951  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0530166  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.32 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 68 aa  91.7  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  68.66 
 
 		 70 aa  91.3  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 68 aa  90.9  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.65 
 
 		 72 aa  90.9  6e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 68 aa  90.9  6e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 68 aa  90.5  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.77 
 
 		 69 aa  90.5  7e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 68 aa  90.5  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.09 
 
 		 69 aa  90.1  9e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.02 
 
 		 68 aa  90.1  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.77 
 
 		 69 aa  90.1  9e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 		 69 aa  89.7  1e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 		 69 aa  89.7  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.32 
 
 		 69 aa  89.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.61 
 
 		 69 aa  89.7  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.08 
 
 		 66 aa  90.1  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 		 68 aa  89  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.97 
 
 		 69 aa  89  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.43 
 
 		 68 aa  89  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  62.86 
 
 		 70 aa  89  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2949  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 		 69 aa  88.6  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000763354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.12 
 
 		 69 aa  88.6  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.52 
 
 		 66 aa  88.2  3e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 70 aa  88.2  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>